盧循本有茍安嶺南之心，隻是在徐道覆的堅決要求下，才勉強起兵。
盧、徐起兵以後，兵分兩路，沿湘江、贛江順流而下，很快就取得了長沙、豫章等地的勝利，尤其是在擊敗何無忌、劉毅軍以後，兵威甚盛。
然而，在桑落洲之戰後，盧循得知劉裕已回師建康，他又開始猶豫不定，在潯陽滯留數日，大軍才決定繼續東下建康。
即便此時，建康的守備仍非常薄弱，人心不穩，各地響應盧循的也不乏其人，建康城的確是危若累卵。
而盧循卻沒有必勝的決心和勇氣，沒有趁著劉裕立足未穩，以壓倒優勢與晉軍決戰決勝，反而給了東晉朝廷十餘日部署的良機，等到盧循隨後再發起進攻時，已經難以得手。
繼而，盧循軍的糧道又被庾悅、虞丘進軍切斷，部隊在建康近郊又搶劫不到糧食，士氣低落，無奈隻好選擇放棄強攻建康，退守潯陽，謀求奪占荊州。
退回潯陽的盧循，計劃在劉裕反攻之前，奪下荊州，既能避免兩面作戰，又可以占據上遊優勢，以此為根據地，再慢慢與東晉朝廷對抗。
在茍林失敗後，盧循又命令徐道覆率領三萬大軍再次西上，進攻荊州。
徐道覆軍突然出現在江陵東南的破塚，當時，魯宗之已率軍返回了襄陽。
江陵城內謠言四起，有人說盧循已攻克了建康，派遣徐道覆前來荊州擔任荊州刺史，然而，荊州軍民都對劉道規燒毀大家的通敵書信十分感激，不再存有二心。
劉道規命令劉遵率領一支遊擊部隊迂回到戰場側翼，親自率領荊州主力部隊在豫章口《江陵東南》迎戰徐道覆的軍隊。
兩軍立即展開激戰，荊州前鋒失利，眼看就要潰敗，就在這時，劉遵的這支奇兵突然從側翼殺出，攔腰夾擊徐道覆所部，正在追趕的徐道覆之軍頓時被打得暈頭轉向，很快就潰敗了。
此戰荊州軍隊斬殺敵軍一萬多人，剩餘敵人幾乎全部投水而死。
徐道覆的三萬人馬全軍覆沒，他本人乘坐小船倉皇逃往濫口《江西九江》。
盧循企圖奪取荊州的第二次努力又失敗了。
而此時的劉裕經過三個月的忙碌，已做好了對盧循全面反攻的準備工作，也不再給其繼續休整的時間。
劉毅多次請求率軍追擊盧循，劉裕遲疑不決，長史王誕秘密對劉裕說∶『大人平定南燕，再滅掉盧循，將功蓋天下，如此大功，豈能與他人分享劉毅與大人一起以百姓之身起事，推舉大人為主，不過是權宜之計罷了，如今的劉毅已經蒙受桑落洲慘敗，名譽受到損失，就不應再讓他立下大功』劉裕采納了王誕的建議，命令劉毅作為太尉府總監，全權負責後方事宜。
十月十四日，劉裕率領兗州刺史劉藩、寧朔將軍檀韶、冠軍將軍劉敬宣等人率領大軍從建康出發，西上進攻盧循。
義熙六年十一月，當王仲德等人聽說劉裕大軍即將西上的消息，他們決定在劉裕到來之前，對扼守南陵的盧循軍范崇民部發起進攻。
當時，范崇民所部一百多艘戰艦分據長江兩岸，天降大霧，劉鐘親自率領部隊前往偵察。
敵人用長鉤將劉鐘乘坐的小船鉤住，劉鐘趁勢率領士兵進攻敵艦船門，敵人趕緊將船門關上，劉鐘因此撤回。
王仲德命令眾將一齊向范崇民所部發起進攻，范崇民不敵，敗退西撤。
晉軍追趕一百多裡，燒毀了敵人大量戰艦。
晉軍取得南陵大捷的同時，建威將軍孫處、振武將軍沈田子這支遠征軍也經過了三個多月的海上跋涉，於十一月二日來到廣州城下。
