蒙古帝國建立後實行了分封制度，就是除了蒙古草原這一核心地帶外，其他地區則要分封給予各宗室、姻戚及勛臣。
這樣一來，帝國分裂的離心力就會越來越大，最後到忽必烈時候已經成為國與國的關系，隻不過，確立宗藩朝貢體系。
但是一旦中央的宗主國君主出現懦弱無能的人，則整個帝國分崩離析則不可避免。
分封制度的確立
蒙古帝國的遼闊版圖實際上由兩大區域所組成。
這兩大區域的自然與人文環境互異，統治方式也不相同。
北方是遊牧民居住的草原地區，南方則為定居地區，包括華北平原突厥斯坦及伊朗等地。
草原地區是帝國的核心，而定居地區則是邊陲。
蒙古本士是草原地區的中心，也是整個蒙古帝國的政治重心。
窩闊臺汗端平二年《1235年》在斡爾寒河畔建立哈刺和林城，這所巍峨的草原新都遂成帝國行政中心。
中央行政官員最高者為也可札魯忽赤《大斷事官》，主管分封領民及刑罰。
成吉思汗時由其義弟失吉忽突忽擔任，窩闊臺汗時由額勒隻吉歹繼任。
窩闊臺汗時又設置了所謂『中書省』，由漢化契丹人、遼朝東丹王八世孫耶律楚材為中書令，女真人粘合重山任右丞相怯烈人鎮海為左丞相。
不過，此時之中書省不過是怯薛組織中必閣赤《秘書》的擴大。
耶律楚材負責主理的僅為漢字文書，而鎮海則主管蒙古文書。
蒙古帝國的中央行政機構可說是具體而微，部分行政事務仍由怯薛中的皇家家務機構兼理，蒙古本土以外的草原地區則分封予各宗室姻戚及勛臣。
鐵木真
自蒙古人觀點言之，大蒙古國的人民、土地乃是成吉思汗家族『黃金氏族』全體的共同財產，人人皆有應得的『份子』。
成吉思汗於伐金之前便對諸弟及其正妻所生諸子大行分封。
每人皆受封遊牧民數千戶及大片作為牧場的草原。
諸弟所得分地皆在東蒙古帶，故稱『東道諸王』。
諸子所得多在蒙古之西，故稱『西道諸王。
諸子於初封時所得封地甚為有限。
其後隨著西征而不斷擴張，遂奠定各大汗國的基礎。
帝國分裂
長子術赤所得為也兒的石河以西直至蒙古人『馬蹄所至之處』，術赤分地後成為『欽察汗國』《又稱金帳汗國》。
轄有西伯利亞南部及南俄，以裡海北岸的欽察草原為中心，而以薩萊為首都 。
次子察合臺的分地為西遼舊境，包括天山南北路直至阿姆河間的地區《城市不包括在內》。
後成為察合臺汗國而以阿力馬裡《新疆霍城縣境》為首都。
三子窩闊臺則得到葉密立《新疆額敏縣》及霍博《新疆和佈克賽爾蒙古自治縣》地區。
後成為窩闊臺汗國。
根據蒙古人『幼子守產』的習慣，幼子拖雷繼承了成吉思汗剩餘的財產即蒙古本土。
以後拖雷之子旭烈兀西征後，在西亞形成一股勢力，其兄忽必烈汗封之為伊利汗國《意為從屬之汗》，故亦成為一汗國之主。
其領土東起阿姆河和印度河， 西面包有小亞細亞，南抵波斯灣，北至高加索山，而以桃裡寺《Tabriz,今伊朗阿塞拜疆境內》為首都。
蒙古各汗國示意圖
除去成吉思汗諸子、諸弟外，受分封的還有姻族《弘吉剌、亦乞列思、汪古斡亦剌等部》及功臣《如木華黎、博爾術、博爾忽、赤老溫等四傑》。
他們所得較成吉思汗諸子、諸弟為少，因而不能形成獨立的勢力。
大汗對於宗王及功臣等合稱『投下』享有最高宗主權，可以調度其軍隊，獎懲其功過，在理論上可以削減，甚至剝奪其分地與分民。
而各投下主對大汗一方面有領軍出征、奉獻貢物及維持驛路等義務，另一面也享有共議大政，甚至『選舉』大汗的權利。
在其分地之內，各投下主世享軍政、民政、司法、財政大權，而與所屬千戶、百戶、平民及奴隸都維持嚴格的世襲主從關系不可更易。
可說是不折不扣的封建諸侯。
蒙古人對定居社會所采行的統治制度與草原全然不同。
