閏五月初十，七十一歲的老皇帝走到了人生的盡頭，在留下一份簡短的遺詔後匆匆撒手西去，他甚至都沒能親眼見一見他的兒子們。
遺詔全文如下：
『朕膺天命三十有一年，憂危積心，日勤不怠，務有益於民。
奈起自寒微，無古人之博智，好善惡惡，不及多矣。
今年七十有一，筋力衰微，朝夕危懼，慮恐不終。
今得萬物自然之理，其奚哀念之有。
皇太孫允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位。
內外文武臣僚同心輔政，以福吾民。
喪祭儀物，毋用金玉。
佈告天下，宜登大位，使知朕意。
孝陵山川因其故，毋改作。
天下臣民，哭臨三日，皆釋服，毋妨嫁娶。
諸王臨國中，毋至京師。
王國所在，文武吏士聽朝廷節制，惟護衛官軍聽王。
諸不在令中者，推此令從事。
一、『皇太孫允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位』此句再次重申了皇太孫朱允炆的唯一合法繼承人地位。
說明朱元璋也意識到朱允炆的這一地位存在不和諧因素，否則，這樣的強調擺明了是在燒納稅人的錢。
二、『王國所在，文武吏士聽朝廷節制，惟護衛官軍聽王』此句重申在諸王藩國內的文武吏士依然統屬於國家，受朝廷節制，而不得與諸王為伍，架空中央。
三、『諸不在令中者，推此令從事』這一句更是言有盡而意無窮。
可以從中解讀出多重意思。
其中至少有一條，他暗示了對朱允炆皇位構成最大威脅的正是他的那群叔叔們，尤其是坐陣北京的燕王朱棣。