元興三年二月二十七日，桓玄登基僅僅兩個月二十七天。
劉裕對外宣稱將要出城打獵，與何無忌等人集合義軍。
同謀骨幹分子共計二十七人，以這些人為核心，又聚集了一百多人。
第二天凌晨，京口城門剛一打開，這隊人馬就來到了京口城下，何無忌身穿傳達詔書的朝廷使者衣服，騎著一匹快馬，走在隊伍的最前面，高聲叫喊有緊急詔命！眾人狂奔入城，齊聲鼓噪，事出突然，京口將吏不知何事，均驚恐逃散，無人敢動。
劉裕一行人直接奔進刺史府，臧熹的同族侄兒臧穆生幹凈利落地斬殺了桓修，拿著桓修的人頭傳示全城。
劉裕畢竟是桓修的下屬，看到桓修被殺，不得不做做樣子，對著屍體，他放聲大哭，命令厚加殯葬。
與此同時，江北的劉毅也進展順利。
青州主簿孟昶勸說桓弘當日一早出城打獵，天還沒亮，桓弘即命人打開廣陵城門，讓獵人先出城。
看到城門打開以後，在城外的劉毅、劉道規等人率領五六十名壯士，突入城內。
桓弘正在興沖沖地吃早飯，準備出發。
隻見劉毅等人闖入堂中，手起刀落，將其誅殺。
然後，劉毅等人集合廣陵的軍隊，南渡長江與劉裕會合。
劉裕剛剛拿下京口，桓修司馬刁逵的三弟刁弘即率軍前來，劉裕登上城樓，對下面喊話說∶『江州刺史郭昶之已經在潯陽奉安帝復位，我等均接到密詔，誅殺奸黨，今日一同舉事，桓玄的人頭已經高懸於朱雀橋上了。
你們大家難道不是大晉的臣民嗎?來此要幹什麼?』城下的刁弘等人不辨真假，猶疑了一會兒，最終整軍退去。
刁弘的二哥刁暢為桓玄的右衛將軍，刁弘很快便證實了劉裕所說是假，兩人密謀起兵平定叛亂。
然而，最好的時機已經喪失，劉毅率領廣陵之軍已南渡京口。
劉裕命令劉毅率軍討伐，刁暢臨陣被殺，刁弘逃跑，不知所終。
刁氏是京口的大財主，奴仆賓客眾多，在京口為非作歹，被稱為『京口之蠹”。
劉裕年少時就曾因欠下刁氏賭債而被鞭打。
在刁暢被殺以後，劉裕下令查抄刁家，任憑百姓到刁家搬糧食、財物，全城的人搬了一天還沒有搬完。
劉裕此舉一是解了自己的心頭之恨；二是為民除了一害，爭取民心；三是解決軍資，可謂是一舉數得。
京口和廣陵兩處均進展順利，可是，歷陽和建康兩處卻遇到了不小的麻煩。
劉裕在起事前，即派遣周安穆前往建康，將起事的消息向劉邁作了通報，要求劉邁同時舉義。
劉邁雖然口頭上應允，內心卻十分猶豫。
見到劉邁這種表現，周安穆擔心他會泄露消息，果斷脫身，離開了建康。
正巧，桓玄任命劉邁為竟陵太守，惶恐不安的劉邁也急於離開這一是非之地。
當晚，桓玄讓人給劉邁捎去一封書信，信上說∶『今日北府人心咋樣愛卿近日見到劉裕，說了些什麼呢』周安穆到達京師，也許已被桓玄的密探偵知。
不過，桓玄根本沒有想到劉裕會叛變，因為，前不久桓玄才剛剛下詔要求有關部門整理北府將士在討伐盧循中的戰功材料，準備進行大規模的封賞，桓玄也僅僅是隨口一問罷了。
然而，心裡有鬼的劉邁以為桓玄已經得知了內情。
他直接入宮面見桓玄，將劉裕起事的絕密情報，向桓玄和盤托出。
聽了劉邁的匯報，桓玄一下子驚呆了。
他當即加封劉邁為重安侯，並立即組織人力，將京師之中的王元德、辛扈興、童厚之等人悉數逮捕，予以誅殺。
一天過後，桓玄突然想到，劉邁沒有扣留周安穆，又下令將劉邁殺掉了事。
兩人的恩恩怨自此了結。
劉裕在元興三年《公元404年》二月二十八日清晨順利拿下京口城以後，當天即被大家推舉為盟主，總督徐州事務。
他以孟昶為長史，守衛京口，以檀憑之為司馬。
彭城中有應募當兵的，劉裕讓彭城主簿劉鐘統領。
劉裕說∶『彭沛之人有想參加起義的，都到劉主簿這裡登記』組成『義隊』作為自己的親兵。
二月二十九日，劉裕親率徐兗二州之眾，共計一千七百人推進到竹裡《江蘇句容北》，向遠近發出檄文，稱益州刺史已經平定荊州、襄陽；江州已經迎立晉安帝復辟；鎮北參軍王元德等人，率領部曲占據了石頭城；揚武將軍諸葛長民也占領了歷陽；征虜參軍庾賾之等人已暗中與義軍同謀，許為內應。
