軍機處總的職掌是『掌軍國大政，以贊機務』。
它的具體任務，既重要，又廣泛，根據相關歷史書籍和檔案記載，主要有以下幾項：
1.擬寫皇帝發佈的諭旨
皇帝特降的諭旨、或因官員奏請而下的諭旨，都由軍機大臣承皇帝之意，擬寫呈閱，皇帝閱定以後，凡公開宣示的，交內閣頒發，機密的或個別諭行的《《光緒會典》說『或速諭或密諭』》，由軍機大臣封寄《上諭等件均抄錄存檔》叫廷寄。
按官員上報文書說，凡折奏『請旨』者歸軍機處《錄副送內閣傳抄，抄畢交回存檔，即現存軍機處檔案之錄副奏折》，照例的題本歸內閣辦理。
2.辦理皇帝交議的大政
凡遇重要政事皇帝不能裁決的，或特交軍機處議奏或密議，或交軍機處會同關系衙門議奏。
特交的，由軍機處查議其可否，密擬辦法上奏；會同議奏的，或由軍機處主稿，或由所會衙門主稿，臨時酌定。
3.審辦大獄案件
有重大案件特交軍機處審辦的，即在軍機處傳訊。
遇到要刑訊的，或就內務府公所，或就步軍統領衙門公所提訊。
如會同刑部審訊的，或刑部尚書到軍機處會訊，或就刑部會訊，臨時酌定。
每年『秋審』《刑部會同九卿等官在每年八月審辦各省死罪人犯》『勾到』《各省報來死罪人犯預備秋審勾決》事件，則會同大學士一體『承旨』辦理。
4.奏補文武官員
京內外中上級的文武官員及『試差』之主考官、閱卷官，『學差』之各省『學政』，『關差』之稅關監督等官有應升應補的人，由軍機處呈遞名單與缺單『請旨』任用。
西北兩路的參贊大臣、辦事大臣、幫辦大臣、領隊大臣等每三年換防之期，由軍機處呈遞名單，『請旨』更換。
凡文武官記名補用的，遇有缺出，即繕名單呈遞，以備簡放。
5.考查行軍之山川道裡與兵馬錢糧
遇有行軍，則根據有關圖書，結合當時情形，查考山水險要，道裡遠近，如系邊遠地區，圖書中沒有記載或記載不清的，要考查新舊檔案並加諮訪。
應用的兵馬、錢糧，則由戶部、兵部、理藩院等衙門行取簡明確數備查。
遇有皇帝查訊的問題，或繪圖、或繕單，即時呈遞。
6.查考大典禮舊案與考證歷史事件
凡遇國家大典禮須查考舊案者，由軍機處行關系衙門查考檔案匯報，軍機處根據各衙門匯報材料，摘敘簡明節略，開單呈皇帝審閱。
遇皇帝『禦制』記事詩文須查明事之原委者，也要查考書檔，開具節略呈覽。
根據《樞垣記略》記載，乾隆日常作詩，都交軍機大臣繕正，遇有引用故事的，還要查考典籍，為之註明。
這雖超出了國家政務范圍，但在當時看來，也是很重要的任務。
此外，在乾隆間曾奉諭收繳所謂的『禁書』交翰林院審查，最後焚毀各種書籍若幹。
以上是軍機處最主要的職掌。
此外如軍機大臣『常日直禁廷以待召見』，在當時看成是首要任務，皇帝出宮赴西苑、圓明園或出京『巡幸』行圍所住行宮，都有軍機大臣值房。
清《會典》把這一項任務列為軍機處具體職掌的第一條。
此外載在《會典》的，還有擬進『頒賞』《書籍、食物等》名單，『外藩朝貢』擬進『賞賜』物品單等。
這幾項職掌，由國家政務角度來看，倒不是什麼重要的事情。
另外還有不載在《會典》的，倒還有一定的重要性。
如乾隆四十九年《1784》有一條上諭說：『各省督撫年終匯奏事件，向由軍機處將有無遲延遺漏，查明具奏。
……嗣後各督撫年終匯奏各項，均著各部院衙門詳悉查核，匯送軍機處復加考核，於三月間匯齊辦理具奏。
如各該部有疏忽遺漏，軍機處又不能詳加核正，經朕看出，惟軍機大臣是問』這說明軍機處還有稽察各部院衙門匯奏事件的任務。
《樞垣記略》卷二十八說：『辛已殿試閱卷大臣劉文正、劉文定公皆軍機大臣也』又說『南巡蹕時，曾密諭劉於二公留京主會試』《劉為劉統勛，於為於敏中，都是軍機大臣》。
可知軍機大臣還有任『殿試』《皇帝親試各省貢士》閱卷與主持會試《在京會考各省舉子》的任務。