成吉思汗時代，蒙古人尚不知統治定居地區的方法，僅知掠奪財富而已。
窩闊臺即位後，開始建立定居地區的統治制度。
對定居地區並不加以分封，而是視為『黃金氏族』的共有財產，由大汗派遣出身定居地區而熟悉治理方法的官員負責征稅，稅收則由皇族全體分享。
窩闊臺即位之初，即派熟諳漢法的耶律楚材主管河北賦調《當時河南未攻下》，而『洞悉治理城市的道理和方法』的花剌子模人牙剌瓦赤，則負責征收西域賦調。
窩闊臺汗末年,由於征服地區的擴大,此一統治體系乃有所調整。
牙刺瓦赤奉命東調,『主管漢民公事』，任大札魯花赤《又稱燕京行尚書省》其子麻速忽則主持中亞地區的政務。
而西亞地區則由畏兀兒人闊裡吉思負責。
三大政區的劃分，蒙哥汗時仍加沿用。
不過各行尚書省所負責的可能僅為稅收而已。
定居地區雖由大汗派員治理，各支宗王卻得派遣家臣參決各該地區的行尚書省事，維護各自權益。
窩闊臺滅金後，又將一部分中原民戶分賜各投下為食邑。
投下主雖僅能分得部分租賦，而不能直接治理，卻可在其分戶所在的路州，設置達魯花赤《監臨官》，負責監督。
所以，各投下主也可說是定居地區的『半封建主』。
限於人力及文化背景，蒙古人對定居地區僅能實行『間接統治』。
直接治土臨民的都是擁有實力的當地人土。
負責統治漢地的便是崛興於金元之際的『漢人世侯』。
這些漢人世侯或為迎降蒙古的金朝將吏，或為崛起壟畝的民軍領袖。
小者據有一州一縣，大者跨州連郡。
史天澤
其中實力最強大者如天成劉黑馬、真定史天澤、保定張柔、東平嚴實等，都是『占地二三千裡，領兵數萬』，世代兼擁一方 ，軍、民、財政大權。
雖無封建之名，卻有封建之實。
他們對蒙古汗廷的主要義務，為出兵從征與上納貢賦。
為了監視這些當地統治者，窩闊臺汗在各重要城市派駐達魯花赤及探馬赤軍《先鋒、鎮成軍》。
通過這些當地統治者的協力，蒙古汗廷乃得動員定居地區的人力與物力以作不斷征服與供養蒙古統治階層之用。
總之，大蒙古國的統治制度有草原地區與定居地區之不同。
在草原地區所實施的以『黃金氏族』血緣紐帶為主要基礎的『遊牧封建制』，實際上也是對外戰用的預備軍事體制。
忽必烈汗位爭奪戰爭
蒙古帝國綿延數萬裡，而且諸汗國地形各異，民族繁多，語言、文化互不相同，經濟水平相去甚遠。
因此，整個帝國自始即缺乏共同的文化與經濟基礎，而蒙古民族本身人口稀少，在當時交通不便的情況下，以文化落後的少數蒙古人來統治缺乏共同基礎的龐大帝國，要想維持長期統一，極為困難。
成吉思汗所樹立的政治體系本身便具有嚴重的內在矛盾：君主專制與氏族公產的觀念及封建制度不易相互適應。
成吉思汗憑借其超人的魅力而樹立大汗的至高權威，並期望其後裔對大汗絕對服從，但是帝國為『黃金氏族』的共同財產，不是大汗的私產。
諸汗國各擁廣土眾民，具有甚大的自主權，不僅與蒙古本土相去甚遠，文化、經濟背景又各不相同。
要他們對大汗之權威絕對服從而不離德離心，頗為不易 。
黃金氏族各宗支對大汗繼承權的爭奪是君主專制與氏族公產相矛盾的表現，也是導致帝國分裂的主要亂源。
蒙古人雖有『幼子守產』的習慣，但幼子所得承繼的僅為物質財產《包括營盤牧地、庫財、軍隊》，而非政治權位。
窩闊臺
汗位繼承人的身份則缺乏明確的規定。
在黃金氏族的范圍內，父死子繼、兄終弟及、 叔侄相承均有可能。
而新汗的選立又需經過前汗提名及宗親大會公選的雙重程序。
汗位繼承的缺乏明確規定導致各系宗王爭奪汗位及操縱選舉的機會大為增加，大汗權威則相對降低。
