1368年1月23日，元朝至正二十八年，明太祖朱元璋統一南方，建立明朝，之後派遣徐達領兵北伐中原，進攻元朝首都大都。
此時的元朝皇帝是元惠宗，在明朝大兵壓境的情況下，9月10日元惠宗率領三宮後妃、皇太子、皇太子妃以及大小官員百十餘人，開大都的健德門，撤退北走上都。
9月14日，明軍從大都的齊化門攻城而入，監國淮王帖木兒不花，中書左丞相慶童，平章迭兒必失、樸賽因不花，右丞張康伯，禦史中丞滿川等人拒絕投降而殉國，元朝在中原的統治結束，回到本土蒙古草原。
此時的元朝仍控制著中書省的西部地區、嶺北行省、遼陽行省、甘肅行省、陜西行省，以及位於西南的飛地雲南行省等省份，仍保有一定的力量，與明朝形成南北對峙，這是中國歷史上又一個南北朝時期。
元惠宗撤離大都後，繼續使用『大元』國號。
經過與明朝的幾次戰爭，北元先後失去幾十萬兵力，再也無力南下與明朝相爭，元惠宗試圖恢復中原故土的企圖徹底失敗。
元惠宗死後，元昭宗即位，立意仿效周宣王姬靜、漢光武帝劉秀等中興帝王一樣中興大元，恢復元朝在中原的統治。
但元朝已經屬於強弩之末，在明軍六次北伐的強大攻勢下，元朝在軍事、經濟方面遭受了巨大損失，徹底喪失了與明軍爭奪天下的實力和信心。
對於明朝而言，蒙古已經成為了『邊患』，而不再是前一個中原王朝的殘餘勢力。
元昭宗去世，其弟元天元帝脫古思帖木兒繼位，繼續和明朝對抗，屢次進攻明朝邊境，但都掀不起多大的浪花。
1388年也速迭兒用弓弦縊殺了元天元帝篡位稱汗之後，蒙古開始逐漸分裂為東部韃靼《蒙古本部》、西部瓦剌、韃靼東部兀良哈三大部落。
元天元帝敗亡之後又歷經四代傳至坤帖木兒時，鬼力赤於明建文四年《1402年》殺害坤帖木兒，繼而登上大汗之位。
明正統三年《1438年》，瓦剌部的脫歡扶植大汗脫脫不花擊敗同時並立的大汗阿岱，統一了蒙古諸部。
明正統十四年《1449年》，脫歡之子也先入侵明朝，俘虜明朝皇帝明英宗朱祁鎮，史稱土木堡之變。
[達延汗與滿都海哈屯在15世紀重新統一蒙古諸部，史稱達延汗中興。
然而，達延汗在帝國以封地的名義分封於其兒子與親戚，導致了帝國統治的權力下放盡管權力下放，但是達延汗與蒙古貴族之間仍保持著良好的關系，孛兒隻斤家族的內鬥並不嚴重，直到林丹汗統治期間《1604年－1634年》，蒙古內部的紛爭中削弱了自身的力量。
明崇禎八年四月二十八日《1635年6月12日》，林丹汗之子額哲投降清太宗皇太極當時統治的後金政權，元太祖成吉思汗建立的大蒙古國歷經430年之後正式宣告滅亡。
歷史上我們一般把元朝的滅亡時間定於1368年。
而『北元』的『北』通常用於區分1271年建立的元朝和1368年之後的政權。
但是長期以來，對於這一史學概念的使用范疇卻眾說不一。
爭論的焦點就是『北元』是指1368年至1388年這20年間的蒙古歷史，還是指1368年至1635年這268年間的蒙古歷史。
其實，我們所說的『北元』僅指大蒙古國的一個階段。
大蒙古國《1206年－1635年》依照中國名稱的劃分，可劃為蒙古《1206年－1271年》、元朝《1271年－1368年》、北元《1368年－1388年》、韃靼《1388年－1635年》。
從成吉思汗開始的『大蒙古國』政權仍然繼續，韃靼政權長期沿用元朝時代的漢制職官，至達延汗時才基本取消。
大蒙古國政權延續至1635年察哈爾部為滿洲的後金所滅亡。