大業九年《613年》正月剛過，楊廣詔令修築遼東古城，以便存儲軍糧，同時詔令征發天下之兵，招募百姓訓練為驍果，集中於涿郡。
所謂”驍果”是指能征善戰的士兵，與當時的府兵不同。
府兵是指宿衛的義務兵役制，而驍果是募兵制，是向社會廣泛招募的士兵。
楊廣出臺這個政策，一方面是征討高句麗需要大量軍隊，另一方面由於一征高句麗損失慘重，府兵暫時入不敷出，需要在短時間內征得兵員，不過這個政策的出臺，標志著隋朝兵役制度的變化。
為了適應新兵役制度的管理，楊廣詔令設置折沖、果毅、武勇、雄武等將領，招募來的驍果分置左右雄武府，以雄武郎將、武勇郎將為正副長官，上屬左右備身府管轄，其中挑選出精練的兵員作為皇家禁衛軍。
為了讓募兵制能夠更好地實施，楊廣下詔免除錄用驍果家庭的賦役，增加領驍果郎將的待遇，從而吸引了不少富家子弟前來應募。
正月二十三日，楊廣宣佈大赦天下，為二征高句麗討一個好彩頭。
他任命刑部侍郎衛文升為京兆內使輔佐代王楊侑留守長安，給予其”便宜從事”之權。
三月征發丁男修復加固大興城，這些措施都是在為二征高句麗做準備。
為了讓這次征討有備無患，楊廣赦免了宇文述等人的罪過，讓他們繼續擔任征討高句麗的將領來將功補過。
楊廣這次征討高句麗依舊信心十足，從他對大臣們所說的話就可以看出，他依舊沒把高句麗放在眼裡∶”高麗小虜，侮慢上國，今拔海移山，猶望克果，況此虜乎。
“
楊廣的話雖然是為出征的人吃下定心丸，但大臣們卻心存疑慮，例如左光祿大夫郭榮就認為，目前全國上下十分疲憊，不能輕易再開啟戰端，他勸楊廣雖然高句麗不盡人臣之禮，但也不必動用全國之力，皇帝禦駕親征前去問罪。
上一次不主張出兵的庾質也依舊持反對意見，很多大臣都認為楊廣沒有必要禦駕親征，但楊廣自視甚高，聽不進任何人的勸告，一切都必須按照他的意志行事。
三月十六日，楊廣帶領人馬出征，任命民部尚書樊子蓋等人輔佐越王楊侗留守東都洛陽，隨後便帶領大軍兼程北上，四月二十七日渡過遼水，第二次征討高句麗的戰爭就此開始。
楊廣二征高句麗的戰術沒有什麼創新，部署幾乎和第一次一樣，依舊是水陸兩軍並進。
陸軍由宇文述掛帥，楊義臣為副帥，帶領大軍從鴨綠江直奔平壤。
水路依舊由來護兒統領，從東萊《膠東半島》海路進發，兩路大軍在平壤外圍會合後，一同進攻平壤。
楊廣依舊坐鎮後方全盤指揮，各路人馬分道進擊，攻下高句麗沿途城池。
和上次不同的是，楊廣這次沒有下詔要求軍事行動必須要得到自己的批準才行，不再設置招降宣慰使，但仍設有監軍，例如王仁恭帶領人馬出扶餘道，房顏謙監扶餘道軍。
王仁恭作戰十分勇猛，帶兵攻打新城《今遼寧撫順》，數萬高句麗軍隊背城列陣，王仁恭率領一千騎兵猛撲敵軍戰陣，將敵軍沖垮。
高句麗軍隊退回城中防守，王仁恭繼續指揮後續大軍四面圍攻，進攻態勢十分猛烈，消息傳到楊廣那裡，楊廣十分高興，派專使前往王仁恭大營進行慰問，賜予其很多珍寶。
高句麗方面看到隋軍進攻猛烈，采取堅壁清野、據城堅守。
楊廣親自統率後路大軍來到遼東城《今遼寧省遼陽市》，重新佈置圍攻。
當時雙方攻防戰打得十分激烈，隋軍將領郭榮為了攻城立功，親自為士兵遞送箭矢，將近一百天沒有卸掉身上的甲胄，楊廣看到隋軍猛攻不克，也是十分著急，不僅督促眾將要加緊圍攻，而且他自己也經常親臨戰場督戰，對那些作戰勇猛的將領或士兵加以賞賜。
在遼東城下，隋軍用飛樓、橦、雲梯、地道等各種方式圍攻，但高句麗隨機應變頑強抵抗，一直攻了二十多天，依舊沒能攻下。
楊廣於是命令士兵造佈囊百餘萬個，都裝滿土堆成寬三十步、與城同高的魚梁大道，讓士兵可以登城進攻，又讓工匠趕造八輪樓車，高出城墻數米，可以俯射遼東城內。
隋軍在城外包圍了一層又一層，用人海戰術連續進攻，可謂是勢在必得，一時間高句麗軍隊傷亡巨大。
在圍攻遼東城的同時，隋軍其他各路大軍也在按計劃向縱深推進，宇文述、楊義臣等率軍再次進至鴨綠江邊。
來護兒的水軍也集齊東萊海角，準備渡海待發。
高句麗在隋軍數路大軍的猛烈圍攻下，形勢已經極為嚴峻，國家甚至已經到了危急存亡之際，但是就在這緊要關頭，形勢突然發生逆轉。
大業九年《613年》六月，在後方督運糧草的禮部尚書楊玄感在黎陽《今河北浚縣》舉兵造反，並進至東都洛陽，這是楊廣萬萬沒有想到的事情。
為應對楊玄感的反叛，楊廣不得不馬上停止對高句麗的全面進攻，讓各路人馬立即返回。
當然退兵是秘密進行的，六月二十八日夜晚時分，楊廣密詔眾將，讓各引兵速回，軍資、器械堆積如山，營壘、帳幕全部棄之而去，而且撤退時散亂成一團，諸道人馬分散不成體系，高句麗人在城頭上看見後都認為是一大奇觀，但也沒有貿然出動，當楊廣的禦營全部渡過遼水後，高句麗才敢進逼隋軍後軍，殲滅走在最後方的隋軍士兵數千人。
在東萊尚未出海的來護兒得知楊玄感造反後，自動放棄了出海進攻高句麗的計劃，迅速返回援救東都洛陽。
由於自家後院起火，百萬隋軍又一次狼狽退回，楊廣二征高句麗就這樣草草收場，不僅一無所獲，還損失了很多人馬，更讓楊廣的權威掃地。