洪武二十三年《1390年》，在朱元璋連續制造胡惟庸案、空印案、郭桓案，並屠殺功臣、官員十多萬人後，這一年，特級功臣、宰相李善長一門70多人也被朱元璋下令全部斬殺。
對此，接受儒家教育長大的太子朱標終於看不下去了，規勸父親朱元璋說：『陛下誅殺過多，恐怕會傷了和氣』
朱元璋聽後默默不語，第二天，他把太子叫去，指著放在地上的一根長滿刺的荊棘，讓朱標撿起來。
太子朱標怕紮手，猶豫著不知如何下手。
這時朱元璋才慢慢開了口，說：
『我是怕你不好拿，為你剝光了刺，再給你，難道不好嗎？
現在我殺的人，都是對國家社稷有危險的人，除掉他們，對你是很有好處的』
在朱元璋看來，太子性格文弱，所以他血洗英才薈萃的功臣集團，在某種程度上，也是在為孱弱的後代接班鋪平道路。
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起初，朱元璋可不是這麼說的。
1368年，朱元璋建立大明帝國後，起初非常推崇《孫子兵法》的朱元璋改變了口吻，改而將兵術權謀斥之為卑劣之術，對此他經常對臣子們公開說：
『用仁者無敵，恃術者必亡』
盡管後來對功臣集團大開殺戒，但在大明建國初期，朱元璋與功臣集團，也曾經有過一段『溫馨歲月』。
兩者的關系還算融洽。
洪武初年，每當有功臣去世，朱元璋甚至經常感傷不已，例如『鄂國公常遇春卒，靈車之至，《朱元璋》親臨奠···痛哭而還』大都督府同知康茂才在陜州病逝後，朱元璋甚至『親為文祭之』『衛國公鄧愈卒，《朱元璋》哭之慟，詔輟朝三日』
但是，隨著年齡的增長，朱元璋越來越冷酷。
到了晚年後，隨著國事的繁冗勞累，朱元璋的身體也每況愈下，當上皇帝不久後，朱元璋就『患心不寧』，得了心跳過速的病症，甚至常發高燒，『每心火炎上，喜怒不常』。
心裡一煩，早期對待功臣和部屬的那種忍讓和細心，便開始消失，變成經常想殺人。
此時，朱元璋完全改變了口吻，說：
『胡元以寬而失，朕收平中國，非猛不可！』
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洪武十三年《1380年》，決定對功臣集團先發制人的朱元璋，突然以圖謀不軌的罪名，將宰相胡惟庸誅殺，並屠滅三族、株殺其『黨羽』共15000多人。
在誅殺胡惟庸後，朱元璋馬上宣佈取消中書省，廢除了當時已經存在了1500多年的宰相制度，並宣佈由皇帝本人直接管轄六部，由此，在中國歷史上能起到制衡皇權作用的相權被廢除；同時，他又將原來統管軍事的大都督府拆分為中、左、右、前、後等共五軍都督府，通過分權牢牢控制軍隊，從此將政權和軍權牢牢掌握於皇帝一人之手，使得中國的帝制在朱元璋以後開始趨於巔峰。
為了管控功臣集團和整個帝國，朱元璋還宣佈設置錦衣衛，並由皇帝親自控制，四處偵察帝國官員的舉動，對此朱元璋不無得意地說：
『有此數人，譬如惡犬，則人怕』
通過革除相權、掌控軍隊以及制造特.務統治，朱元璋的皇權越發鞏固，然而他對功臣集團還是不放心，誅殺胡惟庸等功臣整整十年後，到了洪武二十三年《1390年》，朱元璋又繼續興起黨獄，宣佈將當時已經77歲的前任功臣宰相、韓國公李善長一門七十多人，以及猛將陸仲亭、唐勝宗等一大批功臣宿，以協助胡惟庸造反等名義全部誅殺，而整個胡惟庸案前後歷時十多年，『詞所連及坐誅者三萬餘人』。
