因為韓林兒之死，廖永忠被殺，楊逍提議[應天府義軍和總壇劃清界限，互不幹涉]，這也是三版中唯一一版交代互不幹涉的，算是保護了總壇：明確說朱元璋調動不了五行旗，明確說朱元璋未來殺的僅限於[義軍中的將領]《三聯版是教中的兄弟》，明確說明教是[後世]衰敗的。
可以比較一下三聯版。
張無忌聽了，長嘆一聲，說道：『殺了這個，又得再殺那一個。
個個都是好兄弟，我可真不忍下手。
能不能大會諸將，把事情攤開來談，大夥兒既要講公公道道，又得求和和氣氣？
』彭瑩玉搖頭道：『可惜，做不到！』
張無忌茫然失措，問楊逍、范遙道：『楊左使、范右使，你們兩位以為如何？
』
楊逍道：『[不管兵革戰陣，明教光明幹凈]！』他簡略解釋：明教義軍在各地起事，殺官造反，鬧得蒙元手足無措，戰陣有成有敗，他們既不向總壇稟報，總壇也管不著他們。
應天府這支紅巾軍，素來自行其是，聲勢壯盛，總壇不能殺了他們的首領，也不能以明教教規予以羈縻約束，隻能任其自然。
但[決不能任由他們來爭教主之位]，由他們來指揮明教。
范遙朗聲道：『楊左使之言，正合我意。
咱們今後要使明教光明幹凈，熊熊聖火長燃不滅。
咱們手持屠龍寶刀，朱元璋這家夥倘若善待百姓，就隨他去。
否則咱們屠龍寶刀一揮，砍了他的腦袋！』
張無忌伸掌在案上重重一拍，說道：『正是如此！明教正直光明，永保黎民百姓！』韋一笑、殷野王、五散人、五旗使等一齊大聲呼應：『明教正直光明，永保黎民百姓！』
至此議事已定，但張無忌仍不免心中鬱鬱，深覺如此定奪，頗有虧於仁俠的宗旨。
廖永忠遭冤枉處死，總壇未能為他洗雪，終究良心難安，但一加幹預，牽連太大，自己確又無力公道處理。
而三聯版：後來楊逍雖繼任明教教主，但朱元璋羽翼已成，統兵百萬之眾，楊逍又[年老德薄]，萬萬不能與他爭帝皇之位了。
朱元璋登基之後，[反下令嚴禁明教，將教中曾立大功的兄弟盡加殺戮]。
常遇春因病早死，徐達終於不免於難。
三聯版顯然用詞嚴酷得多，並且張無忌傳位於楊逍不妥
楊逍等人知道，朱元璋是挾著反元大勝之威，竟欲逼去張無忌的明教教主之位。
他如出言逼宮，明教眾首領未必會支持張無忌這年輕教主。
朱元璋第一次逼宮，張無忌和他的派系是這樣表達
彭瑩玉接著說：「不論是誰，只要他能率領天下豪傑，驅趕胡虜，我彭和尚都服他的。
他要做明教教主、要做皇帝，彭和尚都擁了他！」
張無忌道：「彭大師所言極是。
咱們當前要務，是將謝法王營救出來。
朱元璋如想做教主，只要他能趕走蒙元，還我大漢江山，我就讓他做！
按照張無忌的意思，朱元璋如果能趕走蒙元，教主就讓位，結果張無忌跑去蒙古前的安排，並沒有傳位朱元璋的打算
朱元璋迭施奸謀而登帝位，但助他打下江山的都是明教中人，是以國號不得不稱一個『明』字。
明朝自洪武元年戊申至崇禎十七年甲申，二百七十七年的天下，均從明教而來。
但他圖謀明教教主之位，終不得逞。
朱元璋登基後，不願讓自己大業已成，明教占了太多功績，又不願朝廷政務受到明教教主的牽絆幹預，因此盡力泯滅與明教有關的痕跡瓜葛，不少出身於明教的功臣大將，隻因不擁他為明教教主，便莫名其妙、不明不白的慘遭殺害。
馮勝、傅友德、藍玉等大將全家受戮，株連甚廣，史有明文。
朱元璋倒還記得明教，將他所建的朝代稱為「明朝」。
但因明教維護百姓，朝廷官府便對其殘殺鎮壓，時日既久，後世首領無能，明教也就漸漸式微了。
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明教後來式微，算不算張無忌的鍋？
當然，張無忌傳位朱元璋，估計明教也無法生存。