從登基那一刻起，朱元璋便在心中暗下決心，要大刀闊斧改革，鞏固皇權。
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首先是調整地方行政機構。
明朝建國之初，行政體制基本沿用元朝五級行政結構，即中央、行省、路、府、縣。
元朝時，行省掌管地方事務。
到元末，行省幾乎是唐朝藩鎮的復制品，不聽中央號令。
朱元璋對此十分不滿。
因此，公元1376年，朱元璋首先廢除了行省制度，代之以三個不同的機構，分別為承宣佈政使司、提刑按察使司和都指揮使司。
佈政使管理地方行政和財政，按察使主管地方司法和監察，都指揮使管理軍務，他們各司其職，相互制衡，都直接隸屬六部。
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其次，重點是革除中央行政機構的權力，首當其沖的是拿中書省開刀。
明初，中書省為全國行政中樞，由丞相直管，轄六部。
在這個制度下，唐宋時期中書省的權力就已經非常大了，比如著名的『官白兩份，一份給丞相，一份給皇帝』。
這裡的『官白』是指官員向皇帝呈遞的奏折。
不過每天上交的奏折太多，皇上也批不完，所以有些不重要的奏折會直接由丞相和中書省來批復，皇上隻需要處理重要的部分。
這也是胡惟庸在任丞相時，能夠在皇帝審閱奏折前，及時將對自己不利的折子扣下的原因。
公元1378年，朱元璋下令『凡奏章不得關白中書省』。
這是什麼意思？
也就是說，以前送給丞相的奏折副本免了，以後隻給朱元璋本人看。
不管朱元璋自己能否看得過來，中書省的權力被削弱了，丞相的地位岌岌可危。
當時，誰當丞相都會倒黴，而胡惟庸恰好是這個倒黴位置上的倒黴人。
明朝有四位丞相，分別是李善長、徐達、汪廣洋、胡惟庸。
除了在外征戰多年的徐達外，其他三人都盡職盡責。
但問題是，以胡惟庸為代表的權臣與朱元璋之間存在著不可調和的權力矛盾。
也就是說，不管是胡惟庸還是其他人當丞相，要麼不做事，被皇帝嫌棄而賜死，要麼做事被認為是侵犯君權，而被問斬。
最後，連已經退休告老還鄉的李善長，也難逃一死的結局。
在公元1378年，朱元璋又將涉及六部三司的日常事務直接收歸自己管理。
到公元1380年，中書省和丞相制度被廢，相當於朱元璋身兼國家元首和政府首腦的雙重職能。
接著，朱元璋設立了四位輔官，協助自己處理政務。
1382年，朱元璋又撤掉了四輔官，沿用宋朝的官制，以殿閣大學士代替。
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朱元璋一方面廢除了丞相制度，一方面又廢除了一個軍事機構——大都督府。
明朝建立前，朱元璋已設立大元帥府，明初改為樞密院，後改為大都督府，以掌控國內的軍事活動。
公元1380年，朱元璋認為大都督府權力太大，將大都督府一分為五，即為中、左、右、前、後五軍都督府。
每個督府又設有左右都督、都督同知、都督僉事，分擔不同職責，相互掣肘。
五軍都督府的權力僅限於地方軍事管理，不能調動軍隊，調動軍隊的權力屬於皇帝。
從朱棣登基開始，五軍都督府與兵部相互爭權，一直到明朝中後期，五軍都督府才統歸兵部管轄。
不過，由於調動軍隊的權力一直掌握在皇帝手中，避免了元朝軍隊失控、地方軍閥強於皇帝的情況。
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另一項變革是司法系統。
在明代，司法制度中最重要的是監察機構和監察制度。
最初，朱元璋設立禦史臺作為監察機構。
但在公元1380年，禦史陳寧、禦史中丞塗節因牽連胡惟庸案而被處死，禦史臺也被廢止。
1382年，朱元璋設立都察院，長官是都禦史。
都察院的作用是充當皇帝的耳目，監督朝臣腐敗和濫用職權。
都禦史之下是監察禦史，他們被派往各地，專門巡查和報告地方官員的違法行為。
除了都察院，司法系統中最為知名的就是大理寺，相當於最高法院。
其職能是重新審查都察院和刑部的判決，與都察院和刑部統稱為三法司。
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明朝剛建立，由於朱元璋大肆改革組織機構，濫殺功臣、朝臣，導致國家行政管理隊伍被急劇削弱，失去了大量肱股之臣和高級官僚。
朱元璋執政時，雖然政治危機尚未出現，但他的後繼者接手了一個被嚴重削弱的政權。
政府系統中缺乏有才幹的官員，使政權無法有效地運作。
到公元1398年，孫子朱允炆繼位時，竟沒有優秀的朝臣來輔佐他。
朱元璋完成了皇帝權力的高度集中和丞相制度的終結。
他以最嚴厲的口吻教育後代，絕不允許再出現一個『丞相』。
然而，他的後人會以其他名義邀請丞相回到朝廷，比如說首席殿閣大學士之類的。
因為，丞相所承擔的工作，不可能由皇帝一個人處理完。
後來，為了進一步集權，公元1393年，錦衣衛指揮蔣英報告，大將藍玉叛亂，朱元璋隨即也令藍玉及相關1.5萬人，成為了刀下鬼。
不過，這是後話了。