成吉思汗在嘉定十二年《1219年》春，親征中亞的花剌子模之前，曾與諸弟、諸子以及大臣們討論過汗位的繼承問題。
成吉思汗要在大皇後孛兒帖所生術赤、察合臺、窩闊臺、拖雷四人中挑選繼承人。
在討論這個問題時，術赤和察合臺首先爭吵起來，察合臺罵術赤是蔑兒乞部的野種，並非成吉思汗所生。
察合臺對術赤的辱罵遭到了成吉思汗及身邊大臣的批評，察合臺無話可說，但又不願意與自己不和的術赤繼承汗位，於是便提名窩闊臺繼承汗位，術赤、拖雷均表示同意。
這樣，成吉思汗便指定敦厚的窩闊臺為汗位的繼承人，並要求術赤、察合臺以及拖雷都要履行諾言。
駕崩前不久，身體已頗不適的成吉思汗曾再次召集諸子，立下了遺囑，確定窩闊臺為自己的繼承人。
成吉思汗還讓諸子立下了承認窩闊臺為汗的文書。
另外，成吉思汗還曾考慮過讓幼子拖雷繼承汗位。
據《史集》記載，成吉思汗曾在各種事情上考驗過兒子們，知道他們各有所長，當他對汗位和大汗尊號的傳授猶豫不決，他時而想到窩闊臺，時而想到幼子拖雷。
因為在蒙古人中間自古就有幼子掌管父親的根本禹兒惕《領地》和家室的習俗。
後來成吉思汗決定：『掌管國家和大位是艱難的事，就讓窩闊臺掌管吧！而包括我所聚集起來的禹兒惕《領地》、家世、財產、庫藏以及軍隊在內的一切，則讓拖雷掌管』
其實，蒙古中央兀魯思《封地》隻是由拖雷來代管，其直屬大汗的性質並沒有改變，也未在拖雷後裔中重新分配。
盡管如此，在成吉思汗死後，拖雷監國的約兩年時間，已為拖雷發展勢力提供了很好的機會。
忽裡臺會議確定汗位繼承
成吉思汗已死,大汗之位不能長期空缺。
成吉思汗生前雖指定窩闊臺繼承汗位，但根據蒙古舊制，這一提名須經過忽裡臺貴族會議通過才能生效。
拖雷
紹定二年《1229年》忽裡臺貴族會議在成吉思汗的主營怯綠連地區舉行。
《史集》詳細記載了這次選汗的情況。
初春，全體宗王和大臣們從四面八方趕到怯綠連河地區，而監管成吉思汗的家室和主營的拖雷早已在那裡了。
所有人進行了三晝夜的遊戲、聚會和娛樂，然後對國事和汗位的繼承問題進行商議。
按照成吉思汗的遺囑，大家決定將大汗之位傳給窩闊臺。
根據程序，宗王們首先一致勸說窩闊臺即位，窩闊臺則表示退讓，認為拖雷更應該繼承大汗之位。
窩闊臺說：『有長兄和叔父們，特別是大弟拖雷汗，比我更配授予大權和擔當這件事，因為按照蒙古人的規矩和習俗，幼子乃是家中之長，幼子代替父親並掌管他的營地《禹兒惕》和家室，而兀魯黑那顏《拖雷》乃是大斡耳朵中的幼子。
他在規定和非規定的時刻日夜都在父親左右，聞知規矩和札撒《法令》。
我怎能在他活著時，並當著他們的面登上合罕《皇帝》之位呢？
』窩闊臺的話從一個側面說明，在他看來，實力強大的拖雷最有可能挑戰自己的權威。
但由於有成吉思汗的遺命，宗王們再次進行勸導。
經過多次懇請和勸導之後，窩闊臺認為必須遵從父親的命令，接受兄弟、叔父們的意見，便同意了。
於是大家從頭上摘下帽子，把腰帶搭到肩上。
