中國古代諸侯或藩王舉兵造反的事例屢見不鮮，但唯有朱棣最終成功繼承大統。
值得注意的是，在靖難之役後，朱棣為掩飾篡位的事實，塑造即位的合法性，全面否定建文帝的正統地位。
明朝的後世的皇帝和臣子為了宣揚忠義和挽救危局，也開始慢慢承認建文皇帝的正統性，肯定建文皇帝臣子的貢獻。
一、朱允炆稱帝
明太祖朱元璋稱帝後，根據立嫡立長的原則，在洪武元年《1368》正月，冊封長子朱標為皇太子，作為皇位的繼承人。
不料，朱標於洪武二十五年《1392》四月因病早逝，洪武二十五年《1392》九月佈吿天下，冊立皇孫朱允炆為皇太孫，作為皇位的合法繼承人。
洪武三十一年《1398》聞五月，太祖朱元璋崩，皇太孫朱允炆在太祖的遺詔下，順利登上了皇位，改元建文，因此後世成為建文皇帝。
在方孝孺等人的支持下，建文帝實行文治，采取了一系列措施，如升六部尚書為正一品、興科舉、清理刑獄、平均蘇松賦稅等。
通過新政，建文帝深得民心。
建文帝即位後，面臨著藩王割據、尾大不掉嚴峻的局面。
為了穩固統治，建文帝便實行削藩政策，僅用一年時間，就削奪了周王、湘王、齊王、代王、岷王五位藩王。
緊接著，建文帝削奪燕王朱棣。
此時，秦王、晉王都己過世，失去了對燕王的牽制作用，朱棣在藩王當中年齡最大，戰功顯赫，實力最強。
為反抗削藩、奪取帝化朱棣以『清君側』，打著『奉天靖難』的旗號，率領靖難兵，發動了『靖難之役』。
經過3年的戰爭，朱棣攻占了京師《今南京》，發佈奸臣榜，把建文忠臣方孝孺、黃子澄、齊泰等列入榜中，共計五十三人。
—時許多忠於建文帝的臣子紛紛殉難，受累者更是數以萬計。
而建文帝本人下落不明，成為明代歷史上最大的謎案。
二、建文皇帝的正統地位被革除
明成祖朱棣即位後，為掩飾篡位的事實，塑造自身的正統性，力圖抹殺建文朝的正統性。
首先，捏造太祖欲傳位於己的事實，強調朱允炆允與齊泰等人密謀，假傳朱元璋的命令讓朱棣回到封地，不讓朱棣見病重的朱元璋，不讓朱棣繼位。
從法理上否定建文帝即位的合法性。
其次取消建文帝給他的父親朱標所上的尊謚與廟號，仍稱朱標為『懿文皇太子』，將其主遷出太廟，置於陵園祭祀。
再次，革除建文年號，不給建文帝上溢號、廟號。
自商周以下，年號、謚號與廟號，己經成為一代帝王正統性的標志。
但朱棣刻意隱去這些標志，不承認建文帝正統性。
接著，朱棣下令焚毀建文朝一切直接的檔案資料，不為建文帝修實錄。
同時積極地禦用文人纂修靖難之役的官方史書，掌握歷史的話語權。
此時最重要的官方史書首推《奉天靖難記》。
該書在年號上，用洪武紀年，不用建文年號；在稱謂上，不稱建文帝為『帝』或『上』，甚至不避諱，直呼其名允炆。
建文年號、建文帝溢廟與實錄象征著建文帝的正統地位，而明成祖把這些全部給隱去了，從而革除了其正統地位。
這種不承認建文帝正統地位的官方態度，對明朝後世君主與民間社會產生了深遠影響。
洪熙元年《1425》，明仁宗禦制的《大明神功聖德麼碑》稱建文帝為建文君，雖然不再直呼其名，敵對情緒有所緩和，但不稱『帝』或『上』，不承認其正統性。
在朱樣的政治高壓下，這種官方態度迅速滲透到民間社會，以致當時人們不敢留隻字片語，遂使建文數年朝廷政事及忠臣良將皆不傳於後世。
三、神宗朝張居正等人的努力
隆慶六年《1572》五月，明穆宗崩，六月，年僅十歲的明神宗《萬歷皇帝》即位，即位不久，內閣就發生了傾乳，深得明神宗生母李太後與明神宗賞識的張居正聯合司禮監秉筆太監馮保一起排擠內閣首輔高拱，經過激烈的鬥爭，張居正取代高拱，榮升內閣首輔，由於皇帝年幼，朝廷大權落在張居正手中。
不久，在張居正的提議下，為激勵臣節，明神宗下詔祀建文死難諸臣。
萬歷朝廷為建文死難忠臣平反，他們不再是明初官方所宣稱的奸臣，而是『被罪』的忠臣。
詔書雖有明神宗下達，但由於年幼，詔書實際上反映了張居正等儒臣的意志。
張居正等人深受儒家忠孝觀念影響，認可建文死難諸臣是忠臣。
