元熙元年七月，東晉相國劉裕進位宋王，他下令赦免了宋國國內五年有期徒刑以下的罪犯。
八月，他從彭城南下，移駐壽陽，以度支尚書、表兄劉懷慎為都督北徐州、兗州、青州、淮北諸軍事，中軍將軍，北徐州刺史，代替自己鎮守彭城。
劉裕離開淮北的彭城標志著晉軍北伐的徹底終結。
九月，劉裕辭去了揚州牧一職。
此時，整個東晉帝國的各個地方大員均為劉裕的親屬或者近臣。
十二月，晉恭帝又下詔給予宋王劉裕特殊的待遇∶宋王的禮帽上配有十二條流蘇，建天子旌旗，出警入蹕，乘坐金根車，駕六馬，備五時副車，置旄頭雲罕，樂舞八佾，設鐘虞宮縣。
進王太妃為太後，王妃為王後，世子為太子，王子、王孫爵命之號，一如舊儀。
新年過去後，身在壽春的宋王劉裕召集群臣一起喝酒，酒酣耳熱之際，他淡淡地對大家說∶『桓玄篡逆，晉室的政權就已經轉移了，我率先號召人們起義，興復晉室，南征北戰，平定四海，建立了大功，遂被授予九錫之命。
如今，我的年紀已經大了，地位如此之高，大凡天下事物都忌諱盛滿，物盛則衰，這樣下去，難以永保平安。
因此，我打算辭去爵位，情願退休，在京師安度晚年』
可在座的人沒有一個能真正理解劉裕的真實想法，大家都紛紛稱頌劉裕的功德，勸說他不要辭職，等等。
天色已晚，酒宴完畢，眾人各自散去。
傅亮在回家的路上，一直品味著劉裕席間的話，他突然醒悟，於是，趕緊往王府回轉。
傅亮一進門，隻說了一句話∶『臣下應當去京師一趟』
劉裕當然明白傅亮的意思，他也沒有多說，隻問道∶『你需要幾個人跟隨？』
傅亮回答∶『幾十人就行了』
說畢，起身告辭。
出得門來，傅亮抬眼望去，隻見一顆長星《類似彗星》明亮而寂靜地劃過那深沉而又略顯詭異的夜空。
他拍著大腿嘆息著自言自語道∶『我從來都不相信天文術數，沒有想到今天竟然應驗了！』
傅亮到建康運作以後，晉恭帝即於元熙二年《公元420年》的四月征召宋王劉裕入京輔政。
劉裕任命四子劉義康為都督豫州、司州、雍州、並州諸軍事，豫州刺史，接替自己鎮守壽陽。
此年，劉義康年僅12歲，劉裕留下相國參軍劉湛為長史，總理豫州府的軍政要務。
元熙二年《公元420年》六月九日，東晉相國、宋王劉裕一行抵達了建康。
此前不久，為了配合劉裕篡位，東晉帝國照例出現了不少祥瑞。
據說，竟陵郡的江邊自行出現了十餘件古代的銅制禮器，人們奉獻給晉恭帝，晉恭帝司馬德文不敢接受，讓給劉裕，劉裕將其藏在相府。
劉裕的船隻還停靠在石頭城邊的渡口，禪讓大典即進入倒計時了。
傅亮按照劉裕的密令，暗示晉恭帝司馬德文禪位，傅亮本人親自寫下禪讓詔書的草稿，然後，讓晉恭帝司馬德文書寫。
接到草稿以後，司馬德文面露喜色，他對身邊的侍從們說∶『晉氏早就失去了民心，桓玄的時候，就被篡奪，正是劉公讓天下又延續了二十年。
今天之舉，我心甘情願，還有什麼遺憾的呢？』於是，司馬德文在紅色的紙上抄下了那份詔書。
據《建康實錄》記載，當天，使持節兼太保、散騎常侍、光祿大夫謝澹《謝安的第三子》，太尉、尚書劉宣范拿著皇帝的印綬，送交劉裕。
劉裕自然要作態一番，又上書表示辭讓。
但此時晉恭帝司馬德文已經離開皇宮，回到了瑯邪王府邸。
百官拜別晉恭帝，隻有秘書監徐廣號啕大哭，謝晦對他說∶『徐大人，你是不是哭得有些過分了』
徐廣反唇相譏∶『你是宋朝的佐名元勛，我是晉室的前朝遺老，悲歡之情，當然不同！』
劉裕依然在推辭，但是，他的上書已經沒有皇帝批復。
這時，百官再次上書勸說他接受皇帝印綬，但是，他依然沒有同意。
太史令駱達又提出∶『從義熙元年到元熙元年，太白星在白天出現了七次。
根據占卜書∶’太白經天，民更生，異姓興。
‘義熙七年，五道彩虹出現在東方，占卜為∶’無虹現，天子黜，聖人出。
’……』駱達一共舉出了數十條征兆，群臣又依此懇請，在這種情況下，劉裕才終於同意了。
元熙二年六月十四日，劉裕下令在建康南面建立高臺，舉行登基典禮，向上天報告，即皇帝位。
至此，58歲的劉裕代替了35歲的司馬德文，成為江南地區的最高統治者。
典禮結束以後，劉裕駕臨建康皇宮，登上了太極前殿，下詔大赦天下。
