很多時候秦瓊都跟武聖人關羽相提並論，關公戰秦瓊雖然是笑話，但卻也可見秦瓊在家鄉人心目中的崇高地位。
在凌煙閣二十四功臣中，秦瓊排名末尾，這並不令人難堪，因為對大唐功勞更大的李勣，也隻排到了第二十三位，由此可見凌煙閣功臣的排序，跟戰功和人品無關——長孫無忌、李孝恭、杜如晦、魏征、房玄齡排名前五就很說明問題了：在玄武門之變前，魏征和房玄齡杜如晦不過是太子和親王的參謀和清客而已。
李勣戰功卓著，跟李靖並稱唐初雙子戰神，秦瓊在隋軍、瓦崗軍、唐軍中都屬於定海神針一般的存在，無論是張須陀還是李密李世民，都把秦瓊當成最後一張底牌來使用，我們從三次戰役中，就能看出秦瓊的作用：有秦瓊在身後，李世民和李密、張須陀，都會很放心。
秦瓊是換過幾次陣營，但那是他在選擇能濟世安民之主，秦瓊絕不愚忠，王世充加封他為龍驤大將軍，他卻棄如敝履，在兩軍陣前直接投奔唐軍——秦瓊投唐，軍銜實際是降了許多的：王世充給他的是隋朝高級軍職，而秦瓊剛進入唐營，得到的隻不過是馬軍總管、秦王府右三統軍而已。
有右三統軍，那麼就會有右一、右二和左一、左二、左三，這就是說，如果李世民有一軍二師六旅，那麼秦瓊頂多隻是個旅長，更何況秦王府的直屬部隊遠不會有一軍之多，而且秦王府除了統軍，還有護軍，尉遲敬德當過右一府統軍、左二副護軍，程咬金是左三統軍。
秦瓊從一個唐軍低級將領百戰餘生，獲得了唐高祖李淵的格外禮遇，不但受封上柱國《策勛十二轉，也就是建立十二大功方可受封，詳見《唐六典·卷二·尚書吏部》》、翼國公，而且還得到了禦賜金瓶和熱情洋溢的表揚信：『卿不顧妻子，遠來投我，又立功效。
朕肉可為卿用者，當割以賜卿，況子女玉帛乎？』
對於李世民來說，秦瓊就是他最後一道屏障，他之所以敢跟尉遲敬德到王世充軍前挑戰，是因為秦瓊在他身後藏著呢：『太宗將挑戰，先伏李勣、程知節、秦叔寶等兵。
太宗持弓矢，敬德執槊，造建德壘下大呼致師，引賊以入伏內。
於是與勣等奮擊，大破之』
如果敵將過於強悍，那就輪到秦瓊出馬了：『叔寶應命，躍馬負槍而進，必刺之萬眾之中，人馬辟易，太宗以是益重之，叔寶亦以此頗自矜尚』
有秦瓊在身後撐腰，李世民在兩軍陣前跳得很歡。
作為一代英主梟雄，李世民目光是很敏銳的，他知道秦瓊無論是在隋軍還是瓦崗軍中，都是定海神針：張須陀陣亡後齊郡子弟兵沒有全軍覆沒，瓦崗軍戰敗後李密生還，都是秦瓊的功勞。
秦瓊在齊郡通守張須陀麾下當六品建節尉的時候，跟東阿民團司令程咬金一樣，都是為了保衛一方平安，他跟羅士信以一千破盧明月十萬流寇，也是為了避免家鄉生靈塗炭。
張須陀被瓦崗軍李密李勣單雄信設計包圍陣亡，是秦瓊挺身而出，收攏山東子弟突圍而出：『軍敗，須陀死之，叔寶以餘眾附裴仁基』
張須陀陣亡於滎陽大海寺，秦瓊帶領餘部撤退到了潼關——要沒有秦瓊收拾殘局，從齊郡跟張須陀出來的子弟兵，可真就全軍覆沒了。
秦瓊跟隨裴仁基投奔瓦崗之後，又得到了李密的格外器重：『密得叔寶大喜，以為帳內驃騎，待之甚厚』
李密的感情投資，也得到了應有的回報——秦瓊救了他一命：『密與化及大戰於黎陽童山，為流矢所中，墮馬悶絕。
左右奔散，追兵且至，唯叔寶獨捍衛之，密遂獲免。
