衛所制度為明朝的最主要軍事制度，為明太祖朱元璋所創立，其最初構想來自隋唐時代的府兵制。
元末農民起義大潮中朱元璋在攻克集慶《今南京》後，決定采用屯田政策以補充軍隊所需。
在和謀士劉基對現有兵員制度進行了分析後發現了存在的優缺點後創造了衛所制這一前所未有的制度。
傳統上之前歷代對於戰爭兵員動用本質上主要是以征兵制和募兵制兩種，各有優缺，征兵制的優點是可以全民皆兵，戰時為兵閑時為民，兵員素質穩定，背景清晰，政府可以節省大筆養兵費用，缺點是由於兵員基本來自農村，一旦戰爭時間拉長，就會對農業生產有明顯影響，而古代糧食是戰爭的重要物資保障，舉國皆兵打拉鋸戰極為消耗糧食等物資，戰國末期秦趙長平之戰本質就是雙方的國力消耗戰；募兵制的優點是可以召集社會上閑散無固定職業的人員，經過嚴格訓練後成為職業士兵，可以不受農業生產時令限制全天候作戰，缺點是政府需要為維持龐大的常備軍隊付出大量的軍費，負擔較重。
劉基根據這兩種傳統兵員制度創造性地發明了衛所制，主要有四種兵源，一是從征，即元末起義時統兵的隊伍，二是歸附，即兼並其他割據政權或前朝降軍，三是謫發，即因獲罪被發配至軍隊的，也喚作恩軍，四是垛集，即征兵，按照人口比例抽丁。
這四種兵源後來固定世襲，為此衛所兵必須娶妻生子以維持兵源不變，如無子嗣則是由其家屬壯丁頂替。
明代戶籍中，各個職業有不同的戶口性質，匠人有匠籍，民有民籍，軍士自然就是軍籍，不受普通官吏管轄，而是歸屬都督府管轄，軍民兩種籍忠分開管理，涉及法律和經濟也不一樣。
若是民戶有一丁被垛為軍，則可以豁免原籍一定差徭，衛所內的軍士本人為正軍，其子弟為餘丁或軍餘，將校的子弟稱為舍人。
日常生活開支均由政府支給，馬軍月支米二石，步軍總旗一石五鬥，小旗一石二鬥，步軍一石《守城足額，屯田發半》，恩軍四口以上一石，三口以下六鬥，無家的四鬥。
歲給冬衣棉佈棉花，夏衣夏佈，出征給胖襖鞋褲。
軍隊組成分為衛、所兩級，一般以五千六百人為衛，設指揮使，衛有五個千戶所，每所一千二百人，設千戶，千戶所由十個百戶所組成，所百十二人，有百戶，百戶之下有總旗兩個，小旗十個，總旗領五小旗，小旗領軍十人。
衛所根據地理險要設置，集合一個區域的若幹衛所，設都指揮司為軍區最高軍事機構，軍事長官為都指揮使。
明初根據大概統計，洪武二十五年，全國有十七個都指揮司，內外三百二十九衛，守禦千戶所六十五。
衛所除了軍屯外，還有商屯，發生糧食危機時，采用開中法解決，即政府讓商人運定量的糧食到衛所，拿到收據後可以從政府處領取等價的鹽《古代戰略物資》，自由販賣以獲利。
如此設想在明前期邊防獲得充實，政府節約開支，商人獲取利益，地方也進一步繁榮了經濟。
而在作戰指揮上，統軍權歸屬五軍都督府，軍令權歸屬兵部，武將帶兵，文官決策。
平時在地方屯田操練，戰時集合成軍，臨時指派都督府官任將軍總兵官，作戰結束各自回衛所，都督府軍官交出印信，回原任，因此將軍不專軍，階級分明，降低了唐宋以來將領的跋扈和叛變可能性。
衛所作為明代獨有的軍事制度，有其開創性的地方，但也有歷史局限性，尤其明代中後期海防的松弛致使長期被倭寇滋擾，九邊重鎮的屢次失陷都離不開衛所制度下跟不上時代發展導致的士兵戰鬥力下降帶來的惡性循環，以致最後明末戰鬥力最強的幾支軍隊往往大都是類似私人軍隊，如戚繼光的浙兵，吳三桂的遼東兵。
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