從貞觀元年開始，秦瓊就病了，而且這病似乎不是裝的，因為他解釋病因的話，已經載入了史冊：『吾少長戎馬，所經二百餘陣，屢中重瘡。
計吾前後出血亦數斛矣，安得不病乎？』
將軍百戰餘生，戰傷就是勛章，秦瓊又不是《三國演義》中的常勝將軍趙雲趙子龍，他跟隨來護兒的時候就以『勇悍，才而武，志節完整』著稱：跟隨齊郡通守張須陀大破盧明月十萬之眾，積功受封正六品建節尉，到了瓦崗軍，又為內馬軍四驃騎之一，被王世充俘獲後，受封龍驤大將軍，這些盛贊美譽和高級軍銜，都是以命相搏而來。
說秦瓊因為李家兄弟相殘而心灰意冷，進而拒絕為大唐征戰，那是說不通的，因為對一個將軍來說，沒有比保家衛國、開疆拓土更榮耀的事情了。
秦瓊跟李世民的關系一直很好，他投奔唐軍的首任領導就是當時的秦王李世民而不是太子建成或齊王元吉，建成元吉在密謀除掉李世民的時候，開列的必殺將領名單上，第一個就是秦瓊：『建成薦元吉北討，乃多引秦王府驍將秦叔寶、尉遲敬德、程知節、段志玄與行，太子與元吉謀：‘兵行，吾與秦王至昆明池，伏壯士拉之，而盡擊殺叔寶等。
’』
建成元吉不仁在先，秦瓊也沒有做出不義之事，李世民帶著十員大將在玄武門大開殺戒，其中並沒有秦瓊：『長孫無忌與尉遲敬德、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁恭、李孟嘗討難，平之』
既然秦瓊沒有做對不起李淵的事情，他當然就無需愧疚，即使他參與了玄武門之變，那也是被逼無奈，更不會因此不肯為新君李世民效力。
所以綜合分析，秦瓊是真的舊傷發作，以至於纏綿病榻多年。
這時候有一個問題就需要解決了：秦瓊不是裝病是真病，那病根兒是哪場大戰留下來的？
要解決這個問題，我們隻能用排除法，把秦瓊不可能受重傷的戰役去掉，就能發現是哪場大戰給秦瓊鋼澆鐵鑄一般的軀體上留下了如此嚴重的戰傷。
秦瓊加入唐軍後，每戰必勝所向披靡，敵軍中根本就沒有人是他的對手，而且秦瓊參與的每一次大戰，唐軍都打贏了。
歷次大戰，秦瓊一次都沒缺席，所以在打尉遲敬德、王世充、竇建德的時候，秦瓊根本就不可能受重傷。
《舊唐書·卷六十八·列傳第十八》和《新唐書·卷八十九·列傳第十四》都記載了秦瓊萬馬軍中取上將首級如探囊取物的雄風：『每敵有驍將銳士震耀出入以誇眾者，秦王輒命叔寶往取之，躍馬挺槍刺於萬眾中，莫不如志，以是頗自負』
秦瓊在兩軍陣前人擋殺人神擋殺神，所立戰功遠超程咬金和尉遲敬德：程咬金和秦瓊一起受封國公，但秦瓊還有一個策勛十二轉換來的上柱國，而尉遲敬德連個子爵都沒撈到，就更別提柱國、上柱國了。
新舊兩唐書都記載了秦瓊在投唐後戰無不勝的功績：『從征於美良川，破尉遲敬德，功最居多，高祖遣使賜以金瓶。
又從破宋金剛於介休，錄前後勛，賜黃金百斤、雜彩六千段，授上柱國。
從討王世充，每為前鋒。
太宗將拒竇建德於武牢，叔寶以精騎數十先陷其陣。
世充平，進封翼國公，賜黃金百斤、帛七千段。
從平劉黑闥，賞物千段』
武德二年之後的四次戰役都排除了，我們就隻能從秦瓊投唐前參加的五次惡戰中去找答案了。
在齊郡通守張須陀帳下，秦瓊一共參加了兩次大戰役，一次是以千人大破盧明月十萬，一次是與李密帶領的瓦崗軍打的大海寺戰役。
秦瓊和羅士信當敢死隊打盧明月的下邳之戰，應該是有驚無險：『叔寶與羅士信奮行，分勁兵千人伏莽間，須陀委營遁，明月悉兵追躡。
叔寶等馳叩賊營，門閉不得入，乃升樓拔賊旗幟，殺數十人，營中亂，即斬關納外兵，縱火焚三十餘屯。
明月奔還，須陀回擊，大破之』
這場戰役隋軍打贏了，戰鬥中秦瓊並沒有受傷，隨後他又參加了一場不太大的戰鬥，而且也打贏了：『又擊孫宣雅於海曲，先登破之。