叔寶又收兵與之力戰，化及乃退』
每到關鍵時刻，尤其是兵敗勢危之際，秦瓊總能挺身而出挽狂瀾於既倒，這就是李淵和李世民對秦瓊格外敬重的原因，李淵把秦瓊派去跟李世民一起鎮守長春宮，那也是用心良苦：有當世第一悍將在那裡看場子，李家父子睡覺比較安心。
秦瓊一生經歷過五任領導：左翊衛大將軍、榮國公來護兒，齊郡通守、河南道討捕黜陟大使張須陀，魏公李密，鄭國公王世充，秦王李世民，這五位主公，無一例外地給了秦瓊格外的殊榮和禮遇，但綜合起來看，還是大領導李淵對他最好。
秦瓊與李淵惺惺相惜，所以盡管在魏征攛掇下，建成元吉把秦瓊列為必殺名單上的頭號人物，但秦瓊並沒有去玄武門大開殺戒，讀者諸君可以理解當時秦瓊的心情：建成是儲君，世民是戰友，兄弟鬩墻，我們外姓人隻能起保護作用而不能參與殺戮。
作為太子建成的謀主，魏征鼓動建成元吉除掉秦瓊，這在新舊兩唐書中均有記載：『建成薦元吉北討，乃多引秦王府驍將秦叔寶、尉遲敬德、程知節、段志玄與行，又籍秦府精兵益麾下』
李建成調秦瓊給自己出征，並不是要建功立業，而是圖謀不軌，並想在軍營之內謀殺秦瓊，為此他對齊王元吉許諾：『兵行，吾與秦王至昆明池，伏壯士拉之，以暴卒聞，上無不信。
然後說帝付吾國，吾以爾為皇太弟，而盡擊殺叔寶等』
雖然建成元吉的做法令人寒心，但秦瓊並沒有因此懷恨在心——或許那陰謀本身就不存在，秦瓊當然不會知道。
雖然史書說秦瓊是站在李世民一邊的，但是兩唐書都詳細開列了玄武門前李世民麾下打手的名單，這兩份名單上，都沒有秦瓊和程咬金的名字，那張名單上第一位是李世民的舅哥長孫無忌，然後是尉遲敬德、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁恭、李孟嘗——當時秦瓊和程咬金都是國公，秦瓊還是上柱國，如果他去了玄武門，排名應該在長孫無忌之後、尉遲敬德之前。
史書記載了劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁恭、李孟嘗等人卻不寫秦瓊程咬金，這不是遺漏，而是這二位根本就沒去玄武門。
秦瓊就像一個救火隊員，殺戮無辜和兄弟相殘的血案中，根本就看不到他的身影，但是一旦主公遇到危險，秦瓊總是會及時出現，於是有人懷疑：玄武門之變發生時，秦瓊不是早已稱病在家，就是在秦王府負責留守，李世民要弒兄屠弟甚至威脅父親，這些事不會讓秦瓊參與——秦瓊跟李淵的關系也很好，他可能會成為玄武門前的變數，而尉遲敬德又打不過他，有秦瓊在李淵身邊，尉遲敬德就『請』不來宣佈建成元吉為『叛逆』的『聖旨』。
秦瓊有沒有去玄武門，正史記載自相矛盾，但是按常理推斷，秦瓊是不會參與骨肉相殘的玄武門之變的。
筆者同意這種推斷，但還是有一些謎團待解：魏征曾是秦瓊戰友，建成元吉都知道秦瓊的人品跟李淵的關系，他們真的曾密謀要除掉秦瓊嗎？秦瓊如果參與了玄武門之變，為何『玄武門十大將』中找不到秦瓊的身影？秦瓊稱病在家，是在玄武門之變後，還是他發現李家三兄弟矛盾不可調和，早早就回家休養去了？如果秦瓊真的是重病或重傷，那麼怎樣的傷病，能十二年治不好也不垂危？