胡惟庸
也就是在這時候，太子朱標站了出來，委婉勸告父親朱元璋『以和為貴』，然而在朱元璋看來，太子受儒生教導性格文弱，完全不似他這般『殺伐果斷』，為此，朱元璋甚至下令斬殺被自己稱贊為『開國文臣之首』、曾經當過太子朱標十幾年老師的功臣宋濂。
對此，與朱元璋一起起自寒微的馬皇後勸告朱元璋說，『民間百姓尚且懂得對老師以禮相待，何況宋濂早已致仕《退休》多年，與朝堂已無瓜葛，久居鄉裡，為何要殺他？
』但朱元璋堅持不肯赦免宋濂。
到了吃飯時，馬皇後故意不沾酒肉，朱元璋覺得奇怪就問為什麼，馬皇後就回答說，宋先生要死了，我是在為他祈福。
朱元璋至此才動了心。
另一方面，平時為人文弱的太子朱標更是挺身而出，為自己的老師宋濂進行『死諫』，以投河自盡為要挾，於是，朱元璋才宣佈放過了宋濂，將其全家流放到茂州《在今四川北部》，而年老多病、經不起長途顛簸的宋濂，最終死在了流放路上。
就在李善長被殺後第二年，虞部郎中王國用上書《論韓國公冤事狀》，公開為李善長叫冤。
王國用說，李善長與陛下出生入死，生前封韓國公，位極人臣，並且還是皇帝的親家《李善長的兒子娶了朱元璋的長女臨安公主》，如果說他自己想圖謀不軌還說得過去，但說他要幫助胡惟庸造反，實在太荒謬，難以服眾，也請求陛下以此為戒，不要再行殺戮。
王國用本是抱著必死的信念上書，沒想到朱元璋不知是否一時良心發現，竟然沒有發怒，因為他自己心裡也明白，整個胡惟庸案前後所誅殺的功臣集團及連坐的三萬多人，其實基本都是一些莫須有的罪名，隻是為了鞏固老朱家的天下，有些人，不得不死。
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不僅如此，朱元璋對待身邊的嬪妃也是動輒殺戮。
有一次，魯王的母親郭寧妃、唐王的母親李賢妃、伊王的母親葛麗妃因為觸怒朱元璋，竟然被同時處死，朱元璋並且下令將三人的屍體用同一個大筐裝了埋在南京的太平門外，後來朱元璋怒氣消除打算以棺木入殮三人，挖出屍體時卻發現早已腐爛無法辨認彼此，因此隻得勉強立了三個墳墓，以致後來唐王悄悄祭奠，都不知道自己的母親究竟是那個墳墓。
後來，楚王的生母胡充妃由於被懷疑墮胎，也被朱元璋暴怒之下斬殺『投其屍城外』，楚王後來哭著請求將母親屍體帶回下葬，朱元璋隻下令給了一條胡充妃生前用過的衣帶，後來楚王隻能帶著衣帶回到封國，為母親做了個衣冠塚。
在誅殺胡惟庸、廢除宰相制度後，盡管將政權獨自在攬，但這也造成了一個嚴重後果，就是給自作自受的朱元璋帶來了巨細無遺的海量工作，根據史書記載，僅僅洪武十八年《1385》九月十四日至二十一日，在八天時間裡，朱元璋就審批閱覽了內外諸司奏札共1660件，處理國事計3391件，平均每天要批閱奏札200多件，處理國事400多件。
盡管朱元璋自恃精力過人，將政權、軍權全部獨攬，但這也造成了一個惡果，就是大明帝國的官僚集團在殺戮壓頂的高壓政策下，普遍不願擔責，因為既然所有的事情都是皇帝說了算，那麼官員又有什麼責任呢？
由於政務的最終審決幾乎全部攬到了自己頭上，這也使得朱元璋逐漸不堪重負，臨死前幾年他就對身邊的侍臣說：『年老，精力已倦』
但就在這個時候，洪武二十五年《1392年》，太子朱標病死《1355-1392》，年僅38歲。
