衣冠南渡是永嘉之亂後北方士族南遷的現象，而晉元帝司馬睿對待南方士族的方式，應當從當時東晉建立的形勢來看。
結合江左政權的特殊性，可以更清楚地看清晉元帝與南方本土士族關系的變化。
首先需要明白的是東晉建立時所處的形勢
東晉真正建立的標志是司馬睿稱帝，但卻並非是說司馬睿在江東建立的勢力，是在稱帝之後。
永嘉之亂，北方被胡族擾亂，懷帝、愍帝相繼被擄走，居於江東長江天險的司馬睿便在王導等人的建議下，有心利用其司馬氏皇族身份，在江東繼承皇統。
最終司馬睿在王導和南方本土士族的扶持，以及留在北方的晉朝舊將勸進下，在愍帝被殺後，司馬睿才稱帝，東晉也真正才具有了西晉正統王朝延續的地位。
在這個過程中，南方士族力量是司馬睿建立東晉的重要支持力量，即便出身瑯琊王氏的王導在當時的江東，也需要交好世代居住在江東的南方士族。
司馬睿
司馬睿隻是具備了司馬氏皇統的身份，具備了王朝延續的正統性。
而南方士族的支持才是司馬睿得以建立東晉的必要條件。
其中王導的作用是幫助司馬睿獲得南方士族的認同。
《晉書》之中記載司馬睿到江東之後一個多月，南方士族沒有人來拜見，王導便利用司馬睿出行的機會，和族兄王敦一起襯托司馬睿的威儀，這才讓司馬睿獲得了南方士族的認可。
東晉建立過程的特殊性，導致東晉政權不再是皇權政治，而是由王導聯合南方士族一起建立了由門閥主導政權的門閥政治。
這個過程當中，瑯琊王氏的王導、王敦等人作為南來僑姓士族，跟顧榮、賀詢等南方士族一起，構建了影響東晉一百多年的門閥政治格局。
但是需要知道的是，在東晉政權延續的一百多年之中，能夠把持東晉朝政的力量，都是來自北方的僑姓士族，南方士族並未能夠占據門閥政治的中心。
雖然賀詢、顧榮、紀瞻等南方士族之人也曾在東晉朝堂占據高位，但卻依舊是以瑯琊王氏王導等人為主導。
顧榮
如果結合門閥政治的特點和晉元帝司馬睿對待南方士族的態度來看，晉元帝司馬睿所代表的皇權，在門閥政治之下，並無決定性的作用，所以即便晉元帝司馬睿對南方士族青睞有加，依舊需要符合門閥政治的要求。
南方士族不占高位，僑姓士族占據中樞要職，恰好證明了晉元帝司馬睿與南方士族之間的關系並不緊密，或者說兩者之間的關系並不舉足輕重。
南方士族無法占據東晉權力中心的原因探析
而如果需要探討南方士族並不被重視，無法占據東晉權力中心的原因，其實可以從幾個角度去看：
從晉元帝司馬睿是否青睞王導等北方僑姓士族，疏離南方士族的角度來說，晉元帝司馬睿需要衡量兩者之間的關系。
王導等僑姓士族是自己的親近朝臣，司馬睿與他們有著西晉舊誼。
司馬睿到江東之後無依無靠，隻能依靠王導等僑姓士族。
而建立東晉王朝，有需要南方士族的支持和底蘊，那麼司馬睿也勢必會對南方士族進行拉攏。
司馬睿對王導的態度當然不用多談，最初東晉建立後，司馬睿與王導『王與馬共天下』的緊密關系，就是兩者之間的關系證明。
而對於南方士族的態度，從賀詢、顧榮等人在朝中官職來看，司馬睿應當是重視南方士族的。
紀瞻曾經幫助聯系流民帥郗鑒，最終使得王敦之亂平復。
甚至在自己重病時，依舊接受晉明帝的詔令，可見當時司馬氏皇族對紀瞻的重用。
王導
簡單從官職上，其實難以看出晉元帝對待僑姓士族和南方士族的親疏關系，因為皇權在東晉門閥政治格局之中，並非左右政局的力量。
看晉元帝司馬睿與南方士族的關系，還需要結合門閥政治的影響因素。
在東晉門閥政治條件下，皇權受到士族門閥壓制，而南方士族也是門閥政治的支持者。
在司馬睿建立東晉逐步穩固江左政權後，想要利用戴淵、劉隗、刁協等人來限制瑯琊王氏王導、王敦的權勢，由此引發了旨在鞏固門閥政治格局的王敦之亂。
王敦之亂的直接目的是反抗司馬睿對瑯琊王氏的壓制，但也具備了當時門閥政治格局下，王敦作為士族門閥力量對晉元帝司馬睿所代表的皇權的反抗。
因此從這個意義上，支持門閥政治的士族門閥自然會對王敦抱著默許的態度。
看在王敦之亂中，南方士族的表現，便能看出南方士族與司馬睿之間的關系如何了。
南方士族的代表義興周氏和吳興沈氏，具有『江左之豪，莫強周沈』的說法。
在東晉建立後，兩族子弟也紛紛出仕為官。
在王敦之亂中，吳興沈氏沈充響應王敦起兵，是王敦之亂的重要軍事力量。
而義興周氏的周札，在王敦攻打建康時，投降王敦大開城門獻城。
沈充和周札的態度，能夠看出當時南方士族的一些態度，是支持門閥政治，而對於晉元帝司馬睿的態度並非看重。
王敦
換言之，在東晉以士族門閥為先的政治環境下，晉元帝司馬睿對待南方士族的態度和方式其實無關緊要，反之在兩者關系之中，身為門閥政治參與者和擁護者的南方士族，才是主動決定與晉元帝司馬睿關系走向的因素。
看晉元帝司馬睿如何對待南方士族，還不如結合門閥政治的形勢，來看南方士族會如何對待皇權。
並且，為王敦獻城的周札，史料之中的記載也並非完全欣然投降，而是有『周札少恩，兵不為用，攻之必敗』的記載，少恩便是不被看重，這應當是當時晉元帝對南方士族態度的很好證明。
既然門閥政治環境下，南方士族也隻操心自己家族之事，那麼皇權必然也不會對士族門閥力量抱有巨大善意，這是由東晉建立之初晉元帝重視賀詢、紀瞻等人，到故意疏離南方士族的態度轉變。
這也導致了作為南方士族的周札，不被晉元帝司馬睿看重的原因。
綜上所述，衣冠南渡後，晉元帝對待南方士族的態度，其實與東晉建立時的形勢，以及東晉建立後僑姓士族與南方士族建立起來的門閥政治環境，有著非常大的關系。
在江左政權建立之初，晉元帝司馬睿需要依仗南方士族的力量和底蘊，來幫助自己稱帝建立東晉王朝，一次你才有了對賀詢、顧榮和紀瞻等南方士族的重用。
而等到東晉建立，門閥政治壓制皇權，晉元帝司馬睿想要重振皇權，便會疏遠門閥政治的參與者南方士族。
這是皇權與士族門閥力量之間的鬥爭，決定了皇權跟南方士族的關系，由最初的依仗，到後來的疏離。