桓玄從東宮搬回到皇宮，百官徒步跟隨，並命令值班侍從官員全部吃住在衙門。
他下詔赦免揚州、豫州、徐州、兗州、青州、冀州等六州，加桓謙為征討都督、假節，以殷仲文接替桓修，擔任徐兗二州刺史。
桓玄召桓謙、卞范之等人商議對策，桓謙等人均表示∶”應當派兵火速進擊』
桓玄卻說∶”不然。
劉裕之兵，銳不可當，進展迅速，因為他們深知自己命懸一線，勢必要拼死一戰。
如果派遣水軍，則不足與之相抗。
而且如果大軍前去，一旦出現閃失，那麼，敵人的氣勢就會百倍，而我們將大勢去矣！不如將大軍集結在覆舟山，以逸待勞。
他們白白奔跑了二百多裡地，什麼都沒遇到，銳氣將會受挫。
等他們到來之後，突然看到我嚴陣以待的大軍，必然會驚慌失措，亂成一團。
屆時，我仍然按兵不動，不與其交戰，劉裕求戰不得，必然會慢慢散去，這是上策』
桓謙等人堅決主張主動進擊，桓玄這才派遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷等人率軍北上，抵禦義軍。
劉裕以區區一千七百之眾，就把桓玄嚇得不敢主動出擊，似乎有些奇怪。
當時，就有人勸說桓玄∶『劉裕等人不過是烏合之眾，力量十分薄弱，豈能辦成大事，陛下多慮了！』
可是，桓玄卻回答∶『劉裕此人足以成為一世之英雄；劉毅家中窮得連一石糧食都沒有，可是他賭博起來一擲就是百萬錢的輸贏；何無忌乃劉牢之的外甥，性格酷似其舅舅，這三個人聚集在一起，行此大事，誰說不會成功！』
三月一日，劉裕的義軍在江乘與前來應戰的楚軍吳甫之部遭遇。
吳甫之是桓玄手下的一員驍將，所率之兵十分善戰，是楚國的王牌軍。
劉裕同樣是一位百戰百勝的常勝將軍，而且，他總能險中求生，善於打惡仗，以少勝多，以寡擊眾。
面對吳甫之軍，劉裕提起精神，他手持慣用的長刀，狂呼著朝楚軍殺去。
在戰場上如同兇神惡煞的劉裕，擋者死，遇者亡，如入無人之境。
身後的義軍也都喊殺著，沖入楚軍軍陣之中，楚軍頓時大亂，四散潰逃。
吳甫之臨陣被斬殺，義軍初戰告捷，一直追殺到江乘以南的羅落橋。
在這裡，剛剛取勝的義軍又遇到了桓玄的第二支軍隊————皇甫敷之軍。
據《建康實錄》記載，當時，皇甫敷所率之軍有三千人，是精銳之師。
劉裕與檀憑之各領一支義軍，檀憑之是劉裕的先鋒，羅落橋之戰又是一場惡戰。
檀憑之與皇甫敷之軍接戰以後，被楚軍擊敗，檀憑之戰敗被殺，所部潰散。
照理說，一部失敗勢必會對另一部產生十分不利的影響，然而，歷史總有出人意料之處。
檀憑之戰敗並沒有讓劉裕喪失必勝的信心，他率領自己的這一部反而越戰越勇。
在這千鈞一發之際，劉裕的隨從前來解救，一箭射中皇甫敷的額頭，皇甫敷一頭從馬上栽了下來。
劉裕提刀跨步上前，皇甫敷說∶『君自有天命，請求您好好照顧我的子孫』皇甫敷言畢，劉裕即一刀砍下了他的頭顱，對皇甫敷的子孫厚加撫恤。
劉裕讓檀憑之的侄兒檀祗統領檀憑之所部。
桓玄在聽到前方敗訊、兩將已死的消息後，更是非常恐懼，招來術士推算，巫師施法。
他詢問群臣道∶『朕會失敗嗎?』吏部郎曹靖之回答∶『民怨神怒，臣確實十分擔憂』桓玄又問『百姓也許會抱怨，神靈為何要惱怒』曹靖之回答『將晉室的宗廟遷往他處，先遷瑯邪國，又遷潯陽，流落在長江之濱；我大楚皇室的祭祀，卻上不及祖父輩，這就是神靈惱怒的原因』桓玄又問∶『當時愛卿為何不勸諫?』曹靖之回答∶『朝廷重臣都是一片頌揚之聲，都說如今是堯舜再世，臣怎敢說』
桓玄被噎得無話可說。
他又氣又懼，隻好派遣桓謙及遊擊將軍何澹之率領軍隊駐守東陵，命令侍中、後將軍卞范之率軍駐守在覆舟山以西，兩軍共計二萬餘眾。
雙方即將迎來決定生死的覆舟山之戰！