接班人的突然死亡，也在大明帝國再次掀起了腥風血雨。
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朱標去世這一年，朱元璋已經65歲，在朱元璋看來，他所剩時日已經無多，而朱標的兒子、皇孫朱允炆這時才年僅16歲，為了帝國接班人的江山鞏固，朱元璋覺得，他有必要繼續為後代『開路』。
在朱元璋的邏輯裡，尾大不掉的功臣集團將是後代子孫的隱患，為此，他先是將以胡惟庸、李善長為首的文人功臣集團連帶其宗族、下屬共三萬多人全部斬殺，而武將功臣集團此前之所以還沒大規模清除，是因為蒙古人殘存的北元勢力仍然還在，他仍然需要猛將們為他賣命追剿蒙古人。
但是到了明朝建國19年後，洪武二十年《1387年》，宋國公馮勝、潁國公傅友德、永昌侯藍玉等率軍20萬人最終平定了遼東；到了洪武二十一年《1388年》，藍玉又帶兵遠襲捕魚兒海《今中蒙邊境之貝爾湖》的北元朝廷，並俘虜了元主脫古思帖木兒的次子地保奴、太子必裡禿妃等王侯貴族共3000多人，以及北元朝廷的寶璽、圖書、金銀印章等，給予了北元朝廷以毀滅性的打擊。
在看到北元勢力已經被擊垮後，朱元璋覺得，武將集團們也沒什麼利用價值了。
他開始尋思著下手的機會，也就是在這時候，太子朱標的病逝，更加使他覺得，如果不在他有生之年加速鏟除剩下的武將功臣集團，那麼他年幼的皇長孫也將很『危險』。
於是，在太子朱標死後次年，朱元璋就以『謀逆』的罪名，將大將軍藍玉以及景川侯曹震、鶴壽侯張翼、舳艫侯朱壽、定遠侯王弼、東筦伯何榮、吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等人全部處死，前後『族誅者萬五千人』，幾乎將整個大明帝國的開國武將集團殺了個精光。
至此，在前後將文臣和武將兩個開國功臣集團及其家族、下屬共45000多人全部斬殺後，大明帝國的開國『功臣宿將相繼盡矣』。
對此，後來清朝學者趙翼評價說：『《朱元璋》借諸功臣以取天下，及天下既定，即盡舉取天下之人而盡殺之，其殘忍實千古所未有』
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但朱元璋並不滿足。
就在陸續誅殺開國功臣集團的過程中，朱元璋又對整個官僚集團和民間地主豪強大開殺戒。
作為當過牧童、做過和尚和乞丐的開國皇帝，朱元璋在內心深處有著強烈的自卑感，也因此，與作為貴族出身的劉秀和李世民寬待開國功臣不同的是，從社會最底層踩著無數屍體、攀爬到帝王之尊的朱元璋，內心深處湧動著自卑，對於功臣豪強更是有著發自本能的警惕和敵視，盡管這些人曾經是與他一起出生入死的戰友兼兄弟。
當上皇帝後，由於需要修撰自己的帝王出身和譜牒，為此朱元璋曾經動過念頭，想攀文豪朱熹為祖先，但因為太過勉強，最終隻好作罷，後來，他幹脆坦言說，自己『本淮右佈衣』、『起自田畝』、『出身寒微』，但這種事，隻能他自己有所感觸的時候，偶爾提一下，別人，是不能說的；說了，那就是揭帝王傷疤：找死。
朱元璋晚年時，浙江府學教授林元亮，在寫的一份奏表內有『作則垂憲』四個字，朱元璋認為『則』與『賊』近音，是在諷刺他農民軍出身，因此暴怒之下殺了林元亮；常州府學訓導蔣鎮，在寫的一份《正旦賀表》，文中有『容性生知』四個字，朱元璋也認為，『生』與『僧』近音，是在諷刺他當過和尚，立馬就將蔣鎮斬首。
