熙寧二年(1069年)，王安石被任命為參知政事，負責主持變法，這就是歷史上有名的王安石變法。
那年，蘇軾正好服完喪，回到京城。
此前蘇軾和王安石本是筆友，雙方經常就文學作品進行交流，交情還算過得去。
蘇軾雕像
不過，蘇軾對王安石變法的主張並不完全支持。
蘇軾與王安石一樣，認為宋朝存在著冗費、冗官、冗兵等問題，弊病很多，他曾於嘉佑八年《1063年》曾作《思治論》，認為宋朝的現狀是『財之不豐，兵之不強，吏之不擇，此三者，存亡之所從出，而天下之大事也』，並隱晦地提出宋朝需要變革，不同的是王安石認為變法應該雷厲風行、大刀闊斧地改革，而蘇軾卻認為應該緩緩而行。
在看到王安石變法如荼如火地進行，蘇軾認為這並不妥當，於是上書宋神宗，表達他反對王安石變法的主張。
蘇軾前後曾兩次上書，一次是在熙寧二年(1069年)十一月，另一次是在熙寧四年(1071年)三月。
蘇軾作品
熙寧二年(1069年)十一月，蘇軾給宋神宗上奏《上神宗皇帝書》，從道德層面進行討論，認為王安石變法並不合適。
他認為國家執法要寬大，用人有次序，要體諒人的過錯。
最後蘇軾提出不應輕易變更舊的法規。
不過這道《上神宗皇帝書》顯然不會引起宋神宗和王安石的注意，王安石的變法本身就是為了國家謀利，過分講究仁義或守舊並不利於變法。
宋神宗繼位沒多久，正躊躇滿志，想改變大宋，多少都會有點激進，自然不能因循守舊。
蘇軾拿道德說事，其內容也隻是以講大道理為主，顯得很空泛，這說明蘇軾在政治上不成熟的一面。
所以，宋神宗並沒有采納蘇軾的主張，奏書也石沉大海。
王安石雕像
熙寧四年(1071年)三月，蘇軾又向宋神宗上《再上皇帝書》。
與熙寧二年(1069年)的《上神宗皇帝書》不同，蘇軾在政治上顯然成熟很多，他在《再上皇帝書》中不再給宋神宗講大道理，而是對青苗法、市易法、募役法等變法措施提出相應的意見。
例如對青苗法，蘇軾提出：『青苖放錢，自昔有禁，今陛下始立成法，每歲常行，雖雲不許抑配，而數世之後，暴君污吏，陛下能保之與？
』蘇軾指出執行青苗法，其重點是必須約束官吏，如碰到暴君污吏，則成害民之法。
朝廷雖聲明百姓可自願借貸青苗錢，但實際上這是紙空文，蘇軾說：『朝廷既有著令，職司又每舉行，然而買絹未嘗不折鹽，糧草未嘗不折鈔，乃知青苗不許抑配之說，亦是空文』官吏為了政績，強行攤派青苗錢，給百姓帶來極大的負擔。
當時青苗法已經實施近兩年多，蘇軾顯然是看到青苗法實施後的惡果，才會提出這些問題。
影視作品中的蘇東坡
更重要的是，在這篇《再上皇帝書》中，蘇軾對王安石設三司條例司，並在變法的過程中獨斷獨行的做法進行嚴厲批評。
為推進變法，王安石向宋神宗建議設立三司條例司，作為變法的最高指揮部門，統籌變法所有事宜。
由於宋神宗的支持，使得三司條例司獲得非常大的自由權，其權力比政事堂還大，所制訂的變法條例甚至不需要宰相討論，就可以直接施行。
蘇軾說：『今陛下亦知人心之不悅矣。
中外之人，無賢不肖，皆言祖宗以來，治財用者不過三司使副判官，經今百年，未嘗闕事。
今者無故又創一司，號曰制置三司條例使』蘇軾更是點明『陛下欲去積弊，而立法必使宰相熟議而後行事。
若不由中書，則是亂世之法，聖君賢相，夫豈其然？
必若立法，不免由中書熟議，不免使宰相，此司之設，無乃冗長而無名』，認為國家法律從來都不是某個大臣說了算，立法應通過群臣的討論，分析其利弊，才能有利於執行。
一個人拍拍腦袋就輕易決定的法律是不成熟的，如果草率執行的話，則會成為亂世之法。
東坡肉
蘇軾這篇《再上皇帝書》可以是說當時反對變法的典范之作。
王安石看了這篇奏書以後，對蘇軾非常厭惡，他感覺到蘇軾已經成為變法的障礙。
《續資治通鑒》說『安石見而深惡之』，在王安石的施壓之下，蘇軾最終隻能自請外調出京。