建文帝朱允炆在位僅4年，卻開啟了明朝初年削藩的政治舉措。
洪武三十一年，周、代、湘、齊、山民王皆降為庶人。
召遼王還京師，削去寧王朱權護衛。
朱允炆削藩引發諸王不滿，給燕王朱棣以可趁機制，終於導致了靖難之役。
朱棣之所以能地發動靖難，並獲取成功，其『合法性』皆取自朱元璋的《皇明祖訓》。
朱棣即皇帝位後，在即位詔書中，繼續搬出《祖訓》，自稱不得己：『膚為高皇帝嫡子，祖有明訓‘內有奸惡，王得興兵討之’，膚尊奉條章，舉兵以清君側之惡，蓋出於不得己也』
雖然朱棣以武力獲取皇位，雖然朱棣以《祖訓》為托辭，雖然登極後一反朱允炆奪爵的做法，對諸王施以恩德，籠絡諸王，以此制造自己繼承皇位的合法性，但是隨著權力的穩固，朱棣營造了一個告發盛行的政治氛圍，使諸王時刻處於被監視和被彈勃的境地，如履薄冰，繼續奉行建文帝的削藩政策，其手段更為多樣和高明，諸王政治權力和軍事權力在永樂一朝被削弱殆盡。
通過將藩王從邊鎮遷到內地來削奪諸王軍權。
首先是朱棣即位當年，谷王由宣府遷國長沙，宣府三護衛，隻將其中一護衛改為長沙護衛，仍隸谷王府，其餘二護衛分別派往保定和定州。
之後，永樂元年，寧王朱權遷國南昌，理由是『大寧兵戈之後，民物凋耗』；同時改南昌左衛為南昌護衛，隸寧王府，原先寧王的營州左中右三護衛卻未跟隨，分別被改為隆慶左右衛及寬河衛。
永樂二年，遼王朱植從邊鎮廣寧遷國內地荊州，於此同時，遼王原來的三護衛留在了廣寧，而從荊州另外調給一護衛。
此外，永樂二十二年，朱棣還將已封在開原但一直沒就藩的韓王改封在了平涼。
羅織藩王罪名，借機削奪王府護衛，是朱棣削藩的一個重要手段。
永樂元年六月，代王朱桂因『上違《祖訓》，下虐軍民，無君無兄，大逆不道』，被革去三護衛，僅給校尉三十名作為隨從。
因王悔過，於永樂十六年恢復護衛及儀衛司官，應是僅恢復官員設置，而沒有給還三護衛。
山川社翟祭祀則直到宣宗即位後，方才獲允恢復，家財方才給還。
山民王朱梗先後兩次因罪被革護衛，第一次是在永樂元年九月，山民王朱梗有罪，被革去雲南左中前三護衛；後來大概亦因表現良好，曾一度恢復護衛，故有了第二次被奪護衛的處罰。
永樂六年正月，山民王朱梗因『慢侮無禮、屢訓不俊』，再次被削去護衛官軍，僅留校尉百人，且罷其長史司審理等官。
永樂十年，遼王朱植因罪被削去護衛及儀衛司，給校尉三百人使令。
周王朱楠作為朱棣胞弟，也在所難免，由於永樂十八年，朱楠被告發有不軌之事，且被召入京，朱棣刻意『優容不問』，但己經足夠使朱楠戰戰兢兢。
因此，朱楠還國後，立即主動上納三護衛以示忠誠，朱棣從之。
將涉嫌謀逆的親王奪爵，除去封國，是朱棣削藩的另一重要手段。
永樂四年，齊王朱搏因謀不軌被奪爵降為庶人，封除。
朱棣命山東都司、佈政司及按察司革去齊府青州中左二護衛及齊府長史司、儀衛司官軍校尉，分別調往附近衛所。
永樂十五年，谷王朱穗因謀逆罪被削爵為庶人，護衛及長史司衙門被革。
如何剝奪藩王的軍事指揮權？
朱棣首先逐漸改變親王節制將帥的格局。
在洪武時期，諸王帶兵打仗，節制公侯，乃軍事統帥。
朱棣即位後，為改變這一格局，開始逐步削弱諸王的軍事權力。
早在建文四年七月，朱棣在給崛王朱梗的信中便流露此意，要求崛王凡事要與朝廷所遣都督商議：『今遣都督袁宇赴雲南整肅兵備，鎮撫一方，凡事可與計議而行。
夫藩屏至重，賢弟宜慎出入，謹言節飲，庶諸夷有所瞻仰，而不負兄之所望』改變過去太祖時期親王節制將帥的格局。
其次，永樂一朝，諸王己經不再參與任何軍事戰鬥，原先的軍事指揮權也不復存早。
這表現在，凡有征戰，朝廷不再派遣親王出征，而是僅命令王府派出護衛聽朝廷調遣。
如永樂四年，朝廷遣西平侯沐最興師安南，朱棣救蜀王於成都三護衛選步軍_5千，聽沐最操練聽征。
永樂七年，交隊叛寇，朝廷派遣英國公張輔征剿，除了全國各都指揮使司發兵外，楚、遼、寧三王府也共發兵7千人隨征。
同年九月，又命寧陽伯陳憋選練陜西屬衛及慶秦二王府護衛步騎萬9千，江陰侯吳高選練山西及晉王府護衛步騎萬5千，命中周楚二王府護衛選步騎兵，各賜鈔給行糧，明年二月至北京隨征。
此外，親王也不再負責操練本府軍士，一切由朝廷負責安排。
永樂十三年十一月，朱棣命周王朱楠、肅王朱模、晉王朱濟橫、秦王志堰各於護衛選步騎兵五千，明年正月赴真定，有朝廷派人統一操練。
朱棣削藩主要是以解除兄弟諸王的軍事權力為核心展開，經過朱棣的推行，諸王權力一落千丈，但仍是一次不徹底的削藩，永樂二年，朱棣冊封第二子朱高煦、第三子朱高燧分別為漢王和趙王，漢王與趙王仍設立三護衛，皆參與軍事戰鬥，擁有軍事指揮權。
整個永樂一朝，許多王府仍保留了一定數量的護衛，為今後留下了隱患。