對於被鄉黨清議遭到禁錮的人士，也一概恢復名譽。
同時，改元永初，封晉恭帝司馬德文為零陵王，食邑一郡，給予司馬德文諸如載天子旌旗，乘坐五時副車，使用晉朝原來的正朔，上書不言表，答表不稱詔等優厚待遇。
然而，劉裕並沒有按照他詔書所下的那樣，給司馬德文配備應有的禮儀，他隻是嘴上說說而已，『有其文而不備其禮』。
同時，他還不敢真的將司馬德文遷往零陵，而是下令在建康附近的秣陵縣興建王宮，以安置司馬德文，並派族弟冠軍將軍劉遵考率軍看守。
將司馬德文的皇後褚靈媛降號為零陵王妃，褚靈媛僅生下兩個女兒，一個即海鹽公主司馬茂英，嫁給了劉裕的太子劉義符，另一個是富陽公主，名諱不詳。
典禮過後，謝晦不失時機地對劉裕說∶『陛下應天受命，登壇之日恨不見謝混奉上印綬』
劉裕也嘆息說道∶『我也非常遺憾，不能讓年輕人看到他的風采！』謝晦的話當然是提醒劉裕在新朝中能夠重視陳郡謝氏，而劉裕的回答也是為了讓謝晦放心，畢竟劉裕還要依靠門閥士族的支持。
登基以後，劉裕即追尊父親劉翹為孝穆皇帝，親生母親趙安宗為孝穆皇後，尊奉繼母蕭文壽為皇太後。
同時下詔，將晉朝封給王導的始興公降為始興縣公，封給謝安的廬陵公降為柴桑縣公，封給溫嶠的始安公降為荔浦縣侯，封給陶侃的長沙公降為醴陵縣侯，封給謝玄的康樂公降為康樂縣侯。
至於其他屬於劉裕勢力的被封為公的，不再降低爵位。
與劉裕關系較好的晉臨川王司馬寶被封為西豐縣侯，食邑一千戶。
六月十七日，劉裕加封同父異母弟弟劉道憐為太尉、長沙王；追封司徒劉道規為臨川王；尚書仆射徐羨之加鎮軍將軍，右衛將軍謝晦為中領軍，宋國領軍檀道濟為護軍將軍，中領軍劉義欣《劉道憐第三子》為青州刺史，立南郡公劉義慶為臨川王。
追尊劉穆之為南康郡公，王鎮惡為龍陽縣侯。
即位以後的劉裕經常嘆息說∶『劉穆之不死，當幫助我治理天下，這真可謂是‘人之雲亡，邦國殄瘁’！”還說∶”劉穆之死後，人們就小看我了。
“最後，他又冊立自己的兒子桂陽公劉義真為廬陵王，彭城公劉義隆為宜都王，第四皇子劉義康為彭城王，改晉朝使用的泰始歷為永初歷。
由來隻有新人笑，有誰聽到舊人哭。
禪讓以後的司馬德文很快就預感到事情並不美妙。
他與自己的皇後褚靈媛這對患難夫妻，常常擔心有一天會被殺掉。
褚靈媛與司馬德文形影不離，共居一室，司馬德文吃的飯、喝的茶，全部出自褚靈媛之手。
因此，劉裕派出的謀殺團一直沒有得手。
於是，劉裕想到了褚靈媛的兄弟們。
褚靈媛共有四個兄弟∶褚秀之、褚淡之、褚裕之和褚湛之。
這四人一直投靠劉裕，早在司馬德文退位之前，為了讓司馬德文絕嗣，他們遵照劉裕的指示，利用皇後親兄弟的關系，出入皇宮，一旦發現司馬德文的妃子生下了皇子，便伺機殺害。
因此褚靈媛留下的也隻有兩個皇女。
如今，劉裕既想殺害司馬德文，又不想堂而皇之地派人進入王府，造成負面影響，隻能派遣司馬德文的下屬或者親戚前往，以免引起非議。
劉裕首先命令瑯邪王侍中張偉攜帶一瓶毒酒，前去秣陵鴆殺司馬德文，張偉不忍謀害故主，含恨喝掉了那瓶毒酒自殺。
劉裕聞訊，不禁大怒，又派褚淡之兄弟假意前去探望褚靈媛，引出褚靈媛到另外一個房間裡說話。
就在褚靈媛離開司馬德文的這一小會兒，劉裕派出的士兵們翻墻而入，進入司馬德文的住室，逼迫司馬德文喝下毒酒。
皈依佛教的司馬德文搖了搖頭，說道∶『佛教說∶凡是自殺的人，轉世就不能再投人胎了』士兵們一擁而上，將司馬德文蒙在被子裡，活活捂死！司馬德文死時年僅36歲。
這是劉宋永初二年《公元421年》九月的事，距離司馬德文禪位僅僅一年多一點。
司馬德文被殺後，劉裕在朝堂上率領百官舉行哀悼儀式，並命令太尉監護葬禮，謚號為晉恭帝。
對於劉裕的作為，前人早有微詞。
比如，南宋學者王應麟在《困學紀聞》中就說道∶『魏之篡漢，晉之篡魏，山陽、陳留猶獲考終，亂賊之心猶未肆也。
宋之篡晉，逾年而弒零陵，不知天道報施，還自及也。
齊、梁以後，皆襲其跡，自劉裕始』從劉裕開始，開了一個壞頭。
以後以禪讓方式取得帝位的人都效仿劉裕，將前朝君主殺死，不過，這也應到了劉裕自己子孫的身上。