盧循留守在廣州的部隊根本沒有想到晉軍會從海上長途奔襲而來，也沒有做任何戰鬥準備。
晉軍行至廣州十餘裡時，盧循軍還未發覺。
當時，廣州城內尚有數千守軍，城池堅固，但正巧當天是大霧天氣，孫處下令將己方戰艦全部焚毀，全軍棄船登岸，從四面全力攻城，經過一天的激戰，終於攻陷了廣州城。
盧循的父親盧暇、長史孫建之、司馬虞梃夫等，坐著小船逃奔始興。
孫處安撫居民，誅殺盧循同黨，堅守城池，並命令振武將軍沈田子等人率軍平定了始興《廣東韶關》、南康《江西贛州》、臨賀《廣西賀州》、始安《廣西桂林》等嶺南諸郡。
王仲德等人為劉裕大軍掃清了西進的障礙，劉裕大軍順利抵達潯陽以東以北的雷池地區。
盧循軍自撤離建康後，連續遭到慘敗，急於與劉裕展開一場決戰，以重振士氣，扭轉戰局，而劉裕則駐軍雷池，不急於對盧循發起進攻。
盧循揚言將置劉裕雷池軍於不顧，率領主力部隊逕行東下，再次攻擊建康。
劉裕深知盧循本意是想決戰，但又拿不定盧循的真實意思，擔心他真的東下以後，建康出現意外，或者盧循戰敗，順流東下進入大海。
於是，他提前命令王仲德率領二百戰艦東下，駐紮在吉陽，以備不測。
十二月二日，盧循、徐道覆率領數萬大軍順流而下，戰艦蔽塞江面，一眼望不到盡頭。
劉裕提前率一支奇兵渡過長江，登上長江南岸山嶺，親自揮舞戰旗，敲動戰鼓，命令全軍出擊，與敵決戰。
右軍參軍庾樂生的戰艦畏敵不進，劉裕下令將其斬首，傳首全軍，於是，全軍將士個個奮勇爭先，向敵人殺去。
劉裕在軍中配備了大量威力巨大的弩箭，一時間，萬箭齊發，敵人死傷慘重。
就在這時，突然刮起了東北風，將盧循軍的戰艦都刮到了長江南岸，而早已在南岸埋伏的晉軍，提前準備好了各類火器，從山嶺上向敵艦投擲火把、火箭。
霎時，狼煙四起，煙炎張天，燒毀了大量敵艦，江面上的晉軍趁勢朝敵人猛攻，盧循大敗，狼狽逃回潯陽，晉軍一直追殺到傍晚，這才凱旋。
劉裕將王仲德從吉陽召回，命其重新擔任前鋒，留下孟懷玉駐守雷池，大軍隨後向潯陽撲來。
盧循聽說劉裕將強攻潯陽，不敢戀戰，打算向豫章南撤。
於是，他在左裡全力構築防禦工事，切斷鄱陽湖的航道，以阻擋晉軍南下。
十二月十八日，雷池大戰半月以後，晉軍被阻擋在左裡。
劉裕將下令出戰時，手持的令旗旗桿卻突然折斷，令旗也掉到水中，將士們都十分害怕，以為這是一個不祥之兆。
劉裕卻朗聲笑道∶『昔日覆舟山之戰時，旗桿也曾經折斷過，如今旗桿又斷了，肯定能夠取得大勝！』於是命令晉軍朝敵人的營柵發起猛攻。
盧循守軍雖作殊死搏戰，但依然無法擊退晉軍的進攻。
盧循乘坐一隻小船狼狽而逃，被斬殺及投水而死的士兵大約一萬多人。
戰後，劉裕命令兗州刺史劉藩、中軍諧議參軍孟懷玉率領輕裝部隊，跟蹤追擊盧循殘餘部眾，而劉裕則從左裡回到建康，晉安帝派遣侍中、黃門侍郎犒勞劉裕。
雷池和左裡兩次決戰，基本上消滅了盧循主力。
盧循搜集散兵遊勇，尚有數千人之眾，他帶著這數千人馬一路朝廣州逃去，徐道覆則退往始興。