在窩闊臺即位之時，察合臺拉著窩闊臺的右手，拖雷拉著窩闊臺左手，窩闊臺的叔父斡惕赤斤則抱住他的腰，把他扶上了大位。
拖雷舉起杯子，禦帳內及禦帳四周的人們全體跪拜九次，為國家祝賀新汗的即位。
之後，窩闊臺汗便對人們大量賞賜,宴飲和贈賜結束之後，窩闊臺汗下令為成吉思汗的英靈散發三天食物。
同時人們從成吉思汗左右的大臣們的氏族和家族中挑選出四十個美女，穿著用黃金和寶石裝飾起來的貴重衣服，連同一些駿馬，都作為犧牲來祭祀成吉思汗的靈魂。
在窩闊臺即位之時，大臣耶律楚材還幫助他制定了朝拜的儀制，得到了察合臺等諸弟的認可和稱贊。
在窩闊臺即位之時，群臣對窩闊臺汗九次跪拜之禮該是出自耶律楚材制定的朝拜儀制，而自此始，蒙古國內尊卑間始有拜儀。
拖雷之死的疑惑
窩闊臺即位後，對勢力強大的拖雷心存戒心。
一般認為後來拖雷之死應該與窩闊臺汗有一定關聯。
據記載，有一次窩闊臺汗突然得了一種病，按照蒙古舊俗，薩滿們集合起來施行了巫術，他們用念過咒的水洗他的病。
這時，拖雷來到窩闊臺汗的大帳，極其誠懇地說：『長生天！如果你對罪惡發怒，那麼，我的罪惡比他更多；我在戰爭中殺的人更多，我擄走他們的妻子兒女，迫使他們的父母灑淚，如果你是為了面貌美麗、體態優雅，為了經驗和技能，想把自己的奴隸帶到自己的駐所去，那麼，我也更相稱，更為合適。
把我代替窩闊臺合罕取走吧，讓他病愈，把他的病加於我吧』
窩闊臺
拖雷說完這些話，把薩滿念著咒語洗過窩闊臺汗病的那杯水喝掉了。
之後，窩闊臺汗病愈了，拖雷不久便得病死去了。
上述記載無非說明拖雷是多麼虔誠地輔佐窩闊臺汗，但考慮到大汗之位後來從窩闊臺系轉移到拖雷系，《史集》記載不無粉飾拖雷與窩闊臺爭鬥的可能。
因為在拖雷死後，窩闊臺汗未與宗親商議，擅自把屬於拖雷及其兒子們的一部分軍隊給了自己的兒子闊端。
窩闊臺汗此舉顯然是為了削弱拖雷家族的勢力。
據《元史·耶律楚材傳》，在推舉窩闊臺為大汗的忽裡臺貴族會議上，拖雷的態度一開始頗為曖昧。
當時拖雷負責監國，同時又是忽裡臺大會的召集者，他的態度至關重要。
可是拖雷並不急於馬上推舉窩闊臺即位。
窩闊臺的近臣耶律楚材曾勸拖雷早定擁立大計，勿要猶豫不決，隨後拖雷才決定推舉窩闊臺即位。
這隱約反映出手握重權的拖雷似乎在推舉窩闊臺為汗的問題上有點不太情願。
據載，選汗忽裡臺大會一連開了四十天，直到第四十一天的清晨,『眾王公、各層自由民及奴隸的症結解開了』，大家才一致同意推舉窩闊臺即位。
這也反映出成吉思汗雖已指定窩闊臺為大汗的繼承人，但他死後，蒙古黃金家族內部在此問題上仍然明爭暗鬥。
窩闊臺即位後，為緩和黃金家族內部的矛盾，對參加忽裡臺大會的王公貴族進行了大量的賞賜，以籠絡人心。
窩闊臺汗『下詔把多年來為成吉思汗從東西各國征集來的國庫貯藏打開，其總數連賬簿都容納不下。
他封閉那些愛挑剔者之嘴，拒絕他們的勸諫，把他的份子賞給他的所有家屬和士卒、他的軍隊和族人，貴人和黎庶、侯王和家臣、主子和奴婢，按權利各分一份；國庫中為明天留下的財物，不多不少，不大也不小』。