1621年，後金已經攻陷了整個遼東半島，開始對遼西推進。
明朝派遣王化貞為遼東巡撫，鎮守廣寧；熊廷弼為遼東經略。
兩人將相不和，給努爾哈赤提供了可趁之機。
1622年正月，帶領金軍攻打廣寧，廣寧陷落。
此後，熊廷弼和王化貞都被處決。
然而，努爾哈赤攻下廣寧後，有四年的時間沒有對遼西發動進攻，這給明朝的反攻提供了機會。
這四年的時間內，遼東大亂，努爾哈赤無暇西顧。
原來努爾哈赤非常仇視漢人，他占領遼東後，就將他們遷徙，圈占漢人的土地，強制漢人剃發，甚至將漢人淪為奴婢。
在這樣的情況下，遼東的漢人大多數選擇了逃亡。
根據文獻記載，當時逃亡到關內的百姓大約百萬，湧入朝鮮的也多達幾十萬，還有幾十萬逃到沿海的島嶼上，從遼東渡海到了山東的也有數萬之多。
沒有能夠逃走的就據守城池、山林，向水井投毒，消極生產。
當時遼東的生產遭到了毀滅性的破壞，後金出現了糧食危機。
而努爾哈赤則采取屠殺的方式來鎮壓漢民的反抗。
1621年，王化貞派遣毛文龍到遼東去接應漢人起義，對東北的戰局造成了很大的影響。
毛文龍，浙江杭州府錢塘縣人，從小『恥學舉子業，好孫吳兵法』。
9歲的時候，其父親去世，母親隻好寄居娘家，得到舅舅沈光祚的照顧。
1605年，在沈光祚的推薦下，毛文龍得以參軍，加入了李成梁的軍隊。
當時遼東進行武舉考試，毛文龍取得第六名的好成績。
1608年，他成為靉陽守備。
毛文龍接到王化貞的命令，帶著197人乘船出發。
六月，毛文龍到達遼東海岸，開始不斷招撫遼東舊將和漢人，將他們安置在遼東半島以東的各個島嶼上。
當時，後金尚未建立海軍，因而無法威脅島嶼。
七月二十日，毛文龍偷襲了鎮江《丹東》，在遼東引起了轟動，遼東的漢人以為『王師』將至，紛紛投靠毛文龍。
一時間，遼東四州紛紛暴動，響應毛文龍。
隨後，後金派遣大軍鎮壓遼東起義，擊潰了毛文龍的軍隊。
不得已，毛文龍逃到了朝鮮境內。
當時，逃亡朝鮮的遼東漢人也多達百萬，他們都以毛文龍為依靠，明朝也任命了毛文龍為都司。
此後，袁可立為登萊巡撫，提拔毛文龍為總兵。
但是毛文龍進駐朝鮮，使得朝鮮頗感危機，於是朝鮮讓毛文龍轉移到皮島。
皮島，現在被稱為『椵島』，當時是無人居住的島嶼。
因此，該島既不屬於朝鮮，也不屬於明朝。
毛文龍到了皮島後，建立了東江鎮，成為了遼東後方的遊擊根據地。
至此，明朝在海外多了一塊島嶼。
此後，袁可立和毛文龍相互配合，在遼東取得了一些戰績。
袁可立曾經策反後金女婿劉愛塔，毛文龍聯兵策應，夜襲金州，收復旅順，連克金、復、蓋三衛，後金『四衛已空其三，沿海四百餘裡之地奴盡棄之而不敢據，所餘者酉虜千人而已』這樣的勝利，這是明朝在薩爾滸之戰後的第一次反攻。
但是，就在朝廷以為毛文龍大有可用的時候，毛文龍卻打起了自己的小算盤。
他經常謊報戰功、殺良冒功，以獲得朝廷的物資支持。
實際上，這些物資大多進了個人的腰包。
毛文龍還在明朝、後金、朝鮮之間搞起了中轉貿易，自己大發橫財，實際上就是國難財。
自己的財富增加了，抗金鬥志卻下降後。
此後，毛文龍基本上不主動出擊，使得自己的牽制價值有名無實。
因此，在1626年，努爾哈赤得以鎮壓遼東之亂，然後帶領大軍進攻寧遠。
這一年，努爾哈赤去世，皇太極上臺。
為了打擊毛文龍的勢力，皇太極於1627年派遣5萬大軍東征朝鮮，迫使朝鮮停止對毛文龍的援助，並鏟除了毛文龍在朝鮮半島上的基地。
此後的毛文龍隻能龜縮於皮島。
鑒於後金不斷強大，毛文龍開始成為了朝秦暮楚。
一方面，他繼續擔任明朝的將軍，另一方面又暗中和皇太極通信，甚至談論投降的條件。
就在毛文龍準備投降皇太極的時候，他卻意外被袁崇煥給殺了。
實際上，袁崇煥並不知道他已經暗中投降後金，隻是覺得他空有牽制之名，實際上耗費巨大，應該調回遼西。
1628年5月，袁崇煥以閱兵為由會見毛文龍，並趁機將他殺害。
袁崇煥殺毛文龍後，為了安撫其部下，又增加了東江軍的糧餉。
但是東江軍的部將孔有德、尚可喜、耿仲明對此非常不滿。
這些將領此後大多數都投靠了山東的登萊巡撫孫元化。
1631年，祖大壽受困大凌河城，孫元化派遣孔有德等前往支援。
然而，孔有德到達吳橋後，立即發動了兵亂，在山東境內連陷數城，史稱『吳橋兵變』。
孔有德攻陷了登州後，得到了舊兵六千人、援兵千人、馬三千匹、餉銀十萬兩、紅夷大炮二十餘位，西洋炮三百位。
1632年，孔有德、尚可喜、耿仲明等正式投降後金。
孔有德等給後金帶去了急需的艦隊、紅夷大炮及匠人，所以皇太極親率諸貝勒出盛京十裡迎接。
此後，孔有德的一萬軍隊被設置為『天佑兵』。
在之後清朝的征戰中，孔有德、尚可喜、耿仲明發揮了重要的作用，地位也非常重要。
自從有了先進的火炮，明軍的優勢也就不復存在，清兵的作戰能力進一步提升。
毛文龍被殺後，皮島防禦陷入了混亂狀態。
1631年，皇太極調遣騎兵1500人，步兵4500人，進攻皮島。
但是由於後金軍船隻匱乏，士兵習水戰，最終失敗。
1637年，皇太極派遣孔有德、耿仲明等漢軍進攻皮島，終於將皮島拿下。
此戰，標志著清朝完全取得了對遼東和沿岸的控制權。
皮島淪陷後，明朝曾經多次出兵試圖收復。
1643年，明朝海軍到達皮島，然而被朝鮮守軍擊退。
第二年，明朝就滅亡了。
因此，皮島就被朝鮮占據了。
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