1593年6月，第一次萬歷朝鮮戰爭結束，中日雙方開始了漫長的談判過程。
9月，朝鮮國王李昖上表感謝明朝援助，但此時日軍仍占據朝鮮南部四道，朝鮮方面對此次議和並不滿意。
12月，在朝明軍除劉綎所部外全部回國。
豐臣秀吉對明朝使團提出的『明日和平條件』包括：遠嫁大明公主為日本天皇後；割讓朝鮮南部四道給日本；開展明日貿易等七條。
使團知道朝廷絕不會認可這些條件，回國後隻說日本恭順，其餘隻字未提。
明神宗和大臣們此時正為立儲一事爭得不可開交，也未重視和談。
日本使者小西飛長時間滯留朝鮮，直到與和談負責人小西行長等人偽造了一封豐臣秀吉的降表，才被允許入京。
明朝提出的議和條件包括：日本限期全部撤軍回國；封豐臣秀吉為日本王，但不允許日本入貢《既不同意開展明日貿易》；日本盟誓永不侵犯朝鮮。
小西飛擔心和談不成，自己和小西行長會受到牽連，一口答應。
他不僅隱瞞了豐臣秀吉提出的條件，還煞費苦心的編造了『朝鮮不願幫助日本代請大明封王，不得已才出兵』這樣的謊言。
明朝君臣對此結果大為滿意。
1595年1月，明神宗派臨淮侯李宗城赴日冊封。
李宗城在釜山得知豐臣秀吉和談的真正條件，大為震驚，感覺此去可能性命不保，次日便逃跑北返。
明朝隻得改派使者，9月才到達大阪。
豐臣秀吉聽到詔書封他為日本國王時，大怒道：『日本王我想當就當，需要你們冊封嗎？
』隨即驅逐明朝使臣，懲罰小西行長等人。
1596年，豐臣秀吉再次發佈動員令，組建八軍合計十四萬人，於第二年正月進攻朝鮮。
第二次萬歷朝鮮戰爭爆發。
在朝鮮的請求下，明朝以麻貴為總兵官，先赴漢城統帥南北諸軍；楊鎬為僉都禦史，經略朝鮮軍務；兵部尚書邢玠總督薊、遼、保定軍務，率明軍主力隨後入朝。
1597年7月，日軍兵分兩路，向北全面進攻。
左路軍四萬九千人在小西行長的帶領下攻克全羅道重鎮南原，三千明軍除副總兵楊元等數人殺出重圍外，全部陣亡。
右路軍六萬五千人在加藤清正的帶領下進攻全州，駐守全州的明將陳愚衷棄城而逃《楊元、陳愚衷逃到漢城後被處斬》。
日軍會合後，又相繼攻陷黃石山、金州、公州等漢城屏障，掌握了戰場主動權。
與此同時，朝鮮水師被摧毀的消息也傳到漢城。
第一次戰爭後，朝鮮名將李舜臣被任命為三道水軍統制使，風光無兩。
日軍重啟戰端後，針對他施行反間計，李舜臣以『欺罔朝廷』、『縱賊不討』之罪被捕，免死後發配從軍。
1597年7月，李舜臣的繼任者元均率水師主力進攻釜山，在絕影島附近被日軍截擊，戰敗後一路逃竄到巨濟島北岸的狹窄水域漆川梁。
元均不顧眾將轉泊他處的進言，七天後被日本水陸軍合圍，幾乎全軍覆沒。
面臨困境的麻貴為了拖住日軍北上的攻勢，為明軍主力入朝爭取時間，決定南下阻擊日軍。
10月17日，副總兵解生率軍兩千奔赴稷山，與日本第三軍先頭部隊數百人遭遇。
日軍在火繩槍的掩護下率先發起突襲，明軍開始誤以為是配合其作戰朝鮮軍，沒有防備之下被日軍擊退。
穩住陣腳後，明軍使用大炮轟擊，騎兵隨後發起沖鋒，大破日軍。
黑田長政率領援軍趕到戰場後雙方罷兵。
解生和黑田長政分別向後方求援。
次日拂曉，黑田長政對明軍發起攻擊。
明軍援兵二千人在此時趕到，在大炮的掩護下，以騎兵大破黑田長政。
日方援兵二萬五千人迫近稷山後，明軍主動撤退。
日軍雖然占領了稷山城，但懾於明軍戰力，未敢繼續北上漢城，喪失了戰爭主動權。
稷山之戰後，明軍主力入朝，總兵力已達五萬，日軍見此全線退守釜山。
朝鮮水師全軍覆沒後，李舜臣臨危受命，再次出任三道水軍統制使。
他在南海岸收集殘餘板屋船十二艘，士兵一百二十餘人，以全羅右水營為基地重建水師。
日本水軍得到消息後，出動艦船三百餘艘大舉進攻，10月26日，李舜臣佈置民船作為疑兵，親率十二艘戰船將敵人誘入狹窄的鳴梁海峽，集火日軍指揮艦，擊斃日軍將領來島通總。