劉裕臨時指令建威將軍褚裕之為廣州刺史，朝廷任命其為都督交州廣州諸軍事、建威將軍、領平越中郎將、廣州刺史。
第二年即義熙七年《公元411年》一月，劉藩率領孟懷玉等諸將追到嶺南。
二月五日，孟懷玉所部經過一個月的圍攻，終於攻陷了徐道覆固守的始興，將徐道覆斬殺。
盧循一路南撤，路上搜集殘兵敗將，行至廣州，將固守此地的孫處包圍了二十多日。
當時，沈田子所部已加入劉藩戰鬥序列，協同劉藩、孟懷玉進攻始興，聽說廣州孫處被圍的消息，沈田子對劉藩說∶『廣州城池雖然堅固，卻是敵人的老巢，如今盧循前去圍困，也許城內會發生變故。
況且，孫處兵力薄弱，難以堅持很久。
假使盧循再度占領廣州，將恢復元氣。
下官與孫處患難與共，遠渡大海，歷經千難萬險，才攻克廣州，豈能坐視不救?』
四月，沈田子率領本部人馬南下增援。
孫處看到沈田子的援軍到來，不禁大喜，城內守軍士氣隨之大振。
沈田子背水列陣，身先士卒，朝盧循軍發起進攻，一戰將其擊潰，殺死敵軍一萬餘人。
沈田子與孫處合兵一處，追擊盧循殘部，又分別在蒼梧《廣西梧州》、鬱林《廣西桂平》、寧浦《廣西橫縣》，三戰三捷，將盧循趕出廣州地界。
此時，孫處卻身染重病，於是，部隊停止追擊，回到廣州，不久，孫處在廣州病死。
當時，兵荒馬亂之後，盜賊四起，沈田子率軍四處出擊，經過一個多月的戰鬥，將廣州各處盜賊全部平定，等廣州刺史褚裕之來到廣州以後，沈田子這才率軍返回京師。
當初，九真太守李遜發動叛亂，東晉交州刺史杜璦將其誅殺，杜璦死後，東晉朝廷即任命其子杜慧度繼任交州刺史。
此時，朝廷詔書尚未送達，而盧循卻已襲占了合浦《廣西合浦》，向交州《治所龍編》殺來。
杜慧度率領交州地方部隊在河內東北的石碲擊敗盧循軍，生擒盧循長史孫建之。
盧循雖然戰敗，但仍有三千部眾，均是百戰餘寇，而李遜的兒子李弈、李脫等人也招集當地山民，發動叛亂。
盧循得知李奕等人與杜氏有仇，就派出使者請求與李奕等人聯合，於是，李奕等人率領五六千當地山民，接受盧循的指揮。
四月二十四日清晨，盧循所部推進到龍編南郊渡口，此時，盧循、李奕之眾將近萬人，龍編城岌岌可危。
而對於盧循而言，也是勢在必得，他下令全軍攻陷城池後，再吃早飯。
杜慧度將家中的財產傾囊拿出，犒賞全軍，然後，率軍出城與盧循所部交戰。
杜慧度的弟弟、交趾太守杜慧期，九真太守杜章民率領水陸混合軍團，杜慧度則親自登上艦橋指揮，向盧循戰艦發射火箭、投擲火炬，陸軍在兩岸亂箭夾擊，一時間，盧循戰艦全部起火，徹底崩潰。
盧循中箭，自知難以逃脫，先將妻子和十餘個兒子毒死，然後，招來姬妾問道∶『誰能隨我而死?』多數人說∶『鳥雀尚且偷生，一起去死，實在很難』也有的姬妾說∶『大人尚且要死，我豈能茍活?』盧循下令將不願從死的姬妾全部毒死，自己則投水而死。
杜慧度將其屍體從水中撈出斬首，並斬殺了盧循之父盧暇、盧循的兩個兒子、親屬錄事參軍阮靜及中兵參軍羅農夫、李脫等人，將全部人頭傳到建康。
東晉朝廷加封杜慧度為龍編縣侯，食邑千戶。
持續十一年之久的孫恩、盧循之變，就此被平定。