1645年五月初四，李自成率軍進入了湖北通山縣境內。
途經離縣城80裡九遠的宮山時,他命令大軍先行,自己率領養子李雙喜等28騎登上山頭，觀察此山的地形，想看看有沒有可能把這裡作為休兵養馬、東山再起的營地。
但他看到此山雖然地勢險峻,但人煙稀少,不易籌集兵源,便打消了念頭,和眾人一起往山下走去。
不料,阿濟格所部的清軍在山下與李自成的主力遭遇,而且擊敗了大順軍，隻是沒有找到李自成。
清軍從俘虜的士卒口中得知李自成僅帶了20多個人上山,便循山路大肆搜索。
李自成遙見事態危急,倉促之間躲進了一個巨大的山洞黃躲洞之中。
清兵搜到洞口時,沒有發現裡面有人。
李自成一直等到清兵撤圍,才從洞中出來,會合了李雙喜和親兵劉伴當等五六個人，來到小沅堡。
正巧遇上山洪爆發,阻住了去路,無法追上往通城的大隊人馬。
李自成打算沖過沅口寨再作道理。
不幸的是,就在沅口寨這裡，一小股土匪發現了李自成的蹤跡。
為首的程九百並不知道他就是威名赫赫的李自成，隻是覺得這人可能有油水可撈，便沖上去。
李自成等人與他們且戰且退，程九百沿途大呼，喚來其他匪徒聯合追殺,終於在牛跡嶺小月山下把李自成等人包圍了。
激戰中,李自成與部下失散，他一個人驅馬左沖右突，依然沖不出包圍圈。
他索性跳下馬來，揮刀怒吼，奮起神勇，一連斬殺了幾個狂徒。
嚇得其他匪徒連連後退。
但是,李自成自己也精疲力盡了。
他倚在一塊山石上，大口大口地喘著粗氣。
歇了一會兒，他又喚來自己的坐騎，翻身上馬，打算奪路突圍。
正往外沖時，一隻利箭射傷了他的肩膀，他翻身落馬。
程九百一見,立即趁機沖上來,扭住了李自成。
兩個人展開了肉搏。
李自成拚盡全力,終於把程九百壓在身下，一隻手去身後抽劍。
寶劍太長,掛劍的環紐又是活動的，一時竟抽不出來。
程九百則在他的身上亂蹬亂踢,狂呼『救命！』
就在這生死關頭,程九百的外甥金華生猛撲了過來，從李自成的身後用鏟子狠狠擊向他的頭部,鮮血頓時狂湧了出來李自成再也沒有力氣站起來了！那夥匪徒一擁而上，舉起了手中的刀劍……
這夥罪惡的匪徒，殺害了李自成後，瓜分了他身上的東西和戰馬,棄屍而去。
第二天,路過的農民發現了李自成的屍體，十分同情,用一領草席裹著,就近掩埋了。
曾經縱橫天下使300年大明江山亡於一旦因而改寫了中國歷史的一代豪傑,就這樣血灑荒山,抱恨終天！李自成不幸遇難，對於大順軍主力來說，是一個意外的沉重打擊。
噩耗傳來，滿營聚哭。
巨大的悲痛使得數以萬計的將士們幾乎不知所措。
他們在通山、蒲圻境內,足足駐紮了3個月之久，才含恨離去。
李過、高一功終於渡過長江,追上了原由李自成率領的大軍。
兩路義軍於八九月間相會於荊南的松滋。
檢點兵馬，共有騎兵3萬,步兵六七萬,連同家屬,總計有30萬之眾。
隻是在南下途中,劉宗敏、宋獻策戰敗被俘,也不屈就義了。
一直跟隨李自成南下的田見秀含著眼淚把李自成留下的玉璽(xǐ,喜)鄭重地交到李過手上。
從此，李過擔當起了主帥重任。
當時,明朝的宗室在南方又建立了一些小朝廷,史稱『南明』。
在民族矛盾首當其沖的時刻，大順軍餘部決定與南明的軍事力量聯合起來,共同抵抗清軍的入侵,成為抗清的一支頗具威懾力的生力軍。
到了1649年,李過、高一功等相繼病故，李過的養子李來亨等人還率領餘部轉戰湖北巴東等地,不屈不撓地繼續抗清鬥爭,被稱作『夔東十三家』,最盛時人數達20萬。
李來亨還曾經在鄂西山區的興山縣茅麓山建立了抗清根據地,屯田練兵，堅持鬥爭達 13年之久。
張獻忠也曾率大西軍力抗清軍的圍剿。
1645年11月,清順治皇帝向張獻忠下了一道招撫詔書,詔書中軟硬兼施,威逼利誘,要張獻忠『審識天時,率眾歸降』,但張獻忠根本不理，怒扯詔書,揮師北上迎擊清軍。
不幸消息被奸徒向清軍告密。
12月,清兵在川北西充的鳳凰山,乘著大霧設下埋伏。
等到張獻忠率大軍一到,清軍將領雅佈蘭一箭射中張獻忠的咽喉，張獻忠當即落馬。
清兵乘機掩殺過來,大西軍猝不及防,四散奔逃，竟沒有來得及把張獻忠搶回。
當清軍俘虜張獻忠回營時，他受傷已重,雖然說不出話來,仍然瞠目怒視敵人。
大西軍已降清朝的一些將領,見狀為之震懾,不由團團拜伏在他周圍。
很快，張獻忠就壯烈犧牲了。
張獻忠的餘部在後來的十餘年中，也與南明合作,依然是抗清的一支中心力量。
清軍一方面不遺餘力地鎮壓農民起義軍，一方面也用殘忍的手段逼迫各地百姓臣服於清朝，開始了它長達260餘年的統治歷程。