成吉思汗生前指定三子窩闊臺繼承大汗之位，而其個人財產則由幼子拖雷所繼承,拖雷一系乃取得日後與窩闊臺系爭勝的資本。
窩闊臺之子及繼承人貴由汗駕崩後，拖雷之子蒙哥在術赤之子拔都鼎力支持下於淳祐十一年《1251年》奪得大汗之位，皇權由窩闊臺系轉入拖雷系之手。
蒙哥汗卒後，其次弟忽必烈又與幼弟阿裡不哥爭位而觸發黃金氏族間的大戰。
忽必烈因有中原人力、物力之支持，得以擊敗以蒙古本土為基地的阿裡不哥而奪獲皇座。
這種兄弟鬩墻，血流漂杵的悲劇屢屢重演。
每次皇位爭奪，各汗國都黨同伐異，深深卷入，造成難以彌補的仇隙。
帝國發展的方向也是蒙古貴族間爭議的焦點。
草原地區原是帝國的核心，這一地區控制帝國的內線交通，也是騎兵補充的來源。
而且唯有繼續居住草原，過著遊牧生活，各汗國蒙古人才具有共同生活方式與價值觀念，帝國的團結始能維持於不墜，但是，對蒙古統治階層而言，定居社會舒適的生活及滾滾的賦稅卻是莫大誘惑。
因此，留居草原並維持遊牧傳統，或是移居農耕地區而又改變制度以求適應，便成為一個困擾蒙古貴族而難以兩全的問題。
忽必烈與阿裡不哥之間的鬥爭固然由於皇位的爭奪，也可視為帝國發展根本方向的一個爭執。
如阿裡不哥獲勝，帝國則仍以草原為重心，但是，忽必烈的勝利決定了帝國改以中原為重心，對於此一新方向蒙古貴族諸多不滿。
據說當時有西北諸二王造使入朝，質問說：『本朝舊俗與漢法異，今留漢地建都邑城廓，儀文制度，遵用漢法，何故？
』
海都
至元六年《1269年》窩闊臺之孫海都更聯合察合臺系及術赤系後王在中亞塔刺速河畔會盟，相約保持遊牧生活與蒙古習俗，而向立國定居地區的忽必烈與伊利汗阿八哈宣戰，這一場使蒙古帝國四分五裂的大戰前後持續三十餘年。
各汗國與當地土著文明的同化更導致了蒙古人喪失共有之認同。
居住漢地的蒙古人不得不改營定居生活，文化上受到漢人一定程度的影響，而在宗教上則多皈依喇嘛教。
欽察、察合臺、窩闊臺汗國的重心皆在草原故得維持遊牧傳統，但是其人皆改宗回教並逐漸為當地突厥種人所同化，而伊利汗國的蒙古人則為波斯人所同化，並在十三世紀末也改宗回教。
總之，至十三、四世紀之交，各地蒙古人已與當地土著同化，不僅政治上屬於不同『國家』，而且也已形成不同『民族』。
符拉基米爾佐夫在《成吉思汗傳》中曾分析蒙古帝國分裂的原因。
他認為，成吉思汗的政治體制原有兩大弱點：一為他結合文明與遊牧社會為一體的企圖，一為他對其家族永不分裂的信念。
成吉思汗認為其子孫將永遠在一大汗領導下，集體統治，並恪遵『札撒』。
這兩大願望皆成泡影，因為『文明與遊牧難以相互調協，而札撒也無力阻止促使統治家族分裂的許多因素』。
這一觀察極為確切。
自忽必烈立國中原、建立元朝起,蒙古帝國業已名存實亡。
元朝與海都爭戰的三十餘年之間，忽必烈及其子孫的宗主權僅得到伊利汗國的承認。
大德七年《1303年》海都之亂結束後，蒙古世界的和平得以暫時恢復。
欽察、察合臺汗國不時遣使入貢元朝。
伊利汗完者都致法國國王腓力四世的國書中曾誇稱：『東起南宋之國，西抵塔剌之湖，我輩之民族皆聯合為一，道路復通』但是蒙古民族的『聯合為一』不過是一假相。
元朝與各汗國間的互通使節僅代表國與國之間的宗藩關系。
各地蒙古政權皆已地方化，無法共同擁戴一個遠在天邊，難以認同的大汗。
蒙古人前後耗費了三代的精力而締造史無前例的龐大帝國，但不及三代，帝國即分崩離析。
創造世界帝國，包融各民族於一爐，原是古來許多民族及宗教的共同理想。
但歷史證明這種思想不過是鏡花水月而已，文化落後、人力缺乏的蒙古人何能例外？