元明清三朝對西藏的治理，世俗政權管理即行政管理也各有不同。
蒙古帝國由於幅員過於遼闊，統治階層人數過少，大多采取隻管理當地上層貴族，由當地上層管理百姓的方式。
元朝建立者對西藏的治理也沿襲蒙古帝國的統治方式。
中國歷代漢族中央王朝對周邊少數民族政權采取羈縻方式，明朝前中期治理西藏也是采取類似羈縻的土司形式，後期基本失去了對西藏的控制。
清朝前期以封國的方式松散管理、中期以流官加宗教領袖共同管理、後期則流於形式，基本由西藏地方自己管理。
宣政院印
西藏在元王朝統治以前處於各封建部落和小王國的分割紛爭狀態。
涼州會盟後，在蒙古鐵騎的威逼下，西藏地區納入帝國范疇，並很快統一在以薩迦派為首的藏傳佛教旗下。
元朝就牢牢抓住西藏上層僧俗貴族來治理，設立了總制院，由國師負責。
1288年，總制院改稱宣政院，擴大機構，於院使下設同知、副使、參議、僉院等各二人，具體管理西藏僧俗事務。
宣政院轄地
元朝不僅在中央設立機構，也首次對西藏地方進行行政劃分，設立軍政機構。
1334年，在宣政院所轄吐蕃之地分設三道宣慰司：朵思麻宣慰司、朵甘思宣慰司、烏思藏宣慰司。
宣慰司又下轄安撫司、招討司、宣撫司和元帥府、萬戶府等。
自宣慰使都元帥至萬戶等各級官員多以當地僧俗首領擔任，由帝師或宣政院薦舉，朝廷授職。
此時，西藏制度已經一定程度內地化，包括對西藏進行了編戶齊民，劃分十三萬戶，到了元武宗時代，又由都總管府達魯花赤總其財賦，征收賦稅。
元朝對西藏的管理為後來的明清提供了很好的范本。
烏思藏宣慰司
西藏十三萬戶劃分
明朝對西藏地區的統治來自對元朝繼承的法理。
大明軍隊並沒有直接打進西藏，而是攻占並駐紮在青海河湟谷地後派遣官員持詔諭前往西藏，著令各部歸順明朝。
在西藏脫離元朝歸附明朝後，明朝中央政府立即仿衛所制度，對原有僧俗官員進行賞賜、冊封。
對行政管理的上層，中央通過冊封各地方政權首領，實現統一管轄；在行政管理的基層，主要通過推行都指揮使司和衛所制度，使西藏地方與明朝整個邊疆行政管理體制相一致。
烏斯藏都司
明朝前中期對西藏的軍政首領進行分封建制，幹涉其人事和領地分配，並限制宗教首領對民事和政權的幹涉。
這又可以分成兩段：洪武時期，朱元璋扶持帕木竹巴政權，以帕木政權為烏斯藏都指揮使司，以他下面的各宗頭人為行都司、衛所，加封各級僧俗領主為都指揮使、指揮使、國師、禪師等。
到了永樂時期，朱棣不再扶植帕木政權，而是積極扶植各派宗教領主，冊封三法王、五王等，對藏因俗、因時、因地而治，抬高各派宗教領袖《特別是薩迦派領袖》、把帕木政權首領貶為五王之一。
朱棣此舉在很大程度上改變了西藏的政治格局，為明朝後期西藏脫離中央控制埋下了禍根。
闡化王印
土木堡之變後，明朝國力下降日趨明顯。
由於沒有在西藏設置流官，不能對當地進行直接的行政管理，西藏各派勢力加快了爭奪權力和地盤步伐，出現貴族相互吞並傾軋，臣屬架空首領，甚至操縱首領廢立的情況，導致三法王、五王制解體，而中央政府隻能以冊封的方式追認勝利者，基本失去控制權。
1434年，帕竹王朝發生內亂，第悉之位空缺三年。
仁蚌巴家族趁機崛起，成為了後藏地區的世襲貴族。
