十九世紀六十年代中期，新疆各族民眾在西北回民起義的影響下，發動了反清起義，這也是中國歷史上影響比較大的起義。
一些封建主和宗教上層分子為了獲得利益，利用這一反清浪潮，稱霸一方，形成了幾個比較有影響的割據勢力。
位於南疆的民族敗類金相印，為了能夠在此次鬥爭中取得勝利，竟然向原來藩屬清朝的中亞浩罕汗國求援。
汗國的實際軍事掌權人阿古柏趁機占領了喀什噶爾、英吉沙、莎車等地方，後來幹脆自立為王，建立了一個名為『哲德沙爾』的汗國，想把新疆從中國的版圖上分裂出去。
這時候，清朝已走向沒落，國力沒有那麼強大，而正在中亞爭奪霸權的西方列強英國人和俄國人，都想用阿古柏，以此來控制新疆。
其中沙皇俄國行徑由甚，不但公開地支持阿古柏叛亂，而且還打著代中國『收復』領土的幌子，居然出兵占領伊犁，甚至卑鄙無恥的把伊犁劃為俄國的領土。
西北邊防危機重重，迫在眉睫！全國民眾紛紛要求出兵，收復新疆。
可是，在清廷內部，卻對要不要收復新疆產生了巨大分歧。
北洋大臣李鴻章竭力反對， 而同朝為官的陜甘總督左宗棠則堅決主張出兵收復新疆。
經過反復的爭論，大清最後接受了左宗棠出兵收復新疆的意見，並在公元1875年5月任命他為欽差大臣，由他來主理新疆的收復事宜。
而這時，季高已是六十五歲的老人。
新疆以天山為界，分為南疆和北疆。
左宗棠為了速戰速決，統籌謀劃後采取了先收復北疆，然後再出兵南疆的策略。
收復北疆時，投靠阿古柏的叛將白彥虎在烏魯木齊看守。
清軍的先頭部隊趁夜發動猛攻，阿古柏知道消息後，連忙派兵增援。
經過三個多月的激戰，清軍最終打敗阿古柏的援兵，收復了烏魯木齊，還一口氣攻克了昌吉、呼圖壁、瑪納斯等地。
隨後，左宗棠馬不停蹄，向盤踞南疆的阿古柏軍隊發起總攻。
清軍隻花了半個月的工夫，就突破了阿古柏設置的一道道防線，連續攻克達坂、鄯善、吐魯番、托克遜，消滅敵人一萬多。
這時英國人見勢不妙，耍起『調停』花招，想讓喀什噶爾變成保護國，並通過清政府向左宗棠施加壓力。
正所謂，將在外，君命有所不受。
左宗棠不予理睬，繼續追擊殘敵，阿古柏被打得東躲西藏，最後不得不服毒自殺，他的兒子伯克胡裡帶殘兵敗將逃到俄國境內。
就這樣，左宗棠前後隻用了一年半的時間，就收復了除伊犁以外的新疆全部領土。