另外，萬歷朝距靖難之役已有一百多年，統治己經穩固，時承平久，當時最重要的是，如何激勵臣子盡忠，維護統治。
張居正死後，國子監司業王祖嫡、禮部尚書沈鯉等人繼續向明神宗上書，請求回復建文皇帝的年號，給建文皇帝朱允炆修實錄。
但此時明神宗已經二十多歲了，有自己的政治思維，意識到建文政權正統性與永樂政權正統性之間的對立，為維護成祖一脈政權的合法性，秉持不承認建文帝正統地位的態度。
明神宗討厭長子朱常洛是宮女所生。
因為寵愛鄭貴妃，想要立鄭貴妃所生的福王為太子。
這和大臣們的『立嫡立長』的觀念產生了嚴重沖突。
明神宗因此消極怠政，幾十年不上朝，朝政日益腐敗。
到了天啟、崇禎年間，政治黑暗，人民賦役繁重、流離失所，階級矛盾日益尖銳並最終引發了農民大起義。
另外，外部又有八旗鐵騎的侵擾。
大明王朝在內憂外患中苦苦地支撐著。
國勢衰敗，忠義被朝野視為挽救危機、延續國巧的良方。
建文忠臣是宣揚忠義的最佳范例，但如上文所說，隻恢復建文諸臣名譽，又不恢復建文帝地位，使建文諸臣的忠義失去依托，不足供後人效仿。
所以，官員們又上疏議恤建文諸臣或議補建文帝溢廟與祀典。
明嘉宗批準了禦史請求赦免建文朝齊泰、黃子澄後裔的請求，但是對於恢復建文年號、廟號仍然拒絕。
四、南明弘光朝對建文皇帝的最終認可
在農民軍與八旗鐵騎的內外夾攻下，大明王朝日漸不支，崇禎十七年《1644年》三月，李自成率領大順農民軍攻占京師《今北京》，崇禎帝自絕狗國，明朝滅亡。
崇禎十七年《1644》五月，承襲福王之位的朱由崧在馬士英等人的擁戴下在南京宜佈監國，不久稱帝，年號弘光，重建明朝，史稱＂南明弘光朝＂。
朱由崧監國後，首先祭拜了明太祖朱元璋的孝陵，隨後即前往瞻拜懿文太子陵。
懿文太子乃建文帝生父，靖難後，其尊溢、廟號被成祖削去，神主也從太廟遷入陵園，從成祖至崇禎帝，都未親自瞻拜懿文太子陵。
朱由崧拜謁懿文太子陵，發出了強烈的信號，要重新審定建文生父及建文帝的歷史地位。
此時明朝北都失陷，幾乎喪失了北方大片國土，剩下偏安一隅的南明小朝廷，時時面臨清軍和李自成農民軍的雙重威脅，而且，朝廷內部出現了不少屈膝變節之臣，形勢異常危急。
忠於明朝的官員認為，速褒靖難死事諸臣，激勵忠義是保住明朝的有效措施，但是，建文諸臣忠於的對象是建文帝，地位仍未得到完全恢復，宣傳建文諸臣的忠義便失去了依托，難以發揮最大作用。
所以，官員們請求朝廷修建文實錄與補建文帝溢廟及祀典，完全恢復其正統地位。
弘光朝在恢復建文君臣地位上，與歷朝有很大不同，建文帝正統地位的恢復直接關系到成祖一脈的正統性，十分敏感，難度非常大，故歷朝先從褒獎建文忠臣開始。
而弘光朝追謚的順序，首建文，次諸臣，再次建文弟與子。
在嚴峻的形勢下，弘光朝認識到了恢復建文帝地位的價值。
一是昭正統。
弘光朝隻有半壁江山，是一個流落南方的流亡政權，而這時中國大地上同時出現了四個並列政權：滿族貴族建立的大清政權、李自成建立的大順政權、張獻忠建立的大西政權和南明弘光朝。
此外，弘光帝並非崇禎帝生前所確定的合法繼承人，故弘光政權的正統性變得十分敏感，弘光朝急需昭示自身的正統性。
建文實錄、溢號、廟號與祀典是自永樂到崇禎歷朝的未竟之遺志，而補闡典，就是為繼承歷朝的事業，實現歷朝之遺志。
這樣，可以向天下人昭示，弘光朝統承大明崇禎朝，是正統。
二是籠絡人心。
此時弘光朝面臨清軍與農民軍的雙重壓力，形勢岌岌可危，迫切需要籠絡臣子，激勵他們盡忠，死保殘存的朱氏江山，以圖興復。
如在詔書中，弘光帝也以『順人心』，同意官員們的請求，以示籠絡。
而且，如上文所說，官員們的請求或建議，也是為更好地激勵忠義，符合朝廷的現實需要。
故弘光帝完全向臣子妥協，同意他們的請求，補建文帝實錄、溢廟與祀典，恢復建文帝正統地位。
但弘光朝已積重難返，恢復建文君臣地位的舉動，未能挽救其走向滅亡的命運。
弘光元年《1645年》五月，清軍占領南京，弘光帝在安徽憲湖被俘，存在不到一年的弘光朝宣告滅亡。