元朝是一個很特殊的存在，因為它不是漢人所建立起來的政權，也沒有和清朝一樣，大規模的吸收借鑒漢文化，任用漢人官員，很多人都分不清楚蒙古帝國、大蒙古國和元朝這三個概念。
蒙古帝國並不是一個明確存在於歷史文獻中的朝代，而是西方史學家提出的一個概念，他們隻是為了方便現代人做研究而已，這個名稱在廣義上指的是大蒙古國解體前的政權，包括了四大汗國，這一名稱，某種意義上體現了歐洲人對於蒙古人的恐懼心理。
岡田英弘是一位日本學者，他對於蒙古帝國頗有研究，在其著作《蒙古帝國興亡史》一書中，他用文明傳播的角度闡釋了蒙古帝國的存在意義：世界有兩大文明，一位是東方中國，這個文明裡有司馬遷寫下的《史記》，另外一個文明存在於地中海沿岸，這一文明裡有希羅多德用希臘語寫成的《歷史》，橫跨歐亞的蒙古帝國的出現，首次將中華文明和地中海文明連接在了一起，從此以後，人類的文明不再是分片區的，人類從蒙古帝國以後，才開始進入到了世界文明史的階段。
和上一個概念不一樣，它是一個確實存在於歷史文獻中的概念，公元1206年，成吉思汗統一了草原諸部落，將國號定位『大蒙古國』，因此1206年也被稱為成吉思汗元年。
當時大蒙古國的繼承制度還保留了一些原始社會末期的痕跡，不是和中原王朝一樣，使用嫡長子繼承制，而是四大汗國派遣代表，從嫡子們選拔一位有『賢能』的人作為繼承者，隻有經過了這套儀式，繼承人才會被大蒙古國廣泛接受。
雖然這個方式看起來頗有些現代民主的味道，但其實是很不值得推敲的，因為『賢能』與否，並沒有一個統一的判斷標準，不同的人對這一點有不同的認識，有的人認為能夠帶兵打仗就是賢能，有的人認為好好發展經濟才是賢能，在這樣的繼承制度下，繼承人之間產生沖突幾乎是不可避免的事情。
蒙哥汗去世以後，阿不裡哥和忽必烈的汗位爭奪戰就體現了這一點，經過殘酷戰爭，忽必烈最終獲得了繼承權，但是當時的四個汗國並不認可他，忽必烈在位期間，窩闊臺汗國還有察合臺汗國屢次和忽必烈的軍隊開戰，從嚴格意義上來說，忽必烈不算是大蒙古國的大漢，因為他沒有按照傳統方式被大眾認可。
元朝是忽必烈建立的政權，1260年，蒙哥汗去世，同年，忽必烈登基成為大蒙古國皇帝，在他發佈的繼位詔書裡邊，他和漢人一樣，自稱為『朕』，並且按照中國傳統方式來紀念，同年12月18日，他將國號改為大元，但正如同上文中所講的一樣，其他的汗國並不認可他，所以在他們的歷史中，會把元朝記錄為『忽必烈汗國』。
不過元朝對中原地區的統治，隻延續了一百多年，公元1368年，明朝北伐成功，元朝覆滅，但是元朝的末代皇帝元惠宗在北方地區建立了偏安小朝廷，還保留了『大元』的稱號，直到公元1402年，明朝徹底消滅了這個小朝廷，『元』這一政權才不復存在了。
簡單來說，蒙古帝國是現代研究者起的一個名稱，大蒙古國指的是包括四大汗國在內的蒙古人政權，它是成吉思汗建立的，而元朝主要指的是忽必烈建立的政權，其主要統治區域在中國，元朝部分繼承了大蒙古國。