日軍軍心渙散，順潮撤退。
戰後，李舜臣鑒於『水勢極險，勢亦孤危』，退出這一區域。
日軍達成了占領朝鮮水師基地的戰略目的。
10月，在朝鮮軍的配合下，麻貴命令明軍分路南下以迷惑日軍。
12月，到達釜山門戶蔚山城下集結。
李如梅帶領三千騎兵直插日軍城外大營，斬殺一千餘人，日軍被迫退入城內。
明軍以江浙步兵作為先鋒，迅速突破蔚山城墻，把加藤清正的第一軍圍困在城內高地島山。
受地形限制，明軍大炮難以有效射擊，江浙步兵隻好頂著火繩槍的射擊，結鴛鴦陣艱難仰攻。
在付出慘重代價後，突破了日軍三層防禦中的兩層。
這時，經略楊鎬偏袒遼東系將領，強令江浙步兵退出島山。
等到李如梅帶領遼東軍開始進攻時，日軍已將工事搶修完畢，加上天降大雨，明軍喪失了絕佳戰機。
1598年1月，日軍各部擺脫朝鮮軍牽制，乘船趕到，久攻無果的明軍決定撤退。
楊鎬再次指揮失誤，倉皇撤軍，造成明軍混亂潰敗，慘重損失。
回到漢城後，楊鎬向朝廷謊報前線大捷，後被人揭發，罷官聽勘。
蔚山之戰前，兵部尚書邢玠上書朝廷，『請募兵川、浙，並調薊、遼、宣、大、山、陜兵及福建、吳凇水兵』。
5月，陳璘率兩廣兵，劉鋌率四川兵，鄧子龍率浙江、南京兵陸續趕到朝鮮。
8月，豐臣秀吉在日本病死，日方封鎖消息，命令朝鮮日軍爭取議和，如議和不成則全線撤退。
9月，明軍分兵三路進攻日軍。
麻貴再次包圍加藤清正於蔚山，後被立花宗茂以假營伏兵擊敗撤退。
劉綎進攻駐軍順天的小西行長，日軍堅守不戰，明軍被迫撤退。
董一元在泗川圍攻島津義弘，前軍都已突入城中，此時火炮陣地卻突然發生爆炸，明軍頓時大亂，撤出泗川，日軍乘機掩殺，董一元所部損失慘重。
10月，豐臣秀吉病死的消息傳至朝鮮，日軍開始準備撤退。
11月11日，小西行長的第二軍登船東撤，在光陽灣貓島附近海面受到中朝水軍攔截，隻能向泗川、南海方向日軍求援。
已經撤退的島津義弘接到小西行長的求援信後，率領第五軍主力會合從南海而來的宗義智，合兵萬餘人，艦船五百艘，向西通過露梁海峽，進入光陽灣。
陳璘獲悉日軍西進的情報後，立即調整部署，決心在露梁峽以西海域殲滅救援之敵。
他自率水師主力為左軍，在露梁海北側埋伏；命李舜臣率朝鮮水師為右軍，進泊南側觀音浦，與明軍夾擊日軍；命副總兵鄧子龍率三艘巨艦，待日軍船隊通過海峽後斷其歸路。
11月19日，日軍船隊進入聯軍預伏地。
鄧子龍率巨艦一馬當先沖入敵陣，以虎蹲炮轟擊日艦。
聽見炮響，李舜臣率水師來援，殺進日軍側翼。
陳璘趕到後三面夾擊日軍船隊，焚毀其大部分戰船。
戰鬥中，年逾七旬的鄧子龍帶領三百人與日軍接舷血戰。
當他跳上一艘被攻擊的朝鮮戰船救援時，友軍誤擲火器將船點燃，鄧子龍無路可退，被日軍圍攻，英勇殉國。
李舜臣也在督戰時不幸中流彈犧牲，臨死前他下令隱瞞死訊，繼續追擊日軍。
劉綎率軍在陸上進攻小西行長，奪取橋寨，陳璘命艦隊協同攻擊。
小西行長殘部邊戰邊退，最終在立花宗茂的接應下，從南海島另一端逃離。
島津義弘見此率殘餘船隻遁入外海。
此戰，聯軍燒毀、擊沉日軍艦船兩百餘艘，大獲全勝。
1599年4月，明軍班師回朝，萬歷帝接受獻俘，祭告郊廟。
次月，頒《平倭詔》詔告天下。
持續了七年之久的萬歷朝鮮戰爭，徹底粉碎了日本侵略者侵吞朝鮮，染指中國的侵略企圖，穩定了東亞局勢。
直到乾隆年間，到訪中國的朝鮮哲學家、科學家洪大容還稱頌大明再造之恩：『萬歷年間，倭賊大入東國，八道靡爛，神宗皇帝動天下之兵，費天下之財，七年然後定；到今二百年，生民之樂利，皆神皇之賜也。
且末年流賊之變，未必不由於此，故中國以為由我而亡，沒世哀慕，至於今不已』