在魏晉南北朝時期玄學興起，佛教與道教兩個教派迅速發展，儒學已經遠遠不如兩漢時期興盛，但是官方正統的思想仍然是儒學。
東晉十六國以來，胡族統治者為了爭取正統，提出了『儒本道末』的思想和玄學向儒學的靠攏，使儒學在一定程度上重新受到統治者的重視。
南北政權都采取了許多措施來加強儒學，使儒學在這個時期得到了繼續發展，其高峰大致在南方的梁武帝統治時期，北方在孝文帝改制以後。
在發展的過程中，儒學開始分為南學和北學兩個派別，南學就是指東晉南朝的儒學，北學就是指北朝的儒學。
南學、北學在治學趨向、所奉經典、治學方法上均有較大的差異，南學更加著重從綜合、抽象義理上去探求儒學精神，而北方則註重兼通博考。
這個時候南北雙方都出現了一些著名的經學家或者經學世家，南方比如說劉宋時期的雷次宗，北方的崔浩、盧玄等人，這些人都是聞名於世，甚至是傳名後世的大儒。
魏晉南北朝的儒學是在與玄學、佛教和道教的較量中發展起來的。
它作為以倫理、政治為中心的人文知識，在哲學思辨方面或不如玄學和佛道二教，但他與國家的制度、法律和公私生活關系密切，因而儒學在儒、玄、釋、道中仍然居於首位，在國家政治生活中發揮著重大作用。
時人認為儒學在政治上有利於加強皇權，重振封建綱常，也有利於建立中原正統形象，感召四夷，建立大一統。
這些都是玄、釋、道所不能取代的功能。
特別是在北方，運用儒學用中原制度改造北魏鮮卑政權，加速了鮮卑族封建化進程。