1480年，仁蚌巴家族發兵進攻帕竹，控制了第悉，從此帕竹王朝有名無實。
1565年，辛廈巴家族取代了仁蚌巴家族。
烏思藏都指揮使司在明朝中後期形同虛設，1618年徹底撤銷。
藏巴汗時期
清朝對西藏的治理始於順治時代，可以分為三個階段：一是從順治到康熙年間，以冊封為主，依靠當地僧俗貴族間接管理；二是從雍正到道光年間，以駐藏大臣設置管理為標志，派流官結合本地貴族直接管理；三是咸豐以後，在英帝國主義的不斷蠶食和侵略下，對西藏的控制力日漸衰微，以達賴為首的當地僧俗首領逐漸成為實際管理者。
清朝前期治理西藏的體制因時因勢而變：早期冊封汗王和宗教領袖，後廢止汗王制，又廢除達賴管家管政務的第巴制而設諸噶倫集體領導，繼而在頗羅鼐父子時期實行首席噶倫帶郡王爵位制。
1652年，順治以中央政府的名義冊封五世達賴喇嘛，正式規定了格魯派的各種制度、禮儀。
又冊封蒙古汗王為『遵行文義敏慧固始汗』。
通過授印、封汗，承認蒙古固始汗與五世達賴聯合治理西藏的事實。
1717 年，準噶爾勢力入藏。
1720 年，清軍驅逐準噶爾部。
1721 年清政府改革西藏行政體制，采取噶倫制。
噶倫由中央政府直接任命，聯合掌權，並不再在西藏冊封蒙古汗王。
隨著噶倫制的推行，清政府逐漸認識到設置諸多噶倫易造成彼此間權力之爭。
雍正五年《1727年》，清廷第一次向西藏派駐兩位駐藏大臣，即內閣大學士僧格和副都統馬喇。
此後，清廷一直確保駐藏大臣府衙有兩名駐藏大臣，並逐漸建立起完善的駐藏行政機構。
1751 年，清中央政府頒行《西藏善後章程》十三條，對西藏的行政體制進行了系列改革：正式規定了達賴喇嘛的世俗權力，建立由三俗一僧共 4 名噶倫組成的噶廈《噶倫地位平等，互不統屬》，形成了駐藏大臣、達賴僧官系統、噶廈俗官系統三者制衡的狀態，並不斷提高駐藏大臣的權力，總攬西藏政務，使其具有監管宗教、涉外事權、賑濟災民、整肅吏治、整飭軍備等方面的巨大權限。
此後一百年時間，中央政府對西藏的行政統治達到了一個前所未有的高度。
西藏善後章程
到了清代後期，朝廷對西藏的統治基本上是有心無力。
道光二十六年《1846》，駐藏大臣琦善上書擬定的《裁禁商上積弊章程》，得到了道光帝的支持。
這份奏折大大削弱了駐藏大臣對於西藏的治理權，甚至讓清廷逐漸失去了對西藏的財權和兵權。
光緒年間，侵占了南亞次大陸大片土地的英國將魔爪伸向西藏，挑起『土鼠年戰爭』和『木龍年戰爭』等，與清廷簽訂《中英藏印條約》，將西藏拖入失控的泥沼。
中英藏印條約
1903年英國再次入侵西藏，1906年清政府與英國簽訂《中英續訂藏印條約》。
這時以達賴為首的西藏地方僧俗首領漸漸有謀獨的傾向。
為避免西藏落入英帝國的手中，清政府開啟了從外部派員入藏鐵腕整頓。
從張蔭棠、聯豫到趙爾豐，查辦原駐藏大臣有泰及其他貪污媚外、魚肉藏民、顢頇誤國的漢、藏官員，武力鎮壓喇嘛和土司勢力叛亂。
一直到辛亥革命時，英印政府支持達賴與其親信向西藏反撲，西藏出現騷亂，清政府外派專員及駐藏大臣均無力回天。
趙爾豐平叛
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