大順軍敗回北京以後，李自成曾經考慮過據守北京，二十七、二十八兩日采取了備戰措施，責令軍民火速拆除城外羊馬墻及護城河旁房屋。
但是，經過斟酌，大順軍領導人終於決定放棄北京，主動西撤。
這是因為大順軍在北京地區不可能集中一支足以固守待援的兵力，跟蹤而來的清軍一旦圍城，大順政權的領導人物和敗回兵將就可能成為甕中之鱉；加上城內居民親眼看到大順軍敗陣而回的狼狽情況，訛言四起，潛在的敵對勢力也待釁而動。
在這種形勢下，李自成斷然決定二十九日在北京舉行即位典禮後，立即率部西撤。
離京前『分付闔城人民，俱各出城避難』，同時下令放火焚毀明代宮殿和各門城樓。
大順軍撤退時，『城中扶老攜幼西奔者絡繹不絕』，一些明朝降官如龔鼎孳、塗必泓等人也自動隨軍西行。
這說明大順政權在當時仍有相當威望，城中官民對此後局勢的變化尚難逆料。
清軍在山海關地區作了短暫的休整，即向北京進發。
四月三十日晚上，多爾袞在薊縣獲悉大順軍已經撤離北京，命令多鐸、阿濟格和吳三桂等帶領精兵火速追擊，目的是進一步重創大順軍，盡量截留被大順軍運走的金銀財物。
他自己率領部分兵力於五月初二日由朝陽門進入北京。
愛新覺羅·多爾袞
當時北京城裡的官紳士民並不清楚吳三桂已經投降清朝等情況，紛紛傳說吳軍殺敗大順軍，奪回明太子朱慈烺，即將送回北京即位，因此準備了皇帝的鹵簿法駕出城迎接。
沒想到昂然而來的是清攝政王多爾袞，許多人大吃一驚偷偷溜走，少數官僚則將錯就錯地把多爾袞迎入劫後僅存的武英殿，拜倒在愛新覺羅皇室腳下。
五月初八日，清軍在慶都《今河北省望都縣》城東追上大順軍。
李自成命蘄侯谷英率兵阻擊，被清軍擊敗，谷英陣亡。
接著，清軍又在真定《今河北省正定縣》再次獲勝。
大順軍在畿輔已無法立足，經井陘退入山西，留精兵扼守固關。
追擊的清軍於五月十二日返回北京。
京師的再次易手在明朝官紳中又一次造成重大的影響。
大順軍進京時絕大部分明朝官紳都報名請用，清兵占領北京後相當一批漢族官紳出於民族隔閡不願出仕清朝，紛紛南下。
在爭取漢族縉紳勢力上，清廷顯然技高一籌。
大順政權的追贓助餉，隨後建立的南明弘光政權又以從逆的罪名追究南逃官紳曾經投降『闖賊』而大興『順案』，都使相當一部分官紳大失所望，另尋出路。
范文程
多爾袞進京初期比較謹慎，遇事多聽從范文程、洪承疇等漢族官僚的建議。
為了取得漢族官紳地主的支持，他以為明帝復仇討賊相標榜，進京後的第三天就下令：『官民人等為崇禎帝服喪三日，以展輿情。
著禮部、太常寺備帝禮具葬』鑒於明朝後期黨爭激烈，在京的明朝官僚絕大多數又投降過大順政權，多爾袞不失時機地廣為招徠，入京之初就『大張榜示，與諸朝紳蕩滌前穢』。
『令在京內閣、六部、都察院等衙門官員，俱以原官同滿官一體辦事』。
這就是說不管是東林一復社黨人還是魏忠賢閹黨，是明朝官員還是大順政權官員，只要歸附清朝就官復原職，甚至加官晉級。
其中突出的例子如涿州《今河北涿縣》人馮銓在天啟年間依附魏忠賢，爬到大學士，崇禎初革職為民，多爾袞入京後即以書征至，委任為內院大學士，而且因為他熟悉朝廷典故排名第一，位列范文程、剛林、祁充格、寧完我之前。
馮銓受寵若驚，請求將名次移後，多爾袞說：『國家尊賢敬客，卿其勿讓』
