孝公一去世，商鞅的歷史使命也宣告結束。
《戰國策》孝公行之八年，疾且不起，欲傳商君，辭不受。
孝公已死，惠王代後，蒞政有頃，商君告歸。
孝公這是要鬧哪出？傳位給商君，他這是向兒子暗示商鞅要謀反呢？還是提醒商鞅我不行了想要活命你還是走吧？
這下可要了商君的命了，商鞅心說：『不帶這麼玩的，你可以把你的兒子委托給我，不可以把整個國家交給我，我還是趕快走吧』
已經來不及了，孝公一死，以公子虔為首的那此曾經受過新法制裁的公子貴族們立馬跳出來說商鞅謀反，商鞅幾乎是無路可走，住店，沒有身份證，店家不留，逃到魏國，魏國視商鞅為死敵，又不敢得罪秦國，就沒敢讓他入境。
商鞅逃到自己的封地商邑，組織商邑士兵進攻鄭縣，惠文王兵至，以一邑之兵怎能敵一國之兵，商鞅在鄭地黽池兵敗被殺，以『五馬分屍』示眾。
其實商鞅被誅是必然的結果，《史記·商君列傳》趙良曾經就對商鞅就說過：『君尚將貪商、於之富，寵秦國之教，畜百姓之怨，秦王一旦捐賓客而不立朝，秦國之所以收君者，豈其微哉？亡可翹足而待』
就是說：你還在貪戀榮華富貴，一旦孝公去世，秦國要殺你的人還會少嗎？
是的，惠文王第一時間就對商鞅動了殺機，但惠文王殺其人而用其法，使得秦國這列快車在自己手上穩歩向前快速駛進。
惠文王為什麼要殺其人而用其法呢？商鞅變法毋庸置疑讓秦國富起來也強大起來了，惠文王當然明白要做對的事情，所以用其法。
商鞅變法在孝公手上已經非常完善了，只要後代國君深信不疑地執行下去就不會錯，那麼惠文王既然認可商鞅變法，那為什麼就不留這個人呢？
《戰國策》人說惠王曰：『大臣太重者國危，左右太親者身危。
今秦婦人嬰兒皆言商君之法，莫言大王之法，是商君反為主，大王更為臣也。
且夫商君固大王仇也，願大王圖之』商君歸還，惠王車裂之，而秦人不憐。
《戰國策》沒說這個人是誰，當然這不是指那一個人，指的是一個群體，不可否認，這個人說得還是有一定的道理，也不排除這個群體就是要置商鞅於死地的秦國貴族。
《史記·商君列傳》趙良說商鞅：君之出也，後車十數，從車載甲，多力而駢脅者為驂乘，持矛而操闟戟者旁車而趨。
此一物不具，君固不出。
商鞅變法確實得罪了很多人，富了老百姓得罪了老貴族，沒有保鏢護衛是不可以出門的，防的無非也是貴族們加害，因為隻有貴族們才有能力搞什麼刺殺行動。
一方面也說明商鞅太過高調，但不高調也不行，導致國人隻知商君不知有王，這可犯了忌諱，孝公在時是可以駕馭得了商鞅，商鞅也不會有什麼非分之想，惠文王就不行了,當初做太子時就被商鞅罪責過，在商鞅面前自己始終不能挺起腰桿，現在雖說繼位做了國君，有商鞅在，惠文王總是威信不及。
既然趙良都能預測商鞅的結局，那麼難道商鞅自己就沒有想到嗎？那他為什麼就不能全身而退？大概原因有二：
一孝公死得太突然了
孝公死時才四十三歲,商鞅沒想到孝公這麼快就沒了,這給商鞅來了個措手不及，還指望能在秦國繼續法學以實現秦國更大更強的抱負，完全沒有時間也不會考慮自己的後路。
二商鞅不甘心失敗
在魏國蟄伏多年，平生才華無人認可，魏國丞相公叔痤臨死才把他推薦給魏王，而且魏王還當是老丞相病糊塗了，根本就沒給他機會。
好不容易秦孝公招賢，進了秦國，孝公委以重任君臣開始變法，二十多年了，秦國，民富了國強了，地大了，在世界上地位也高了，山東六國從藐視秦國到現在敬畏秦國，可以說是商鞅實現了人生的價值，但是一但走上了政治舞臺，他還想走得更遠，做得更好，他不服氣，就是秦孝公沒了，他也可以從頭再來，就是秦國不用他，還有山東六國，所以商鞅逃到自己的封地。
其實商鞅也不冤，他為之奮鬥的新法得到了後代君王的認可並延續下來，這也是他的畢生追求，不是嗎?