在朱元璋看來，盡管貴為帝王，但這種貧微的出身，是他極度自卑的根源點，誰要是敢掀這個老底，或者是影射諷刺，那立馬，就叫他人頭落地。
而作為窮苦出身的孩子，朱元璋則認為，天底下的官僚集團，也應該勤儉節約，於是，朱元璋強行壓低官員俸祿，部分底層官員俸祿『月不過米二石，不足食數人』，以致很多官員『不足以資生』、『困於饑寒』，後來的史學家感慨說：明朝的官員，是歷朝歷代工資最低的公務員群體。
由於國家定下的工資如此之低，實在難以養活一家老小，因此在朱元璋時期，部分官員難免多點想法，對此，朱元璋則發起了中國史上空前絕後的反貪運動，在他治下，明朝官員貪污六十兩就會被斬首、剝皮填草示眾，而追究起來，朱元璋時期很多官員的所謂『貪污』，竟然是『收受衣服一件、靴二雙』、『書四本、襪一雙』。
當時，戶部尚書滕德懋被人舉報貪污，朱元璋隨即下令將他斬殺，並且還命令剖開他的肚子看看裡面有什麼，當看到滕德懋肚子裡都是一些粗糧雜菜後，朱元璋才感慨說：『原來是個清官啊！』
就在不停地斬殺開國功臣集團的前後，朱元璋也對整個官僚集團發起了大清洗，其中僅洪武十五年的空印案《1382年》和洪武十八年《1385年》的郭桓案，就前後連坐斬殺近8萬人，以致大明帝國從中央到地方、從官員到民間豪強，『大抵皆破』。
由於在任官員頻遭殺戮，朱元璋時期，從洪武元年《1368年》到洪武十九年《1386年》，兩浙、江西、兩廣、福建地區的『所有司官，未嘗任滿一人』，因為他們全部在任期內要麼被拘捕、要麼被殺了。
這種不分青紅皂白，針對整個官僚集團和民間豪強、乃至普通有錢人的大規模屠戮殺害，也使得傳為江南首富的沈萬三家族幾乎被滅門，而讀書人則『多不樂仕進』、『以溷跡無聞為服，以受玷不錄為幸』，部分人甚至不惜采取自殘的方式來避免被錄取為官，以求自保。
在這種恐怖的社會氛圍下，朱元璋幸存的臣子們每日也都是戰戰兢兢，以致許多官員每天上朝前，都要和妻兒子女訣別，因為不知道自己那天會被隨意處死，如果當天活著回家，就要私下慶賀。
而這些幸存的臣子們據說每天上朝，還要揣測下朱元璋的玉帶怎麼擺放，如果朱元璋把玉帶高高貼在胸前，那就說明他老人家今天心情好，可能不會殺人；但如果朱元璋的玉帶被按在肚子下面，滿朝文武大臣就知道完蛋了，不知道又要殺誰了。
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盡管對待開國功臣和全部臣民以『暴酷』著稱，但朱元璋對待自己的子女，卻是出奇的『溫柔』。
早在大明建國初期，朱元璋就將自己存活的24個兒子和1個從孫全部分封為王，當時，朱元璋給明朝官員們定下了歷代王朝最低的工資標準：正一品官員年俸祿900石……正七品140石。
明朝時一石米折合現在約180斤，以現今每斤米5元計算的話，明朝時，當時一品宰相的年薪約為現今人民幣81萬元，七品縣令年薪約為12.6萬元，由於明朝行政官員年薪中，還需要自行承擔各種公務費用，這就使得明朝著名清官海瑞，甚至窮得吃不起肉，以致於當海瑞為老母親祝壽，破天荒買了一斤肉時，甚至轟動了當時的整個明朝官場。