以前後累勛授建節尉』
秦瓊一生遇到最強悍的對手，就是瓦崗軍，秦瓊跟著張須陀在滎陽大海寺打瓦崗軍的時候，瓦崗軍已經有了李勣《即小說中的徐茂功》、單雄信、王君廓《小說中的王君可》、劉黑闥《事李密為裨將》、王伯當等一大幫絕世高手。
張須陀中了李密的埋伏，在殺了個四出四進救出很多部下之後力竭身亡。
在張須陀戰歿之後，秦瓊成了隋軍最後的依靠：『軍敗，須陀死之，叔寶以餘眾附裴仁基』如果不是秦瓊在危急關頭挺身而出，張須陀的部下就全軍覆沒了。
秦瓊能帶著張須陀餘部撤到潼關，說明在大海寺之戰中，他也沒有身受重傷。
秦瓊是換過陣營，但他投奔瓦崗軍並非本意，那是在上級裴仁基的帶領下，而且是在隋朝奸臣的被迫下加入瓦崗軍的，李密對秦瓊也還不錯，而且秦瓊也還了他的人情，在不久之後的黎陽之戰中，救了李密性命：『密與宇文化及戰黎陽，中矢墮馬，濱死，追兵至，獨叔寶捍衛得免』
李密重傷垂死，指揮瓦崗軍的重任就落到了秦瓊肩上：『叔寶又收兵與之力戰，化及乃退』
黎陽之戰，也是以秦瓊獲勝告終，所以這次大戰秦瓊身負重傷不能再戰的可能性，也可以排除了。
投唐後的美良川《打尉遲敬德》之戰、介休《破宋金剛》之戰、洛陽《攻王世充》之戰、虎牢關《擒竇建德》之戰，秦瓊受重傷的可能性都可以排除；投唐前的下邳《破盧明月》之戰、海曲《滅孫宣雅》之戰、滎陽大海寺《打瓦崗軍》之戰、黎陽《抗宇文化及》之戰，秦瓊受重傷的可能性都可以排除。
八次大戰秦瓊都起到了開路先鋒和定海神針的作用，如果他身負重傷，那八次戰役的結果就會改寫。
八次戰役被排除，我們就隻剩下第九次，也就是秦瓊在投唐前的最後一次戰役了，那就是王世充與李密的偃師邙山之戰。
在偃師邙山之戰中，瓦崗軍損失慘重：『武德元年九月，世充悉眾決戰，先以騎數百渡河，密遣迎戰，驍將十餘人皆被創返』
瓦崗軍十餘位驍將身負重傷，這其中肯定就有秦瓊秦叔寶，因為在接下來的戰鬥中，秦瓊就不再出現了：裴行儼中箭落馬昏厥，程咬金單騎沖陣，斬殺數人後救回了裴行儼，但自己也受了致命傷——『抱行儼重騎而還。
為世充騎所逐，刺槊洞過，知節回身捩折其槊，兼斬獲追者』
程咬金憋著最後一口英雄氣救回了自己的兄弟，當然也隨後失去了戰鬥力。
瓦崗軍猛將都重傷不起，李密又帶著自己的心腹王伯當跑去投奔了李淵，滿營傷將就都成了王世充的俘虜，秦瓊當然也在其中。
秦瓊和程咬金都不把王世充當做能濟世安民之主，他們一直在謀劃出走，但卻因為重傷未愈而未能成行。
直到武德二年二月，傷筋動骨滿了一百天的秦瓊和程咬金才找到機會，在九曲之戰兩軍對峙時從容不迫地奔向了李世民率領的唐軍：『叔寶薄世充之多詐，因其出抗官軍《唐軍》，至於九曲，與程咬金、吳黑闥、牛進達等數十騎西馳，世充不敢逼，於是來降』
這樣用排除法去掉了投唐前後的八次大戰，我們就可以得出一個結論：就是在偃師邙山之戰中秦瓊身負重傷而無奈被擒——他是被抬到王世充軍營的。
也正是偃師邙山之戰的這次重傷，為他後來纏綿病榻埋下了伏筆——投唐後的幾次戰役，秦瓊找到了能解萬民於水火的李淵李世民，所以耗盡畢生能量斬將搴旗。
當時憑著一腔熱血沒有倒下，但是大戰結束，緊繃的神經松弛下來，秦瓊就再也支撐不住了。
咱們今天羅列了秦瓊參加的九次大戰役，有八次可以找到秦瓊沒有身負重傷的證據，隻有偃師邙山之戰的中後期不見秦瓊身影，所以我們可以肯定：秦瓊在兩軍第一次硬碰中就身負重傷，這也是他從貞觀元年病臥到貞觀十二年的根本原因——如果秦瓊程咬金不是重傷不起，早就突出重圍了，又怎麼會當王世充的俘虜？