公元626年，外部勢力已經不足以威脅唐朝，內部開始鬥爭了。
一天夜裡，李建成宴請李世民，用經過鴆羽浸泡過後的酒來招待李世民，李世民當場吐血，被淮安王李神通攙扶回西宮，此時李世民大難不死，但是李建成和李元吉以及後宮的嬪妃加緊在李淵面前誣告李世民。
李世民謀士房玄齡和杜如晦一起勸諫李世民誅殺太子李建成和李元吉，但是李世民拒絕了。
隨後李建成與李元吉用重金賄賂秦王府將領尉遲敬德，企圖拉攏他，但是尉遲敬德拒絕，並將太子交給的書信請李世民過目，表示忠心，但是尉遲敬德這種不配合的態度，讓李建成等人加緊對尉遲敬德的迫害，先是李元吉派殺手刺殺尉遲敬德，但是沒有得逞，之後李建成在李淵面前誣告尉遲恭，尉遲恭被下獄審查，準備殺掉，但是由於李世民的力保，這才保住尉遲恭。
之後，李建成誣告秦王府左一馬軍總管程知節，李淵將其外放為康州刺史，但是程知節以死抗拒李淵的調配，並勸諫李世民早日下決心誅殺李建成與李元吉。
其實程知節能夠抗拒皇帝李淵的命令，就可以看出，李淵這個皇帝在李建成與李世民兩派爭鬥時已形同虛設。
李建成再次故伎重施，以重金賄賂右二護軍段志玄，段志玄拒絕賄賂。
此時李元吉才開始認識到，賄賂這些武將不可行，就拉攏秦王府中有智謀才略的人，就算拉攏不了，也讓他們不為李世民所用。
結果秦王府中房玄齡和杜如晦被李建成誣告，被李淵流放。
此時的秦王府中，就剩下長孫無忌、高士廉、侯君集和尉遲敬德等人，在面對太子攻勢，退無可退的李世民仍然在猶豫。
導火索：突厥鬱射設帶領數萬騎兵，進入邊塞，包圍烏城
此時李建成請求李淵讓齊王李元吉出征，並要求讓尉遲敬德、程知節、段志玄和右三統軍秦叔寶等秦王府將領跟隨出征，並挑選秦王府勇猛的士兵充實李元吉出征大軍，這樣一來，李世民面對自己的精兵強將被太子調走，自己的就處於一個極為危險的地步。
恰巧這時候，率更丞王晊這時來到秦王府密告李世民，言明：李建成與李元吉已經擁有秦王數萬人馬，在昆明池為大軍踐行的時候，將秦王殺死在帳幕之內，並將尉遲敬德、段志玄、程知節、秦叔寶等將領活埋。
面對太子先動殺機之時，在長孫無忌和尉遲敬德的勸諫下，李世民終於下定決心動手。
李世民率長孫無忌等人上朝，將兵力埋伏於玄武門，李元吉似乎感覺到什麼，勸諫李建成應當統領好東宮與齊王府內的軍隊，托病拒不上朝，但是李建成自恃兵力已然強盛，無需害怕，應當上朝把握，親自判斷形勢。
結果，李建成與李元吉走到臨湖殿時，感覺殺機四伏，急忙準備各自返回東宮和齊王府，此時李世民在後面走來，招呼他們，李元吉二話不說，回頭就是三箭，但是都因為弓弦未拉滿，沒有射死李世民，李世民回過頭一箭就將李建成殺死。
尉遲敬德帶領騎兵將李元吉射下馬來，但是李元吉逃入樹林，李世民騎馬前去追趕，但是被樹枝刮下來了，李元吉奪過弓箭準備絞死李世民，被趕到的尉遲敬德呵止，李元吉奔忙前去武德殿求助李淵，半道上被尉遲敬德射死，不得不說李元吉的生命力還是頑強。
三箭射不死李世民存疑
李元吉為什麼三箭都射不死李世民?浮人的猜想就是《資治通鑒》為了凸顯李世民的英勇神武而杜撰了這一情節，可以說大部分正史在記錄君王的時候，都可以描寫一些帶有神話色彩的情節，比如劉邦的母親就在夢中與神靈交合才生下劉邦、趙匡胤出生的時候滿屋紅光異香撲鼻等記載，這些都是統治者為了表明自己是天神派下來做皇帝的，粉飾自己統治地位的神聖性。
而為什麼說李元吉三箭都是因為沒有拉滿弓箭導致沒有殺死李世民，這種情況是不可能的。
這李元吉生性殘暴，從小就愛玩戰爭遊戲，經常命家奴門客演練戰陣，自己則披掛上陣，多次負傷後仍然不停止這種遊戲，在這種環境下成長，其武藝必然不低。
而在唐朝統一各部的戰爭中，李元吉追隨自己哥哥李世民四處征戰，屢立戰功，作為一位四處征戰的軍事主帥，拉弓拉不滿，這有點說不過去。
而且《資治通鑒》裡面記載，李元吉被士兵射下馬時，負傷逃入樹林，李世民在被掛下馬來的時候，負傷的李元吉還搶過李世民弓箭，準備絞死李世民，此時的李元吉還是處於上風，論武藝李元吉是不輸於李世民的。
所以，三箭射不死李世民，李世民一箭就射死李建成，這有點為李世民吹噓了。
畢竟歷史對這些君主的記載一貫帶有神話色彩和誇大成分。
此事記載於《資治通鑒》，但是其中的誇大成分一眼就可以看出，精通武藝的李元吉三箭射不死李世民，這就是所謂的主角光環了。
這樣記載歷史無非就是貶低李建成與李元吉，突出李世民的神勇，而玄武門之變被後世史家認為是李世民正義的勝利，仿佛隻有李世民勝利才能更好地管理大唐江山。
但是其殘忍性不可抹去，李建成五子和李元吉五子都在玄武門之變被李世民誅殺，這兄弟二人完全絕後，所以，玄武門之變，殺害兄弟，強納李元吉之妻為妃，逼宮父親李淵，都是李世民的污點。