在日本歷史上，南北朝時代是一個影響至關重大的朝代。
不論是出現日本歷史上絕無僅有的兩個天皇、朝廷的分裂、政治重心與文化重心的遷移，同時也大大地削弱室町幕府(足利家)的影響力，為日本的中古時代前期劃下句點，揭開了十五、十六世紀戰國時代與群雄割據的序幕。
一、南北朝對峙在西元1246年之後，由於對天皇繼承血統的爭議，大覺寺統與持明院統兩派互不相讓，彼此的黨羽相互抹黑政爭攻擊械鬥，幾乎發展成日本內戰的局面；在鐮倉幕府的中介協調下，才總算確立了由兩大家族的皇子輪流繼承天皇的和平協定，史稱兩統送立體制。
然而，在一世紀之後的1333年，大覺寺統出身的後醍醐天皇便密謀鏟除鐮倉幕府，從源氏手中奪取政治實權，並且殲滅持明院統的血系，獨占天皇大位。
後醍醐天皇聯合有利的諸侯足利氏，發表了討幕詔，以清君側的名義發動政變，推翻了鐮倉幕府。
後醍醐天皇在取得實權後便開始實施建武新政，實則為以血洗異己，肅清逆黨為目的之中央獨裁恐怖政策，就連足利家也都被列入天皇的肅清名單之中。
為求自保，足利尊號召不滿新政的武士，很快就聚集了龐大的戰力，迅速占領了陸奧國全境。
在箱根、竹之下合戰與多多良濱之戰均大挫天皇軍之後，足利尊站穩腳步，擁戴持明院統一族出身的光明天皇，驅逐了後醍醐天皇的軍隊進入京都，舉行戴冠式。
後醍醐天皇則逃到南方的吉野，形成南方的吉野朝廷《南朝》與北方的京都朝廷《北朝》相對峙的局面。
二、天皇變傀儡原本後醍醐天皇的南朝勢力較弱的狀況，在其長王子懷良親王的政治謀略運作下有了逆轉性的大改變；由於南北朝戰爭導致許多武士流落成為浪人，為求溫飽而成為山賊、海盜，這些浪人來到中國沿海劫掠，是所謂前期倭寇。
對於這些倭寇感到相當煩惱的明帝國向日本政府施壓要求取締海盜，懷良親王趁機向明帝國提出政治勒索；結果以強化取締海盜為條件，換取了大量的武器、黃金、賜物與日本國王之印璽與封號，內戰遂走向長期化與消耗戰的局勢。
1392年，在足利義滿的中介斡旋下，大覺寺統與持明院統兩家放下武器和談，北朝的大覺寺統以放棄所有大覺寺所屬的國衙領《莊園土地》作條件，換取就任下屆日本天皇的優先權；而南方的持明院統家則是下下任天皇，於是狀況又回到了所謂兩統送立體制，南北朝再度一統為日本國。
南北朝時代的終結可說是宣告日本中古前期時代的落幕，由於原本屬於天皇和僧院所擁有的土地《國衙領》遭到武家大名和武士的蠶食鯨吞，最後天皇就連維持生活所需的俸錄與稅金都無法取得，成為了完完全全的傀儡狀態。
三、豪強林立公家《朝廷中央》的統治權威完全崩壞，武家《地方諸侯》的武裝勢力取而代之，下克上的思想在武士之間流傳，而一般佈衣的平民也開始接觸政治，如果獲得大名賞識，甚至能夠爬上武士的地位。
莊園制度的解體，帶來了土地私有化與豪強並吞的風潮，失去土地的領民和農夫紛紛轉為投入工商業界或是從軍，間接加速了日本的經濟走向私有化與高度技術集中的局面。
同時，也使得接下來的戰國時代，各個大名之間《諸侯》交戰時可投入的兵力大幅提高。
日本準備要在短暫的和平後，迎接下一個充滿硝煙味的世紀：戰國時代。