玄武門之變中，李世民順利除掉了李建成和李元吉，又在後來逼李淵下臺，然後登基為帝。
成為皇帝李世民自然不會忘了論功行賞，其中，秦瓊被封為正三品的左武衛大將軍，食實封700戶，考慮到他之前有個從一品的翼國公爵位，加之後來秦瓊在凌煙閣二十四功臣中排名最末，很多人據此認為秦瓊受到了李世民的薄待，而這種薄待是因為秦瓊並沒有參加玄武門之變。
先不說這個結論是從哪裡得來的，至少兩唐書中都有秦瓊參與玄武門之變的明確記載，他作為秦王府的一員，作為李世民身邊的得力幹將，要說不支持李世民而忠於大唐，這顯然是不可能的，秦瓊固然忠於大唐，但在奪嫡這件事中，他不可能置身事外而拒不參加。
如果秦瓊真的對李世民有異心，那根本不可能一直跟隨在李世民身邊建功立業，貞觀年間也不可能成為正三品的左武衛大將軍，死後也不可能得到『太宗特令所司就其塋內立石人馬，以旌戰陣之功焉』的殊榮，更不可能被列入凌煙閣二十四功臣。
這一切都說明李世民對秦瓊是極為看重的。
而秦瓊之所以在凌煙閣二十四功臣中排最末是有原因的，首先凌煙閣功臣所謂的排名其實更多的是根據官職大小來排的，而功臣名單則是考慮到了三個方面的建樹：平定天下、玄武門之變和治理天下。
由此選出了二十四個人，然後根據他們當時的官職《已經去世的則考慮死後追封的官職》來進行排名的。
由此，秦瓊排到了最末，是因為他的官職在功臣名單中是排最末，我們都知道，李世民登基之後，秦瓊雖然擔任左武衛大將軍，但基本就是處於半退休狀態，大部分時間就在家中養病。
不管這病是真是假，貞觀年間他幾乎沒幹什麼事，自然官職也幾乎沒有變動過，正三品的左武衛大將軍就是他的極限，一直到他638年去世被追贈為徐州都督，五年後還能被李世民納入凌煙閣功臣之列，這本身就很能說明李世民對秦瓊的看重的。
既然如此，我們再回過頭來看為何李世民登基之後，秦瓊被封為正三品的左武衛大將軍，而他原本在武德年間就已經有從一品的翼國公爵位了，這是不是一種降低呢？其實並非如此，秦瓊在武德年間是一直呈上升趨勢的，畢竟戰功擺在那裡，誰也抹殺不了，而且爵位和官職本身就不是一回事。
唐朝的官員品級實際上是九品三十級，其包含的品階有這麼幾種：職官、文武散官、爵位、勛位等。
其中職官是真正的職位，而其餘的基本就是沒有具體工作的榮譽職位，代表的榮譽，看起來位高實際沒有實權。
就拿秦瓊來說，秦瓊在武德年間既有爵位又有勛位，同時期的羅士信、程知節都沒有這樣的殊榮，更不用說降唐比較晚的尉遲敬德了。
秦瓊在戰場上的拼勁是有目共睹的，包括他在隋將來護兒軍中以及後來的瓦崗軍中，都是相當拼命的，更不用說投唐之後的表現了。
秦瓊投唐後最先的職位是馬軍總管，在投唐的同一年，他跟著李世民攻打宋金剛，其中美良川之戰中，秦瓊和殷開山成功擊敗了尉遲敬德的大軍，在這一戰中，秦瓊立功最多，因此李淵賜給了秦瓊金瓶，還親自用言語表示對秦瓊的信任，李淵說：
『卿不顧妻子，遠來投我，又立功效。
朕肉可為卿用者，當割以賜卿，況子女玉帛乎？卿當勉之』
緊接著將秦瓊任命為正四品上的秦王府右三統軍，等到打敗了宋金剛之後，李淵再次對秦瓊進行了獎賞，這一次賞的是黃金百斤和雜彩六千段，然後因功授勛，加封秦瓊為上柱國，這樣的勛位在當時的猛將中是獨一份的。
由此可見秦瓊在此戰中立下了怎樣的戰功。
也正是這一戰中，尉遲敬德最終降唐，也成為李世民身邊的一員猛將，和秦瓊、程知節、羅士信等參與平定王世充和竇建德之戰，其中秦瓊、程知節、尉遲敬德、翟長孫分別統領李世民的玄甲軍，在虎牢關之戰中立下赫赫戰功，等到王世充和竇建德兩大勢力被平定之後，朝廷再次論功行賞。
李世民成為著名的天策上將，而秦瓊、程知節、羅士信等猛將在該戰後被授予了國公的爵位。
秦瓊獲封翼國公、程知節獲封宿國公、羅士信剡國公。
而李淵對李世民的封賞還加了物質獎勵，即黃金百斤和帛七千段，這又是別的猛將所不能比的。
因此，我們看秦瓊在武德年間除了正四品上的秦王府右三統軍的官職外，還有從一品的翼國公爵位和正二品的上柱國勛位。
這在同時期的猛將中是最厲害的，而尉遲敬德則相對來說是品階最低的，這和尉遲敬德降唐晚有很大的關系，他雖然很得李世民的寵信，在洛陽一戰中就被李世民視為貼身侍衛。
但因為這是他降唐後的第一次大戰，再怎麼說立的戰功也沒法和別的猛將相比。
故在玄武門之變之前，尉遲敬德職務最低，甚至還曾遭到排擠，被屈突通等人綁了起來，如果不是李世民寬仁，很難說尉遲敬德會不會活到玄武門之變。
而到了玄武門之變前夕，尉遲敬德則抓住了立功的機會，不僅勸說李世民起事更是抵抗住了李建成的威逼利誘甚至暗殺，又在玄武門之變中表現出眾，不僅幫助李世民除掉了二李，更是去李淵那裡』保護『李淵順便請旨，可以說立功最大，也也因此，尉遲敬德戰功直追秦瓊和程咬金。
李世民登基之後，秦瓊、程知節和尉遲敬德都有了正三品的官職，而尉遲敬德也有了從一品的吳國公爵位。
而在食實封方面，尉遲敬德則遠遠超過了秦瓊和尉遲敬德，更是有『齊王府財幣器物，封其全邸，盡賜敬德』以及一萬匹絹。
這算是後來者居上了。
但總體來說，秦瓊從武德年間的正四品上官職升到了貞觀時期的正三品官職，這絕對是升了官，而且根據唐朝的職官設定來說，一品和二品基本就是虛設，要麼是死後追封，要麼是空置，極少有人能在生前得到一品和二品的官職，在貞觀時期，隻有長孫無忌和房玄齡等人曾有過一品的官職，再就是從二品的尚書左右仆射。
大部分時候來說，正三品官職就是官員升職的天花板，而秦瓊的正三品官職就是他這樣的武官最高官職了。