與此同時，朱元璋卻規定皇族一旦封為親王，其年俸祿至少在萬石以上，是明朝最高級官員的十幾倍以上，而這還不包括土地等大量賞賜。
為了讓子孫後代過上最優越的生活，朱元璋還規定皇族子孫不必從事任何職業，每一個皇族後代，所有消費全部由國家承擔：10歲起還可以領工資享受俸祿，結婚時國家發放房屋、冠服、婚禮費用。
死後還有一筆厚厚的喪葬費。
對於這種帝王官僚集團工資低得無法養家糊口，而皇族成員待遇卻遠超宰相的畸形狀況，明朝有人曾經私下感慨地說：
『我朝親親之恩，可謂無所不用，其厚遠過前代矣』。
在朱元璋看來，整個天下都是老朱家的，所以他鏟除開國功臣、向太子朱標闡述『除刺』的心聲，包括強行壓低整個官僚集團的俸祿、進而卻又厚待親王宗族，其目的無非是為了損天下以肥自家，盡管帝王都有這個傾向，但朱元璋卻將這種做法推到了登峰造極的程度。
然而，厚待親王皇族，也給大明帝國埋下了日後的隱患。
從洪武十一年《1378年》開始，朱元璋將封為藩王的各個兒子派往藩國，這些皇子中『護衛甲士少者三千，多者至萬九千人』，並且有的藩王鎮守北方重鎮，例如駐守大寧《區域遍佈今河北北部、內蒙、東北等地》的寧王所部『帶甲八萬，革車六千，所屬三衛蒙古騎兵驍勇善戰』。
盡管藩王們分駐各地，在明朝初期拱衛了老朱家的『家天下』，但由於藩王們普遍身擁重兵，到了朱元璋晚年，這個問題已經開始引起朱元璋本人和明朝內部的擔憂，對於這種分封制帶來的隱患，早在洪武九年《1376年》，山西平遙一位小人物葉伯巨就公開上書指出『分封過侈』，在後世將形成尾大不掉之勢，但朱元璋對此的反應卻是暴怒，認為葉伯巨公然議論皇族內務，『離間皇帝父子骨肉之情』，於是下令將葉伯巨囚死獄中。
此後，再也沒人敢說藩王尾大不掉的事兒了。
但作為皇位的接班人，皇太孫朱允炆也看得很清楚。
1392年太子朱標死後，皇太孫朱允炆有一次跟朱元璋聊天，憂心忡忡地問朱元璋說：
假如『諸王不靖，孰禦之？
』
朱元璋對此一時語塞，隻有對於自己的這位皇太孫和大明帝國的接班人，他才想起了當初那個『膽大妄為』的草民葉伯巨的分析，對此他想了想又反問朱允炆說，你覺得應該怎麼辦呢？
《汝意何如？
》
從小在皇宮長大、接受儒家教育的朱允炆說：
『以德懷之，以禮制之，不可則削其地，又不可則廢置其人，又甚則舉兵伐之』
對此朱元璋點頭說：
『是也，也隻能這樣了』
盡管為了給兒孫鋪路，朱元璋不惜大肆屠戮功臣集團和天下仕民，但對於自己分封藩王的這種肘腋之變，朱元璋卻像庸人一樣不以為然。
但為了子孫守成需要，他還是決定廢除酷刑，於是朱元璋在臨死前一年《1397年》，正式頒佈了《大明律》，不久，明洪武三十一年《1398年》閏五月，朱元璋最終走完了自己腥風血雨的一生，終年71歲。
而臨死，他還囑咐要讓46位嬪妃殉葬。
朱元璋下葬的明孝陵
就在臨死前發佈的遺詔中，朱元璋說：
『朕膺天命三十有一年。
憂危積心，日勤不怠，務有益於民。
奈起自寒微，無古人之博知，好善惡惡，不及遠矣。
今得萬物自然之理，其奚哀念之有』
盡管臨死前禁止各位藩王進入京師憑吊，以防止他們趁機爭奪帝位，但朱元璋沒想到的是，他死後僅僅一年，建文元年《1399年》六月，他的第四子燕王朱棣就在北平起兵叛亂。
又三年後，建文四年《1402年》，朱棣最終攻占南京，隨後建文帝朱允炆在戰亂中失蹤，朱棣奪位，是為明成祖。