因為殺嶽飛一事，秦檜成為人人唾棄的千古罪人。
長期以來，纏繞著秦檜的一個謎團就是，他如何在金人看守下，逃回南宋。
秦檜在靖康之禍後，隨徽、欽二帝一起被擄到金國，直到宋高宗建炎四年，秦檜帶著妻子王氏、奴仆、婢女、下屬、親信，一同搭船回到宋朝。
當時別人問他如何回來？秦檜自稱是自己殺了監視的金人奪船逃回來的。
秦檜說自己是殺了監視看守的金人才順利逃離，許多人都不相信，認為這根本不可能。
疑點主要有以下四點：
- 秦檜和何栗、孫傅、司馬樸等一同被擒，關押在金國多年。
而其餘三人都沒回來，惟獨秦檜奇跡般地回歸？
- 從金國的中京﹝今遼寧﹞到燕京﹝今北京﹞有千裡之遠，再從燕京到南宋楚州近三千裡，秦檜如何在殺了監視者後，安然無恙地跑這麼遠？這一路上跋山涉水，怎麼可能沒遇上任何防守盤查的人？
- 即便秦檜跟隨撻懶大軍南下，免去了從中京到燕京這段，但如果金人要用他，為什麼不扣留他的妻小作人質。
反倒讓他攜家帶眷，主仆上下一起走呢？
- 秦檜回來時，初遇南宋江防守軍時，一度因為財寶險遭謀財害命。
既然有誘人的行李財物，這豈不是跟秦檜自己說殺金人後，倉皇挾船而逃的說法自相矛盾？
根據以上幾點，一直有人懷疑秦檜是接受了金國的秘密使命，是金國派回來的間諜。
要不是宰輔范宗尹、同知樞密院李回這些秦檜的好友，拼命為其辯護，竭力保證他的忠心。
秦檜一回來，大概不是升官，而是下獄責問。
那秦檜到底是不是金人的奸細，筆者覺得不算是，不過和金人有默契是肯定的。
他在回歸南宋前，擔任過撻懶的文書一段時間，大概是這時期，他說服撻懶或被說服，宋金和平共處是可能的。
因此他在回歸南宋後，馬上就拿出自己起草向金國主帥撻懶的求和書。
而宋金和談，一直是高宗想做但不能說的事情，這才是秦檜聖眷不衰，權傾一時的根本原因。