秦始皇三十五年《前212年》，由於『儒生』非議朝政，秦始皇一怒之下誅殺四百六十餘人，扶蘇得知消息後直言勸諫，但卻因此被秦始皇發配上郡。
那麼，扶蘇到底是因何被發配，秦始皇發配扶蘇的目的又是什麼呢？
發配原因：與秦始皇治國理念不同，沒能理解秦始皇苦心
由於春秋戰國以來的數百年分裂，秦始皇統一天下後面臨的形勢其實極為復雜，其中最為嚴峻的便是文化制度層面的割裂，雖然秦始皇通過一系列的變革基本實現了制度層面的統一，但文化差異卻根本不是短期內可以消除的。
秦始皇雖然推崇法家治國理念，但也曾嘗試接納列國文化，他不僅沒有阻止其他各派學者湧入咸陽，甚至允許他們登堂入室，對於六國文化和其他學派給予了最大限度的包容。
例如融合儒、法、道三家學說的『五德始終說』，又如咸陽規劃中體現出的道家『法天象地』；再如尊崇儒家和齊魯文化的『泰山封禪』。
秦國與列國文化雖然皆脫胎於周文化，但在發展的過程中，卻吸收了大量的戎狄文化，且深受法家思想所影響，因而深受列國之鄙夷。
即便六國皆為秦國所滅，但六國士子在文化層面仍保持著極大的優越感，在《淮南》《漢書》《荀子》等史料中，隨處可見『刻薄寡恩』、『虎狼之國』、『貪狼強力，寡義而趨利』等詞。
除了文化層面的差異之外，由於秦始皇在統一天下後實行集權統治，且派往各地的官員全部是熟悉秦國律法的秦人，這導致列國士子的晉升之路被徹底切斷，雖然秦始皇也設立了『博士』職位，允許列國士子和其他學派學者參與朝政，但卻僅有議政權而無實際權力，這引起了列國士子的極大不滿，民間非議秦國新政的聲音從來都沒有停止。
秦始皇三十四年《前213年》，秦始皇在咸陽宮擺酒設宴，七十餘位官吏、博士參加了這場宴會。
正是在這次宴會上，齊人淳於越以『事不師古而能長久者，非所聞也』為由，對秦始皇的中央集權統治提出質疑，並要求重新恢復分封制。
要知道，中央集權制可是秦始皇統治的核心，淳於越此語無疑挑戰了秦始皇的底線，於是當李斯提出『焚詩書』建議後，秦始皇當即予以同意。
『焚詩書』事件中，秦始皇不僅按照李斯的建議，下令焚毀除『醫藥卜筮種樹之書』和官方藏書以外的所有詩、書和百家言論的書籍，而且嚴禁民間再有任何詩書、百家言論和攻訐朝廷政策的言論。
然而，就在禁令僅僅一年之後，又發生了侯生、盧生兩位術士逃走的事件，兩人不僅出逃，而且還在民間大肆非議朝政，結果惹怒秦始皇，始皇帝怒道，『盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。
諸生在咸陽者，吾使人廉問，或為訞言以亂黔首』。
秦始皇從來都不是什麼心慈手軟之人，之前為了維護統治穩定，他可以忍耐，可一旦下定決心清除反對聲音，他便不會再手軟。
於是，始皇帝『使禦史悉案問諸生，諸生傳相告引，乃自除犯禁者四百六十馀人，皆阬之咸陽，使天下知之，以懲後』。
且不論秦始皇誅殺的『儒生』到底是儒家子弟，還是術士，秦始皇此舉無疑是為了殺雞儆猴，防止民間再出現其他學派言論。
然而，扶蘇卻根本沒能理解秦始皇的苦心，反而站出來說道，『天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。
唯上察之』
扶蘇此舉不僅是在攻擊秦始皇的施政舉措，而且在思想層面明顯傾向於儒家思想，豈能不令秦始皇惱怒？不過，對於外人秦始皇還能痛下殺手，可扶蘇畢竟是自己的兒子，無奈之下隻能『使扶蘇北監蒙恬於上郡』。
發配目的：到底是為了鍛煉扶蘇，還是將其徹底流放
既然扶蘇是因治國理念不同而被發配，那麼秦始皇將其發配上郡的目的是什麼呢？有人說是秦始皇在有意鍛煉扶蘇，也有人說是秦始皇徹底放棄了扶蘇。
從現有史料來看，個人更傾向於後者。
先說鍛煉之說。
既然扶蘇是因為治國理念不同而被發配，那麼秦始皇的發配之舉，有沒有可能是為了讓扶蘇體驗一下民間疾苦，希望其能夠體諒自己的良苦用心呢？
這種可能性並非沒有，但上郡顯然不是合適的地方，原因在於上郡當時乃是在對抗匈奴的前線，在這裡雖然能夠體會到民間疾苦，但對於扭轉扶蘇的思想問題顯然沒有什麼幫助，畢竟父子兩人的沖突根本乃是在治國理念和文化層面。
再說流放之說。
要知道自春秋戰國以來便有『儲君不外放，外放即被廢』的定例，也就是說公子一旦被發配，便標志著其已經退出了繼承人的爭奪。
其中最為典型的一個例子便是晉國『驪姬之亂』時，晉獻公將太子申生發配曲沃，以致『 晉國以此知太子不立也 』。
雖說當時扶蘇以監軍的身份來到蒙恬營中，且蒙恬手中握有三十萬重兵，可根據秦朝的制度，軍隊隻有秦始皇才能調動。
要知道『蘄年宮之變』時，即便嫪毐動用了太後趙姬的印璽，也沒能調動軍隊，更何況扶蘇一個發配的公子身份。
很多人持鍛煉之說的一個很重要原因，便是認為扶蘇乃是秦始皇欽定的繼承人，雖然根據《史記》的記載，秦始皇臨終之前，的確有意立扶蘇為皇位繼承人，但根據《秦始皇本紀》的記載，秦始皇臨終之前命趙高給扶蘇送去的詔書內容乃是『與喪會咸陽而葬』，隻是讓其返回咸陽參加葬禮，而並非立儲，隻是在《李斯列傳》和《叔孫通列傳》中說胡亥乃是『詐立』。
此外，根據《北京大學藏西漢竹書》第三卷的《趙正書》記載，秦始皇病重之時曾就繼承人問題與李斯等大臣進行商議，當時丞相李斯、禦史馮去疾便建議道，『今道遠而詔期群臣，恐大臣之有謀，請立子胡亥為代後』，面對這個提議，秦始皇隻說了一個字，『可』。
更為重要的是，扶蘇在治國理念上與秦始皇有著嚴重沖突，而胡亥在趙高的輔佐下，卻是從小接受法家思想教育，更為偏向法家治國理念，從這一點來講，秦始皇立胡亥的可能性也更大。
如上所述，個人認為由於治國理念的沖突，秦始皇選擇了將扶蘇發配上郡，但很可能也是因此，秦始皇將扶蘇排除在了繼承人行列之外。
至於讓扶蘇得到歷練，這個可能性的確存在，但並不能就此認定秦始皇是在有意培養扶蘇。