多爾袞剛進關時曾經嚴令沿途軍民一律剃發結辮，遵從滿俗。
入京後又命令京師官民為崇禎帝吊孝三日後即剃發改制。
這一舉措立即引起漢族各階層居民的強烈反感。
當時在北京的朝鮮使臣回國後評論道：『入關之初，嚴禁殺掠，故中原人士無不悅服。
及有剃頭之舉，民皆憤怒。
或見我人泣而言曰：‘我以何罪獨為此剃頭乎’；如此等事，雖似決斷，非收拾人心之道也』
由於清廷立腳未穩，朝廷內新歸附的漢官非議甚多，在野的更驚畏不至，多爾袞不得不暫時收斂，五月二十四日諭兵部道：『予前因歸順之民無所分別，故令其剃發以別順逆。
今聞甚拂民願，反非予以文教定民之本心矣。
自茲以後，天下臣民照舊束發，悉從其便』同年七月，又規定『近簡用各官，姑依明式速制本品冠服，以便蒞事』。
清軍入關初期形勢圖
清廷占領北京初期采取的措施，在相當程度上改變了漢族居民記憶猶新的清軍三次深入內地屠殺擄掠的殘暴形象，特別是對漢族文武官紳招徠有方，不僅使自己迅速在畿輔以及附近地區站穩了腳跟，也為此後征服全國奠定了基礎。
順治元年《1644年》五月，大順軍西撤以後，山東、河北等地的大順地方政權被明朝官紳顛覆；清軍占領了北京附近地區，由於強制推行剃頭等政策，京師附近的居民惶懼不寧，許多地方揭竿而起反對清朝的統治。
三河縣、昌平州、良鄉、宛平、大興、霸州、東安、武清、漷縣、天津等地『盜賊』『千百成群』，以至『輦轂近地，幾同化外』，連京師所用的西山煤炭也因為道路阻隔無法運入城內。
京師內外百姓流言四起，盛傳清軍將有屠民之舉。
多爾袞等清廷統治者一再辟謠，安定民心，同時派兵遣將進行掃蕩，『輦轂之下，盜賊竊發，及至捕獲，少長盡置於法』，連『老稚不能彎弓操刃者』也濫加屠戮。
在這種情況下，清廷需要一段穩定自己在京畿地區的統治和養兵蓄銳的時間。
何況大順軍尚扼守山西，清廷有所顧忌，不敢輕易以主力南下。
因此，畿南、山東和豫東地區在兩三個月裡處於近似權力真空的局面。
弘光朝廷的按兵不動，給清廷以可乘之機。
早在五月十二日，清都察院參政祖可法、張存仁就上言：『山東乃糧運之道，山西乃商賈之途，急宜招撫。
若二省兵民歸我版圖，則財賦有出，國用不匱矣』同月二十五日，清廷派明降臣方大猷為監軍副使招撫山東。
六月初四日，又派明降臣王鰲永以戶、工二部侍郎名義招撫山東、河南。
同月初十日，多爾袞派固山額真覺羅巴哈納、石廷柱統兵收取山東，十四日派固山額真葉臣領兵收取山西。
吳三桂
覺羅巴哈納、石廷柱先聲奪人發出檄文說：『奉攝政王令旨，各調兵馬前往山東等處。
所過地方官民出郭迎接，違者以抗師治罪』同時又以平西王吳三桂名義大張文告，雲為安撫殘黎事稱『攝政王簡選虎賁數十萬南下，牌仰山東等處速速投降』。
隻是由於『濟王』部下都是些烏合之眾，又得不到龜縮於江淮一帶南明閣部史可法等人的支援，德州知州張有芳惟恐貽禍地方，畿南、山東大批州縣就這樣拱手讓給了清朝。
順治元年《1644年》夏季以後，河南的局勢也很復雜。
大順政權原已遍設官員的這塊中原地區，已經由於主力西撤而四分五裂。
大順軍隻控制著豫西等部分地區，其他地方一部分為死灰復燃的明朝官紳竊據，一部分被所謂『土寨豪傑』的地頭蛇盤踞；清方也乘虛而入，攫取了河南省黃河以北的懷慶、彰德、衛輝三府。